Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,772,369 | C→T | R149R (CGG→CGA) | PP_2425 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,772,369 | 0 | C | T | 84.9% | 119.4 / 13.3 | 53 | R149R (CGG→CGA) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/2); new base T (23/22); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGC > NC_002947/2772224‑2772514 | cGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGt < 6:297745/149‑1 (MQ=255) cGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACtt > 5:103586/1‑149 (MQ=255) aGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTcg < 8:330297/149‑1 (MQ=255) gCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTcgcg > 8:125775/1‑148 (MQ=255) gCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCACGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTcgcg > 6:409972/1‑148 (MQ=255) ccccTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTc > 3:95749/1‑135 (MQ=255) ccccTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTc < 4:95749/135‑1 (MQ=255) ccccTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCa < 4:322600/149‑1 (MQ=255) ccTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATg > 8:234178/1‑149 (MQ=255) ccTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTAGTTCCACACTTTCGCGCATg > 1:183990/1‑149 (MQ=255) cTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATgg > 4:131859/1‑149 (MQ=255) tCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATc > 7:48942/1‑149 (MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTc < 1:412633/122‑1 (MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTc > 2:412633/1‑122 (MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTgccgcc > 5:336873/1‑147 (MQ=255) cGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGa < 1:62785/149‑1 (MQ=255) acacCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATgg < 1:218560/124‑1 (MQ=255) acacCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATgg > 2:218560/1‑124 (MQ=255) acCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATc > 3:230036/1‑148 (MQ=255) ccTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGc < 3:131859/149‑1 (MQ=255) cTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCg > 4:270001/1‑149 (MQ=255) cTGCGGGCCACGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCg < 5:409972/149‑1 (MQ=255) cGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCggg < 7:125775/148‑1 (MQ=255) cgcgCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCcac > 7:298012/1‑94 (MQ=255) cgcgCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCcac < 8:298012/94‑1 (MQ=255) aGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTg < 8:112013/149‑1 (MQ=255) cgcgGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTg > 4:134435/1‑104 (MQ=255) cgcgGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTg < 3:134435/104‑1 (MQ=255) ccTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGt > 2:147655/1‑149 (MQ=255) tCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCa > 4:128633/1‑138 (MQ=255) tCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCa < 3:128633/138‑1 (MQ=255) tACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGc < 6:336873/149‑1 (MQ=255) gcgcCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATg < 6:103586/149‑1 (MQ=255) ccAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCAc > 4:357758/1‑148 (MQ=255) ccAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCAc > 5:332226/1‑148 (MQ=255) aGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGt > 3:156408/1‑126 (MQ=255) aGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGt < 4:156408/126‑1 (MQ=255) ccTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCg > 8:141321/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCg > 1:346839/1‑149 (MQ=255) cTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGc < 7:234178/149‑1 (MQ=255) ttGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCg < 4:374905/118‑1 (MQ=255) ttGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCg > 3:374905/1‑118 (MQ=255) ggCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCCCTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGccc < 1:298429/148‑1 (MQ=255) gCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAg < 7:199846/149‑1 (MQ=255) aaGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGc > 4:79550/1‑149 (MQ=255) aaGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGc < 4:230036/149‑1 (MQ=255) aGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGcc > 2:283723/1‑149 (MQ=255) gggTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACg < 3:270001/149‑1 (MQ=255) cTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGa > 4:409207/1‑149 (MQ=255) tGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACgg < 8:353972/144‑1 (MQ=255) tGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACgg > 7:353972/1‑144 (MQ=255) tGCAGGCAGTGCAGCAGTCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGAt > 3:58117/1‑149 (MQ=255) gTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCg > 4:15695/1‑149 (MQ=255) cagtCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCAccc > 2:406816/1‑147 (MQ=255) | CGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGCAGCAGCCGTTCCACACTTTCGCGCATGGGTGCATCCAGTGCCGCCGAGGTCATCGATTGCGGGGTTTGCGCCTGCACTTCAGCGTCCGGTGCCAAGCCCATGCTCTGCACCAACTCGCCCAGCACGCCACGGTCGATGCCCACCGCCACGC > NC_002947/2772224‑2772514 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |