| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 226,226 | T→A | 6.7% | L151Q (CTG→CAG) | PP_0174 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 226,226 | 0 | T | A | 6.7% | 171.2 / 3.0 | 60 | L151Q (CTG→CAG) | PP_0174 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/30); new base A (2/2); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
CCGGGCACCTGTTGCGCATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGGCGCGTTGTCGTTTTGAAATG > NC_002947/226079‑226368 | ccGGGCACCTGTTGCGCATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCAtgctg > 2:82900/1‑149 (MQ=255)ccGGGCACCTGTTGCGCATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCAtgctg < 7:238485/149‑1 (MQ=255) cACCTGTTGCGCATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATgc > 8:41413/1‑149 (MQ=255) ccTGTTGCGCATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATgccg > 3:163379/1‑149 (MQ=255) ttGCGCATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATgccgccgc > 6:348897/1‑149 (MQ=255) gcATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCAGCATgccgcggtcgaa < 4:340522/149‑8 (MQ=255) cggcCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGt < 1:105933/149‑1 (MQ=255) cggcCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGt < 6:93003/149‑1 (MQ=255) cggcCCTGCAGGGCAATGCTGCTCCCTGCTTCAACCTTGGCCAGCAGCACAACTTCCGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGt > 6:122346/1‑149 (MQ=255) ggcCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGt > 6:179205/1‑148 (MQ=255) ggcCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTg > 7:289935/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCt < 7:295110/149‑1 (MQ=255) cTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGGGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCt < 6:98954/149‑1 (MQ=255) cAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGt < 8:289935/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgctgcCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGt < 3:324302/130‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGt > 4:324302/1‑130 (MQ=255) ctgcCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGgt < 5:348897/148‑1 (MQ=255) ccTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGgtgt < 4:339106/147‑1 (MQ=255) cTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGc > 5:328710/1‑148 (MQ=255) gTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCAtgctgc > 7:209128/1‑101 (MQ=255) gTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCAtgctgc < 8:209128/101‑1 (MQ=255) aaCCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATgcc > 4:13539/1‑102 (MQ=255) aaCCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATgcc < 3:13539/102‑1 (MQ=255) aCCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGAc < 6:328710/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGAcc > 8:14251/1‑119 (MQ=255) ccTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGAcc < 7:14251/119‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATgc > 5:236017/1‑98 (MQ=255) cTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATgc < 6:236017/98‑1 (MQ=255) ccAGCAGCACTACTTCGGCAATTGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGTGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCTTGGCGGCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAAt < 5:265249/149‑1 (MQ=255) ccAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAAt < 1:141054/149‑1 (MQ=255) tactTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGa > 1:229322/1‑149 (MQ=255) ctTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATAaggaggagg > 1:5872/1‑116 (MQ=255) ctTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATAaggaggagg < 2:5872/116‑1 (MQ=255) ttCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCt > 3:34526/1‑149 (MQ=255) cGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGtt < 5:232042/142‑1 (MQ=255) cGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGtt > 6:232042/1‑142 (MQ=255) ggCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACAGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGc < 5:179205/149‑1 (MQ=255) tCGCCCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTAt < 7:41413/149‑1 (MQ=255) tCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTAt < 5:122346/149‑1 (MQ=255) aCCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAg < 1:82900/149‑1 (MQ=255) ttCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGt > 5:97230/1‑149 (MQ=255) tCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGAc < 6:28986/78‑1 (MQ=255) tCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGAc > 5:28986/1‑78 (MQ=255) ctttgtgCTGTCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTc < 4:44236/145‑1 (MQ=255) cTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCt < 8:284674/149‑1 (MQ=255) tgtgCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGc < 2:229322/149‑1 (MQ=255) ggAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGaa > 1:42596/1‑148 (MQ=255) gAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCa > 1:336529/1‑101 (MQ=255) gAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCa < 2:336529/101‑1 (MQ=255) ccGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGAGCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAgg > 6:244326/1‑149 (MQ=255) cTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAAc > 1:50/1‑131 (MQ=255) cTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAAc < 2:50/131‑1 (MQ=255) cggcggcgGCATGCAGCATGCCGCGGTGGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTTTCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGGCGCGTTGTCGtg > 8:122887/6‑148 (MQ=255) aCCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACGTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGCGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGGCGCGTTGTCGtttt > 3:105584/1‑149 (MQ=255) aCCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGGCGCGTTGTCGtttt < 8:241387/149‑1 (MQ=255) ccGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGgc > 7:68322/1‑135 (MQ=255) ccGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGgc < 8:68322/135‑1 (MQ=255) gCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGGCGCGTTGTCGTTTTGAAATg < 6:97230/149‑1 (MQ=255) | CCGGGCACCTGTTGCGCATGGCGGCCCTGCAGGGCAATGCTGCTGCCTGGTTCAACCTTGGCCAGCAGCACTACTTCGGCAAAGGCATCGACCCTTCCTATGTGCAGGCGGCGGAGTGTTACCGGCAGGCCTTCGACCGCGGCATGCTGCATGCCGCCGCCGCACTGGGTGACCTGTATGAGGAGGAGGTGTGCGACGGTGACCTGGAATGGCAGGTTGACCTGGTGCAAGCCTATCAGTGGTTCTTGCGTGGCGCCGAACAGGGCGAGGCGCGTTGTCGTTTTGAAATG > NC_002947/226079‑226368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |