Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,921,460 | G→A | G3494R (GGG→AGG) | PP_2561 → | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,921,460 | 0 | G | A | 95.2% | 133.4 / 0.6 | 43 | coding (10480/10827 nt) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (24/16); minor base . (1/1); total (25/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-01 |
ACACGTTGCTGGGGGAGGCCGGTAACGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCGGGGGGGCCGGCAACGACTTCCTCAACGGTGCGGCAGGTAACGATACGGTGGTGGGTGGGGCCGGTAACGACACCATGATCGCCACCGATGGAAACGATGTGTTCCAGTTCGCTGCAGGCTTTGGCAACGACCTGATCATCAAT > NC_002947/2921314‑2921603 | acacGTTGCTGGGGGAGGCCGGTAACGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCagg < 6:258508/149‑1 (MQ=255) cccggtGCTGGGCGCCGCCGGTAACGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCaggg < 3:14342/144‑1 (MQ=255) gTTGCTGGGGGAGGCCGGTAACGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCagggggg > 2:53682/1‑149 (MQ=255) tGGGGGAGGCCGGTAACGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCAGGGGGGCCgg > 2:198644/1‑148 (MQ=255) tGGGGGAGGCCGGTAACGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCAGGGGGGCCgg > 2:10947/1‑148 (MQ=255) cgggggACGCCGGCAACCCCAACCTGCACGGGGGCCCTGGCGATGCCAGCCTGGATGGCGGCAACCGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTGCGGTACCGACACCCTGATCAGGGGGGCCgg < 1:198644/148‑1 (MQ=255) aCGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCAGGGGGGCCGGCAACGACTTCCTCaa < 1:53682/148‑1 (MQ=255) gACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGCTGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCAGGGGGGCCGGCAACGACTTCATCAACgg > 1:252703/1‑149 (MQ=255) aaCCTGAACGGGGGAGCTGCCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACCGCAATGACACCCTGCAGGCCCGCGATGGAAACGACACATTGTACGCCCACGTC‑GGTACCGACACCCTCATCAGGGGGGCCGGCAACCACTTCCTCAACGCTGc > 2:304729/1‑149 (MQ=255) 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ccTGATCAGGGGGGCCGGCAACGACTTCCTCAACGGTGCGGCAGGTAACGATACGGTGGTGGGTGGGGCCGGTAACGACACCATGATCGCCACCGATGGAAACGATGTGTTCCTGTTCGCTGCAGGCGTTGGCAACGACCTGatcatc > 4:320255/1‑148 (MQ=255) ccTGATCAGGGGGGCCGGCAACGACTTCCTCAACGGTGCGGCAGGTAACGATACGGTGGTGGGTGGGGCCGGTAACGACACCATGATCGCCACCGATGGAAACGATGTGTTCCAGTTCGCTGCAGGCTTTGGCAACGACCTGatcatc > 6:326468/1‑148 (MQ=255) ccTGATCAGGGGGGCCGGCAACGACTTCCTCAACGGTGCGGCAGGTAACGATACGGTGGTGGGTGGGGCCGGTAACGACACCATGATCGCCACCGATGGAAACGATGTGTTCCAGTTCGCTGCAGGCTTTGGCAACGACCTGatcatc > 2:24221/1‑148 (MQ=255) aTCAGGGGGGCCGGCAACGACTTCCTCATCGGTGCGGCAGGTAACGATACGGTTGTGGGTGGGGCCGGTAACGACACCATGATCGCCACCGATGGAAACTATGTGTTCCAGTTCGCTGCAGGCTTTGGCAACGACCTGATCATCAAt < 3:187569/147‑1 (MQ=255) | ACACGTTGCTGGGGGAGGCCGGTAACGACAACCTGAACGGGGGCGCTGGCGATGACAGCCTGGATGGCGGCAACGGCAATGACACCCTGCAGGGCGGCGATGGTAACGACACATTGTTCGGCGACGTG‑GGTACCGACACCCTGATCGGGGGGGCCGGCAACGACTTCCTCAACGGTGCGGCAGGTAACGATACGGTGGTGGGTGGGGCCGGTAACGACACCATGATCGCCACCGATGGAAACGATGTGTTCCAGTTCGCTGCAGGCTTTGGCAACGACCTGATCATCAAT > NC_002947/2921314‑2921603 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |