Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,274,838 | C→G | 11.3% | A199G (GCC→GGC) | eamA → | O‑acetylserine/cysteine export transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,274,838 | 0 | C | G | 11.3% | 146.8 / 10.0 | 53 | A199G (GCC→GGC) | eamA | O‑acetylserine/cysteine export transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/22); new base G (3/3); total (28/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.81e-01 |
TGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGA > NC_002947/3274699‑3274984 | tgGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCaa < 1:157261/149‑1 (MQ=255) gggCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTg < 1:156372/142‑1 (MQ=255) gggCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTg > 2:156372/1‑142 (MQ=255) gggCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCAAGGCATGGCCAatg < 3:322796/149‑2 (MQ=255) cAACATCATTCCCCGACGGTTCGGCTCGGTCGAGCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCGGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGa < 8:233862/149‑1 (MQ=255) cAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGa < 2:84594/149‑1 (MQ=255) atTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGt < 4:116589/149‑1 (MQ=255) ccGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTg > 4:292137/1‑135 (MQ=255) ccGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTg < 3:292137/135‑1 (MQ=255) ccGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTgg > 6:120401/1‑149 (MQ=255) ccGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCAAGGCATGGCCAatgcg < 5:90075/130‑4 (MQ=255) ccGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCAAGGCATGGCCAatgcg > 6:90075/1‑127 (MQ=255) cGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGACCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGc > 1:227909/1‑149 (MQ=255) gTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTtgtg < 5:120401/147‑1 (MQ=255) aTCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTACATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCgg > 1:16341/1‑149 (MQ=255) cTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGc > 5:154482/1‑148 (MQ=255) tGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCtgtg > 1:87022/1‑148 (MQ=255) aTACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGACCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGa < 2:227909/148‑1 (MQ=255) tACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGc < 4:17600/93‑1 (MQ=255) tACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGc > 3:17600/1‑93 (MQ=255) cGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTg < 2:228891/79‑1 (MQ=255) cGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTg > 1:228891/1‑79 (MQ=255) cGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAg > 1:335357/1‑149 (MQ=255) cTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCt > 2:248618/1‑149 (MQ=255) ttCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTg > 5:333896/1‑149 (MQ=255) tCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCttt > 6:101361/1‑106 (MQ=255) tCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCttt < 5:101361/106‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTgg > 5:22448/1‑133 (MQ=255) aTTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTgg < 6:22448/133‑1 (MQ=255) aTTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTcgc < 2:16341/149‑1 (MQ=255) aCTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCgg > 8:11653/1‑149 (MQ=255) aCTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCgg > 4:336480/1‑149 (MQ=255) aCTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCgg > 4:341961/1‑149 (MQ=255) tCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCggca > 6:213855/1‑147 (MQ=255) tCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCggca < 5:213855/147‑1 (MQ=255) gtggCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAg > 2:273650/1‑149 (MQ=255) aaGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTtg < 1:276088/78‑1 (MQ=255) aaGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTtg > 2:276088/1‑78 (MQ=255) gCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTtc > 4:343305/1‑149 (MQ=255) cccGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGc < 2:291408/49‑1 (MQ=255) cccGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGc > 1:291408/1‑49 (MQ=255) ccGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTtctc > 4:184539/1‑148 (MQ=255) ccGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTtctc < 3:184539/148‑1 (MQ=255) ccGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCg < 6:154482/149‑1 (MQ=255) gataTTGGCCAAGGCATGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGtt > 5:175904/4‑140 (MQ=255) gataTTGGCCAAGGCATGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGtt < 6:175904/137‑1 (MQ=255) gcATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGt < 2:978/138‑1 (MQ=255) gcATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGt > 1:978/1‑138 (MQ=255) gcATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGctgctg < 3:343305/149‑1 (MQ=255) ttGGCCAAGGCATGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTa > 5:172015/1‑149 (MQ=255) aTGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCgg < 1:291177/147‑1 (MQ=255) aTGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCgg > 2:291177/1‑147 (MQ=255) tGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGa < 2:87022/149‑1 (MQ=255) | TGGGGCCTGGGCAACATCATTACCCGACGGTTCGGCTCGGTCGACCTGGTCGCGTTGGTGATCTGGGGTGGGCTGATACCGCCACTTCCATTCCTGGCACTGTCCTGGTGGCTGGAAGGCCCCGAGCGCATTGGCCATGCCTTGGCCAATATCAGTTGGAGTTCGGTGCTGGCCCTGGCGTATTTGGCCTTTGTGGCCACCATGCTCGGCTACAGCCTGTGGAGCAAGTTGCTGTCGCGTCACCCGGCAGGCAAAGTGGCGCCGTTCTCGCTGCTGGTACCGGTGA > NC_002947/3274699‑3274984 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |