Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,296,094 | Δ1 bp | 5.8% | coding (393/600 nt) | PP_2023 ← | glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,296,094 | 0 | C | . | 5.8% | 322.7 / 13.1 | 103 | coding (393/600 nt) | PP_2023 | glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (50/44); new base . (3/3); total (54/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTA > NC_002947/2295948‑2296242 | acacGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCgccagc > 2:290227/1‑147 (MQ=255) acGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAgg < 2:117128/149‑1 (MQ=255) acGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCAGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCCAGCCTTCGCGCTCCGCCCGCCAgg > 4:301244/1‑149 (MQ=255) gccgccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑g > 6:150018/1‑149 (MQ=255) ccgccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct‑gc > 3:292479/1‑149 (MQ=255) ccgccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCct < 3:294627/147‑1 (MQ=255) ccTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTgg > 7:105778/1‑149 (MQ=255) cTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGc > 4:288940/1‑149 (MQ=255) tcGAACCGCAGTGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGt > 1:219316/2‑148 (MQ=255) cGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTaa < 6:146732/149‑1 (MQ=255) aCCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGc < 6:198964/149‑1 (MQ=255) cACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTc > 1:305263/1‑149 (MQ=255) cACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTc > 4:311408/1‑149 (MQ=255) tGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTcgcg > 3:239211/1‑149 (MQ=255) gtggTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCgg < 2:219316/147‑1 (MQ=255) cGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCggg < 7:172817/149‑1 (MQ=255) gTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCg < 3:45111/133‑1 (MQ=255) gTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCg > 4:45111/1‑133 (MQ=255) 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3:291739/127‑1 (MQ=255) cATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCa > 4:312870/1‑148 (MQ=255) gggCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAG‑CAGGCCGAGGCCtggctggc < 1:207508/104‑1 (MQ=38) gcagcaACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTAc < 5:150018/149‑1 (MQ=255) aaCGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAG‑CAGGCCGAGGCCTGGCTGGCggag > 2:212451/1‑99 (MQ=37) aaCGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAG‑CAGGCCGAGGCCTGGCTGGCggag < 1:212451/101‑3 (MQ=37) gcgGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCAc < 6:312790/149‑1 (MQ=255) 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gCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTAc < 8:184307/89‑1 (MQ=255) gCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTAc > 7:184307/1‑89 (MQ=255) gCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGtt < 6:56777/137‑1 (MQ=255) gCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGtt > 5:56777/1‑137 (MQ=255) ccTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGc > 3:106918/1‑149 (MQ=255) cTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGcc > 6:106592/1‑149 (MQ=255) attaccGCCAG‑CAGGCCGAGGCCTGGCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCa < 1:250547/137‑1 (MQ=255) attaccGCCAG‑CAGGCCGAGGCCTGGCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCa > 2:250547/5‑141 (MQ=255) gCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAggg > 1:58349/1‑149 (MQ=255) gCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAggg < 2:58349/149‑1 (MQ=255) cTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGt < 8:143319/149‑1 (MQ=255) cGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCACAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTg < 2:93619/148‑1 (MQ=255) cGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGACTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTgg > 8:197365/1‑149 (MQ=255) ccagccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCAGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTGGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGAAGGGTTGGcc > 6:277706/1‑149 (MQ=255) cagccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCt > 4:180969/1‑149 (MQ=255) agccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTg > 3:154423/1‑149 (MQ=255) gccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTg > 1:57661/1‑148 (MQ=255) ccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTa < 7:197365/149‑1 (MQ=255) ccagGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTa < 4:154423/149‑1 (MQ=255) | ACACGCGGATAAGCCGCCTCGGCGAACCACTGCGGTTCGACCCCGGCAAACTGGCGCATCAGGGGCAGCAACGCGGCATCGGCCATGCTCGGGTGGTCGGCCAGCAGGTAAGCCCGCCCCGCCAGCAAGCCTTCGAGCTCCGCCAGCCAGGCCTCGGCCT‑GCTGGCGGTAATGCTCGCGGGAATGCTCCGGGTAACGTTCGGCATACTTGTACAGGTTCACGTGCGCCTTGAACGTGGTGTCATTGCGCGCAATCAGCGTTTCAGCCTGCTGCGCAGCCGCAGGGTTGGCCTGTA > NC_002947/2295948‑2296242 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |