| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,395,999 | T→G | 7.0% | F54C (TTT→TGT) ‡ | PP_3000 → | MaoC domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,395,999 | 0 | T | G | 7.0% | 216.4 / 6.5 | 71 | F54C (TTT→TGT) ‡ | PP_3000 | MaoC domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/33); new base G (2/3); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
AAAGTACTGGGACGATGCCCGCGAAGGCGATGAGTGCATCAGCCCGACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGTCAACGACGTGCTC > NC_002947/3395853‑3396141 | aaaGTACTGGGACGATGCCCGCGAAGGCGATGAGTGCATCAGCCCGACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTg > 8:306402/1‑149 (MQ=255)aaaGTACTGGGACGATGCCCGCGAAGGCGATGAGTGCATCAGCCCGACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTg < 7:167057/149‑1 (MQ=255) gggACGATGCCCGCGAAGGCGATGAGTGCATCAGCCCGACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTg > 5:29851/1‑149 (MQ=255) 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gCCCGACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGcc > 3:165112/1‑149 (MQ=255) ccGACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGa > 7:98821/1‑149 (MQ=255) gACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCACCTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGAc < 1:84760/149‑1 (MQ=255) aCCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACgg < 6:285925/149‑1 (MQ=255) cTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGt > 3:337464/1‑134 (MQ=255) cTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGt < 4:337464/134‑1 (MQ=255) cTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGcc < 1:62155/149‑1 (MQ=255) tACACCGTGATCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGCCTCCCTCGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGcc > 7:270841/1‑148 (MQ=255) cacCGTGATCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGa < 8:270841/149‑1 (MQ=255) acCGGGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGaa < 8:98821/149‑1 (MQ=255) 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aTCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGTCCGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACg < 1:48329/125‑1 (MQ=255) aTCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACg > 2:48329/1‑124 (MQ=255) tCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGc < 3:261127/149‑1 (MQ=255) cTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCtt < 4:165112/149‑1 (MQ=255) cTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCtt > 2:52584/1‑149 (MQ=255) cTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCt < 1:280801/148‑1 (MQ=255) cTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCTAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCt > 1:287442/1‑78 (MQ=255) cTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCTAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCt < 2:287442/78‑1 (MQ=255) cTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCt < 8:64790/120‑1 (MQ=255) cTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCt > 7:64790/1‑120 (MQ=255) gCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCggg < 1:52584/149‑1 (MQ=255) tCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCAATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCg > 3:253320/1‑149 (MQ=255) aCCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCgct > 7:328576/1‑149 (MQ=255) cGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGc < 4:131065/96‑1 (MQ=255) cGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCgctgg < 1:181879/149‑1 (MQ=255) cGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCACACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGc > 3:131065/1‑96 (MQ=255) cacaCCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGAc < 4:147799/149‑1 (MQ=255) cacaCCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGAc > 4:102727/1‑149 (MQ=255) acCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCgctgggc > 4:238950/1‑141 (MQ=255) acCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCgctgggc < 3:238950/141‑1 (MQ=255) ccGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTc < 4:329439/77‑1 (MQ=255) ccGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTc > 3:329439/1‑77 (MQ=255) tCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGtgctg > 2:110940/1‑149 (MQ=255) tCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGtgct < 4:50850/148‑1 (MQ=255) gATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGtgctgc < 8:274047/148‑1 (MQ=255) gATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGcc > 7:55538/1‑149 (MQ=255) cTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAgg > 5:146923/1‑149 (MQ=255) acgccaacgccaGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGt > 5:217935/1‑148 (MQ=255) cgccaacgccaGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGt < 6:146923/147‑1 (MQ=255) gccaacgccaGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGTCaa > 8:77368/1‑149 (MQ=255) caacgccaGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGTCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGAcc < 5:94943/118‑1 (MQ=255) caacgccaGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGAcc > 6:94943/1‑118 (MQ=255) caacgccaGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGTCAac > 5:108073/1‑148 (MQ=255) aacgccaGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGTCAacga < 3:102727/149‑1 (MQ=255) agcca‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGtgctgc < 8:166381/127‑1 (MQ=255) agcca‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGTCAACGACGTGCt > 3:161960/1‑149 (MQ=255) gcca‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGTCAACGACGTGCTc < 8:55538/149‑1 (MQ=255) | AAAGTACTGGGACGATGCCCGCGAAGGCGATGAGTGCATCAGCCCGACCTACACCGTGACCCGCGAACGCATCCTGGCCTACGCCGACCTCACCGGCGACCACACCCCGGTGCATGTCGATGAGGCCTACGCCAACGCCAGCCA‑CTTTGGCTGCCTGGT‑CGCCCACGGCCTGTTCGGGCTGTCGATCGCCGACGGCCTGAAGACCCAGTGCGAGTACCGCTTCCTGCCGGGCATGTCGCTGGGCTGGACCTGGGACTTCGTGCTGCCGATCAAGGTCAACGACGTGCTC > NC_002947/3395853‑3396141 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |