Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,586,030 | 2 bp→TC | intergenic (+113/+101) | PP_4061 → / ← PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,586,030 | 0 | C | T | 100.0% | 127.8 / NA | 40 | intergenic (+113/+102) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/25); total (15/25) | |||||||||||
* | NC_002947 | 4,586,031 | 0 | T | C | 100.0% | 131.5 / NA | 40 | intergenic (+114/+101) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/25); total (15/25) |
GCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGA > NC_002947/4585887‑4586112 || gccgAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gg < 1:14897/149‑1 (MQ=255) gccgAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gg > 6:403832/1‑149 (MQ=255) cgAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gggt < 6:364685/149‑3 (MQ=255) gAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gggt > 8:124042/1‑146 (MQ=255) aGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCt < 5:368241/149‑1 (MQ=255) cACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 7:98290/1‑148 (MQ=255) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAc > 4:137873/1‑128 (MQ=255) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAc < 3:137873/128‑1 (MQ=255) aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGcc < 1:422371/148‑1 (MQ=39) aGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCg < 5:35619/149‑1 (MQ=39) aCCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGGCC‑CCTGCCGGCCTTg > 3:180130/1‑148 (MQ=38) cACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAAt > 1:19864/1‑149 (MQ=39) gCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgcgg < 5:249008/149‑1 (MQ=39) gCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGc < 7:381637/149‑1 (MQ=39) tGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGcccc < 2:398923/149‑1 (MQ=39) aaCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCt < 5:61565/148‑1 (MQ=39) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGc < 8:98290/144‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 7:124042/146‑1 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 4:377528/146‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 2:19864/148‑1 (MQ=38) cATTGAAAGGGTGAGGATGACCGGGGGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 3:292539/147‑1 (MQ=37) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑a < 6:18495/93‑1 (MQ=37) tGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑a > 5:18495/1‑93 (MQ=37) aaaGGTTGAGGATGCCCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 6:186284/148‑1 (MQ=37) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 5:241750/1‑133 (MQ=38) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 6:241750/133‑1 (MQ=38) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gg > 8:351344/1‑69 (MQ=255) aaaGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGC‑gg < 7:351344/69‑1 (MQ=255) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg > 1:127766/1‑129 (MQ=38) gTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 2:127766/129‑1 (MQ=38) ttGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGa < 3:397859/124‑1 (MQ=38) ttGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGa > 4:397859/1‑124 (MQ=38) gACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 6:245503/121‑1 (MQ=37) gACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg > 5:245503/1‑121 (MQ=37) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgcg < 2:224086/96‑1 (MQ=25) ccGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATgcg > 1:224086/1‑96 (MQ=25) gCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGttt > 2:1034/1‑111 (MQ=25) gCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGttt < 1:1034/111‑1 (MQ=25) cAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAAt > 3:104149/1‑81 (MQ=21) cAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑ACCGTGCCGGCCTTGAAt < 4:104149/81‑1 (MQ=21) || GCCGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCTCTCTGC‑GGTAAACCCGCTCCTACCAGGG‑A‑CGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGA > NC_002947/4585887‑4586112 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |