Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,587,622:1 | +A | 11.1% | coding (458/915 nt) | catA‑II → | catechol 1,2‑dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,587,622 | 1 | . | A | 11.1% | 157.4 / 14.1 | 45 | coding (458/915 nt) | catA‑II | catechol 1,2‑dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/20); new base A (3/2); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.91e-01 |
CATCGAAGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGCG > NC_002947/3587476‑3587768 | cATCGAAGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑gg > 6:355667/1‑149 (MQ=255) aTCGAAGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGt < 5:355667/149‑1 (MQ=255) gTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATg > 4:300918/1‑149 (MQ=255) tACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGc > 7:164504/1‑149 (MQ=255) gcgcACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCg < 3:300918/148‑1 (MQ=255) cACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGAGGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGt < 4:75394/149‑1 (MQ=255) ccGATCTCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTGCCCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGt < 1:222552/148‑1 (MQ=255) cccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCg > 5:159555/1‑149 (MQ=255) ccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCACAGGTCGAccgt > 3:59262/1‑117 (MQ=255) ccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCACAGGTCGAccgt < 4:59262/119‑3 (MQ=255) ccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCACAGGTCGACC‑GTGGCacc < 2:298806/125‑3 (MQ=255) ccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCACAGGTCGACC‑GTGGCacc > 1:298806/1‑123 (MQ=255) ccAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGt > 2:222552/1‑139 (MQ=255) gTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGttcttc > 7:183712/1‑149 (MQ=255) gcATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGc < 5:51345/149‑1 (MQ=255) acgacgGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCg < 8:16193/149‑1 (MQ=255) cgGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGAcc < 4:256967/134‑1 (MQ=255) cgGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGAcc > 3:256967/1‑134 (MQ=255) ggCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATAccc < 6:104834/109‑1 (MQ=255) gggCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTc > 2:349773/1‑132 (MQ=255) gggCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTc < 1:349773/132‑1 (MQ=255) ggCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGgcgc > 4:38364/1‑148 (MQ=255) aCGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGt > 7:332546/1‑149 (MQ=255) ggAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTA‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAgg > 5:356065/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCt > 2:224411/1‑119 (MQ=255) gAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCt < 1:224411/119‑1 (MQ=255) gCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGgcgc < 8:183712/149‑1 (MQ=255) ccAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGgcg > 1:13147/1‑147 (MQ=255) ccAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGgcg < 2:13147/147‑1 (MQ=255) cTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACcgcgc > 1:322939/1‑149 (MQ=255) tGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTAcc > 6:334881/1‑125 (MQ=255) aCCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTA‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCgcgcgcgc < 6:356065/149‑1 (MQ=255) cccGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCt < 6:159555/149‑1 (MQ=255) aCGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGc < 1:175947/99‑1 (MQ=255) aCGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGc > 2:175947/1‑99 (MQ=255) aCGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATc < 2:322939/149‑1 (MQ=255) ggACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGt < 3:38364/149‑1 (MQ=255) ggACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGt < 8:332546/149‑1 (MQ=255) aCGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTAc > 7:145092/1‑111 (MQ=255) aCGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTAc < 8:145092/111‑1 (MQ=255) tGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCt > 6:191860/1‑132 (MQ=255) tGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCt < 5:191860/132‑1 (MQ=255) tGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGc > 2:302014/1‑149 (MQ=255) atG‑CCACAGGTCGACC‑GTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGc > 5:88920/2‑149 (MQ=255) cAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGc > 3:69511/1‑148 (MQ=255) cAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGCg > 5:92045/1‑149 (MQ=255) | CATCGAAGGCCCGTTGTACGTGGCTGGCGCACCGATTGCCCAAGGTGAAGTGCGCATGGACGACGGCAGCGAGGAGGGCGTGGCCACGGTGATGTTCCTGGAAGGCCAGGTGCTGGACCCGCACGGACGCCCGCTGCCGGGTG‑CCAC‑GGTCGACCTGTGGCATGCCAATACCCGTGGTACCTACTCGTTCTTCGACCAAAGCCAGTCGGCGTACAACCTGCGTCGGCGCATCGTTACCGATGCCCAGGGGCGCTACCGCGCGCGCTCCATCGTGCCATCGGGCTATGGCTGCG > NC_002947/3587476‑3587768 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |