Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,435,608 | G→C | 6.9% | A174P (GCC→CCC) | gpJ → | baseplate/tail fiber protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,435,608 | 0 | G | C | 6.9% | 185.3 / 2.8 | 58 | A174P (GCC→CCC) | gpJ | baseplate/tail fiber protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/26); new base C (2/2); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 |
CCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGTCAAGGCCGCCCTGTCGGCCGAG > NC_002947/3435465‑3435751 | ccTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACCTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCAtt < 1:114268/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATtgt > 5:102760/1‑149 (MQ=255) ggTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGtggtgg > 8:199315/1‑149 (MQ=255) gCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCt < 6:102760/148‑1 (MQ=255) agcagcGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTa < 5:32548/149‑1 (MQ=255) cagcGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTac > 7:42442/1‑148 (MQ=255) gcggcgCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTacgac < 5:236821/149‑1 (MQ=255) cgcCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCgg < 8:42442/149‑1 (MQ=255) aTGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGCTGGAGAGTTGACCCCCCGAGGTACTGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTGTGCGACAACGACGCGGGc > 1:290387/1‑149 (MQ=255) aTGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTg > 1:198420/1‑149 (MQ=255) tATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCaa > 1:342687/1‑149 (MQ=255) tATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCaa > 3:88721/1‑149 (MQ=255) tCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAAcc < 7:105402/149‑1 (MQ=255) tCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAAcc > 3:43317/1‑149 (MQ=255) cACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGc < 3:28015/123‑1 (MQ=255) cACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGc > 4:28015/1‑123 (MQ=255) aCGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCa < 4:88721/149‑1 (MQ=255) ggCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCTACCCACTg < 5:278942/149‑1 (MQ=255) cgcgTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCg < 4:43317/149‑1 (MQ=255) cgTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGAt < 2:342687/149‑1 (MQ=255) ggCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGC‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATgtgt > 7:60409/1‑149 (MQ=255) cAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGTGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATcc > 7:219270/1‑149 (MQ=255) cAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGAtgt > 6:62297/1‑135 (MQ=255) cAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGAtgt < 5:62297/135‑1 (MQ=255) cAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATcc > 4:52631/1‑149 (MQ=255) aCGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTg > 4:267304/1‑149 (MQ=255) aCGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATCTGTCGCTGGCCATCCTg > 1:242632/1‑149 (MQ=255) cggtcgATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGt < 8:60409/149‑1 (MQ=255) ggtcgATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTc > 3:83734/1‑149 (MQ=255) gATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGt < 6:362505/148‑1 (MQ=255) gATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTc > 4:246191/1‑149 (MQ=255) aTTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGG‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTcatc > 5:248249/1‑144 (MQ=255) tCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCGGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGc > 4:78534/1‑128 (MQ=255) tCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGc < 3:78534/128‑1 (MQ=255) gCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGca < 7:199315/149‑1 (MQ=255) cccGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGcacc < 2:290387/149‑1 (MQ=255) ccGGCTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGcacca < 2:198420/149‑1 (MQ=255) ttgAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGc < 8:326100/137‑1 (MQ=255) ttgAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGc > 7:326100/1‑137 (MQ=255) ttgAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTg > 3:292909/1‑149 (MQ=255) g‑‑gCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGcc > 7:257386/1‑148 (MQ=255) gCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGcc < 3:181223/111‑1 (MQ=255) gCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGcc > 4:181223/1‑111 (MQ=255) gCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGCCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGcc > 2:325551/1‑147 (MQ=255) gCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGCCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGcc > 2:321011/1‑147 (MQ=255) ggAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGc < 3:246191/149‑1 (MQ=255) a‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCTCTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCtggtgg < 2:242632/148‑1 (MQ=255) ccGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAg > 1:161883/1‑149 (MQ=255) ccGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAg > 8:15123/1‑149 (MQ=255) gAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGCCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGt < 1:325551/149‑1 (MQ=255) gAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGCCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGt < 1:321011/149‑1 (MQ=255) gTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGTCaa < 3:267304/149‑1 (MQ=255) cccAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGTCAAGgccgcc < 4:83734/149‑1 (MQ=255) aGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTg > 3:227958/1‑116 (MQ=255) aGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTg < 4:227958/116‑1 (MQ=255) gCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGTCAAGGCCGCCCTGt > 8:42989/1‑149 (MQ=255) cTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGTCAAGGCCGCCCTGTc < 3:52631/149‑1 (MQ=255) ccggGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGTCAAGGCCGCCCTGTCGGCCGAg > 3:252348/1‑149 (MQ=255) | CCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAG‑‑GCGGAGTTGA‑CCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCGACTACGACGCGGGCCTGGCCAACCCACTGCCCGGCGATGTGTCGCTGGCCATCCTGCCCAGTCTGTCCAGCACCACACCCGTGGCCCAGCTGGTGGCCAAGGTCAAGGCCGCCCTGTCGGCCGAG > NC_002947/3435465‑3435751 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |