Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,491,236 | A→T | 7.7% | L52Q (CTG→CAG) | clpV ← | protein ClpV1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,491,236 | 0 | A | T | 7.7% | 149.1 / 2.7 | 52 | L52Q (CTG→CAG) | clpV | protein ClpV1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/23); new base T (2/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
GCGGCGACAGCGCCGGGGTGCGGGTATTACCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCGTAAGGAATG > NC_002947/3491090‑3491375 | gcggcgACAGCGCCGGGGTGCGGGTATTACCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTgcagcag > 4:218537/1‑148 (MQ=255) cggcgACAGCGCCGGGGTGCGGGTATTACCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTgcagcagca < 4:324086/149‑1 (MQ=255) gACAGCGCCGGGGTGCGGGTATTACCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTg > 2:166880/1‑149 (MQ=255) gCGGGTATTACCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCAc < 2:307634/141‑1 (MQ=255) gCGGGTATTACCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCAc > 1:307634/1‑141 (MQ=255) aCCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATgg < 3:214854/148‑1 (MQ=255) aCCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGt > 8:43744/1‑149 (MQ=255) ccTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTg < 2:95613/149‑1 (MQ=255) cTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGc > 3:332238/1‑149 (MQ=255) tttCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCa < 5:95560/128‑1 (MQ=255) tttCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCa > 6:95560/1‑128 (MQ=255) tttCTTGAAGGTGCCCAGGGAGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGCATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGc > 5:129952/1‑148 (MQ=255) aGGGCGATGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGgc > 6:355218/1‑149 (MQ=255) gCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCg > 1:293710/1‑110 (MQ=255) gCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCg < 2:293710/110‑1 (MQ=255) cgcTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTg < 3:218537/148‑1 (MQ=255) cTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGcc < 7:43744/149‑1 (MQ=255) cTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGcc < 1:140023/149‑1 (MQ=255) ttGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGcaca > 2:153203/1‑125 (MQ=255) ttGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGcaca < 1:153203/125‑1 (MQ=255) aGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCg > 5:12006/1‑149 (MQ=255) aGGCGTTCGGCGACGACCTGGAAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCg > 3:53736/1‑149 (MQ=255) ttCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTgg < 4:332238/149‑1 (MQ=255) ggCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGttt > 1:283263/1‑149 (MQ=255) ggCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGttt > 1:279047/1‑149 (MQ=255) gCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTc > 5:5823/1‑149 (MQ=255) acgacCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGtt < 4:53736/149‑1 (MQ=255) cTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGATGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTg < 4:38579/136‑1 (MQ=255) cTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGATGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTg > 3:38579/1‑136 (MQ=255) gcgcAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACa < 8:287667/149‑1 (MQ=255) gATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTCTGAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCg > 1:214287/1‑68 (MQ=255) cgcCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGt < 2:283263/149‑1 (MQ=255) cgcCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGt < 2:279047/149‑1 (MQ=255) aGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGGAGCAGGTGCTGCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCGGACAGTCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTGGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTcac < 7:151824/149‑1 (MQ=255) aGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTca > 3:154715/1‑148 (MQ=255) tGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTATTGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACtt > 3:252914/1‑133 (MQ=255) tGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCcgccgc < 1:292247/82‑1 (MQ=255) tGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCcgccgc > 2:292247/1‑82 (MQ=255) tGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGa > 5:63147/1‑149 (MQ=255) tGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGa > 7:161351/1‑149 (MQ=255) gttgttGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCAACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGAATTCAGGTTCACAAGGCGAccc > 2:249146/1‑148 (MQ=255) tgttgtC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACaga < 5:20970/122‑1 (MQ=255) tgttgtC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACaga > 6:20970/1‑122 (MQ=255) ttgtC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCg < 5:355218/149‑1 (MQ=255) tgtC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCg > 3:60466/1‑148 (MQ=255) tC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCGTaa < 6:12006/149‑1 (MQ=255) c‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCGTAAg < 1:166880/149‑1 (MQ=255) gAGCACCTGCTGCTGCAGTTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGa > 8:176671/1‑110 (MQ=255) gAGCACCTGCTGCTGCAGTTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGa < 7:176671/110‑1 (MQ=255) gCACCTGCTGCTGCAGTTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTc > 1:344493/1‑119 (MQ=255) gCACCTGCTGCTGCAGTTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTc < 2:344493/119‑1 (MQ=255) aaCTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCGTAAGGAAtg < 4:154715/149‑1 (MQ=255) cTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGAcc > 1:241943/1‑132 (MQ=255) cTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGAcc < 2:241943/132‑1 (MQ=255) gcagcagcaGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTAGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCGTaa > 2:208051/1‑139 (MQ=255) gcagcagcaGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTAGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCGTaa < 1:208051/139‑1 (MQ=255) | GCGGCGACAGCGCCGGGGTGCGGGTATTACCTTTCTTGAAGGTGCCCAGGGCGGTGACCAGCTGCGCTTGCAGGCGTTCGGCGACGACCTGGTAGTGGCGCAGGATCGGCGCCAGGTCGCTGTCGTTGTTGTC‑GAGCAACTGCAGCAGCAGGTGCTCCACTTCCACCTCGTAATGGTGCTCCGACAGGCACAGGGCCGCCGCGCTTTCGGTGGCCGTGCGGCTGGTTTCGTTGAGCTTGGCGAACAGAGACTTCAGGTTCACAAGGCGACCCCATCGTAAGGAATG > NC_002947/3491090‑3491375 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |