Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,168,213 | Δ1 bp | 7.0% | coding (108/2880 nt) | PP_2782 → | class III pyridoxalphosphate dependent aminotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,168,213 | 0 | C | . | 7.0% | 179.3 / 7.3 | 57 | coding (108/2880 nt) | PP_2782 | class III pyridoxalphosphate dependent aminotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/27); new base . (2/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TGCCGCTGACTACCGCCTCTTTTTTTACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCGACGTGCCGTTCAACGCACAAA > NC_002947/3168067‑3168355 | tGCCGCTGACTACCGCCTCTTTTTTTACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTa > 7:65089/1‑149 (MQ=255) ccGCTGACTACCGCCTCTTTTTTTACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTAcc < 3:224644/149‑1 (MQ=255) tACCGCCTCTTTTTTTACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAAccc > 6:157139/1‑148 (MQ=255) ctTTTTTTACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGa > 5:131872/1‑149 (MQ=255) tttACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGa < 4:284021/144‑1 (MQ=255) tttACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGa > 3:284021/1‑144 (MQ=255) tttACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATg < 1:195895/148‑1 (MQ=255) ttACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATgg > 6:201645/1‑148 (MQ=255) cTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATggtcac < 8:65089/149‑1 (MQ=255) cTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATggtcac < 7:204523/149‑1 (MQ=255) tCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATggtcacgg < 5:157139/148‑1 (MQ=255) aGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATggtcacggtcac < 6:131872/149‑1 (MQ=255) atatGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTAcc < 5:66796/114‑1 (MQ=255) atatGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTAcc > 6:66796/1‑114 (MQ=255) gACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGT‑‑TACCGCAACCCCACGGGCGACATGGTCACGCTCACCGACTTtct > 8:226609/1‑148 (MQ=255) gACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGT‑‑TACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTtct < 7:230618/148‑1 (MQ=255) gACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGT‑‑TACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTtct > 8:230618/1‑148 (MQ=255) gACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTAGGCCCAAAGTCGTCGGCCTGCTGCAGGCAATGTGC‑CGGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGT‑‑TACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTgct < 7:226609/148‑1 (MQ=255) aTGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTcggcgg > 6:207925/1‑149 (MQ=255) tGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGt > 7:78459/1‑149 (MQ=255) tGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGt > 2:320242/1‑149 (MQ=255) gATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTa < 5:316499/149‑1 (MQ=255) gttcgGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCAcc < 3:347979/117‑1 (MQ=255) gttcgGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCAcc > 4:347979/1‑117 (MQ=255) ggCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCgg < 1:320242/148‑1 (MQ=255) gCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGc < 8:125199/148‑1 (MQ=255) gCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGc > 1:310622/1‑148 (MQ=255) gCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGc > 7:125199/1‑148 (MQ=255) cAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGCGCTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑AAGTTGTTATACCGAAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGGCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCca > 1:212296/1‑148 (MQ=255) aaaTTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACaa < 5:201645/149‑1 (MQ=255) aTTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACg > 2:59445/1‑149 (MQ=255) gtcgGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGAcc > 1:49391/1‑148 (MQ=255) tcgGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGCGCAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGAcc > 1:96425/1‑148 (MQ=255) tcgGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCca < 2:212296/149‑1 (MQ=255) gCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTtctc < 6:354554/107‑1 (MQ=255) ctgcAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGt < 8:78459/149‑1 (MQ=255) ctgcAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGt < 5:207925/149‑1 (MQ=255) ctgcAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGt < 1:59445/149‑1 (MQ=255) gCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGAt > 7:109412/1‑147 (MQ=255) gCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATc > 1:272860/1‑148 (MQ=255) gCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATc < 2:272860/148‑1 (MQ=255) aCTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGc > 3:346803/1‑149 (MQ=255) tgtgAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTgcgcag > 6:98645/1‑145 (MQ=255) gtgAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGctgctg > 6:31401/1‑149 (MQ=255) tgAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCtgctgc > 2:269138/1‑149 (MQ=255) aTTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCa < 4:346803/149‑1 (MQ=255) tGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCAGCAGCGCaca < 5:98645/148‑3 (MQ=255) gAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCg < 8:109412/148‑1 (MQ=255) cgcgcCCTCGGTAGG‑CAGTTGTTCTACCGCAAACCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCAGCAGCGCacatagct < 2:49391/149‑8 (MQ=255) gcgcCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCg > 3:2048/1‑93 (MQ=255) gcgcCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCg < 4:2048/93‑1 (MQ=255) gcCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCGACGTGcc < 2:310622/149‑1 (MQ=255) ccTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCGACGTGCCGt < 1:269138/149‑1 (MQ=255) ggTAGC‑CAGTGGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCGGCTGCGCAGCGACGTGCCGTTCaa < 2:96425/149‑1 (MQ=255) c‑cAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCGACGTGCCGTTCAACGca > 5:147510/1‑148 (MQ=255) aGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCGACGTGCCGTTCAACGcaca > 2:10321/1‑148 (MQ=255) gttgttCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCGACGTGCCGTTCAACGCACaaa > 6:361742/1‑149 (MQ=255) | TGCCGCTGACTACCGCCTCTTTTTTTACTTTCAAGGGATATGACTGTCATGGATTATCGCGATTTCGTTCGGCCCAAATTCGTCGGCCTGCTGCAGGCACTGGGC‑CTGGAGTGTGAATTTGAGCGCGCCCTCGGTAGC‑CAGTTGTTCTACCGCAACCCCAAGGGCGACATGGTCACGGTCACCGACTTTCTCGGCGGTTACGGTGCGGCACTGTTCGGCCACAACGACCCACAGTTTGTCGATCAGCTATGTGCGCTGCTGCGCAGCGACGTGCCGTTCAACGCACAAA > NC_002947/3168067‑3168355 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |