| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 95.7% | 72.3 / ‑2.7 | 23 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (6/16); total (6/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126503‑1126784 | gggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGCCCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGCGCCCTGTAGGCGCGGGGTTTACC‑GCGCAAGGGGAGGTATATGCACCAACGCCATCGCCGGTTA‑A‑ccccc > 2:138013/1‑145 (MQ=255) gccgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGGTGTGGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTacac < 3:51874/148‑1 (MQ=255) cgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGTACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTAcaca < 4:156045/147‑1 (MQ=255) tCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTGGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCaa < 1:4118/148‑1 (MQ=255) cGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGGACATTGCGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGt < 6:130883/148‑1 (MQ=255) cATGGGTACCTCCTGCCTGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGGGCGGTTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCTTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAgg < 4:98965/148‑1 (MQ=37) aTGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAgg < 6:116879/147‑1 (MQ=255) ggACCTCCTGCCAGGTTGTTGTGGGGACATGGCGCCCGGGCGGCGGGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGCGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCt < 6:126486/146‑1 (MQ=37) ggTTGTTGGGTGGACATGGAGCCCTGGCGGCGC‑GGTTTACCCGGCTATTGCGGCGGTATAGCCCCCCTCCCATGCGCGGTAAACC‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGAt < 5:99053/148‑1 (MQ=255) gttgttGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATa < 7:39454/148‑1 (MQ=255) tgttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGc < 6:149345/148‑1 (MQ=255) tGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACC‑CCGAAAGCGGCGGGGTAGCCCCCATAGCAATAGCGGGGAA‑ACCCCCTCCAACACCGAGCCCCCCCCCCCACCCCCGGGGGGGGGGGGGCTATAAGGCGGCCGGCTAGCTCgcgat > 6:158008/1‑148 (MQ=255) ccTGTTGGCGCGGGTTTACCC‑GGTATTGGGTAGGTATCGCCACCATCGCTTTCGGGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgc < 2:66242/148‑1 (MQ=255) tAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAAGGCGGAGGTATCGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGcac < 1:138013/148‑1 (MQ=255) cggcgAATGCGGATGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCAACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc < 4:9166/145‑1 (MQ=255) c‑gcgAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGc < 6:70090/148‑1 (MQ=255) gcgAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc > 8:74668/1‑145 (MQ=255) tGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAaca > 1:122883/1‑148 (MQ=255) gTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTc < 3:20927/148‑1 (MQ=255) aGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAc < 6:67386/147‑1 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGCCGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCg > 6:39268/1‑148 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAccc < 6:164046/147‑1 (MQ=255) caccaTCGCATTCGCGGGTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCgg > 6:142417/1‑148 (MQ=255) gggTAA‑ACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa > 5:40342/1‑147 (MQ=255) | GGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCC‑GCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGTAA‑A‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126503‑1126784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |