| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 84.1% | 123.2 / 17.5 | 44 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (7/0); new base C (11/26); total (18/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.30e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑T‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAA‑GCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAG > NC_002947/1126504‑1126785 | ggCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑T‑AAA‑c‑ccgctc < 8:232805/149‑6 (MQ=255) atgccgatCTTGAACAGGTCCACGACGCTCAGGCACATGTGGACCTCCTGCCAGGTGGTTGGGTGGACATTGAGCCCGGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGAATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑T‑AAACC‑CGCTCCTaca < 2:68136/149‑1 (MQ=37) atgccgatCTTGAACAGGGCGAAGACGCTCAGTGACATGTGCACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGCGCACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑T‑AAACC‑CGCTCCTaca < 5:156589/149‑1 (MQ=37) 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GGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCG‑CGGG‑T‑AAA‑C‑CGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAA‑GCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAG > NC_002947/1126504‑1126785 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |