| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,949,101:1 | +A | 8.5% | coding (433/642 nt) | PP_3485 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,949,101 | 1 | . | A | 8.5% | 227.2 / 14.8 | 59 | coding (433/642 nt) | PP_3485 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (28/26); new base A (2/3); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
GCCTCCCGCTGCCCGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATGCCGCTTCGATCTCGCC > NC_002947/3948956‑3949245 | gcctCCCGCTGCCCGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTc < 6:275242/149‑1 (MQ=255) ccGCTGCCCGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTg > 4:73349/1‑149 (MQ=255) aGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGC‑GCAGTCGAC‑GCGCCGAGcgaggg < 3:101655/148‑6 (MQ=38) gCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCg > 7:194278/1‑149 (MQ=255) cccGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGC‑GCAGTCGAC‑GCGCCGAGCGAGGGc > 2:171101/1‑142 (MQ=38) cccGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGC‑GCAGTCGAC‑GCGCCGAGCGAGGGc < 1:171101/142‑1 (MQ=38) ccGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACtt > 7:235790/1‑149 (MQ=255) cGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGC‑GCAGTCGAC‑GCGCCGAGcgaggg < 6:238533/139‑6 (MQ=38) cGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCT‑GCTCAGC‑GCAGTCGAC‑GCGCCGAGcgaggg > 5:238533/1‑134 (MQ=38) gAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGc < 3:73349/149‑1 (MQ=255) gCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCACTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTg > 8:29941/1‑149 (MQ=255) ccAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTgg < 4:191939/149‑1 (MQ=255) ccAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTgg < 7:29941/149‑1 (MQ=255) aaGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGgc > 6:233854/1‑149 (MQ=255) aggccaggccGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGgcc < 3:283365/149‑1 (MQ=255) aggccGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCAt < 8:235790/149‑1 (MQ=255) gccGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCAtct < 5:269542/149‑1 (MQ=255) cGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑Aggg > 6:342880/1‑123 (MQ=255) cGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑Aggg < 5:342880/123‑1 (MQ=255) cgTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGgt < 5:233854/149‑1 (MQ=255) gACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTAtt > 1:42611/1‑149 (MQ=255) gACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTAtt > 3:235439/1‑149 (MQ=255) ccAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCa > 8:142592/1‑149 (MQ=255) ccAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCa < 8:194278/149‑1 (MQ=255) cAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAg > 3:47614/1‑149 (MQ=255) cAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAg > 2:199174/1‑149 (MQ=255) aTGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAgtg < 7:142592/149‑1 (MQ=255) tATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAgt > 8:151333/1‑142 (MQ=255) tATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAgt < 7:151333/142‑1 (MQ=255) cgcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCg > 5:208385/1‑149 (MQ=255) gcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGc < 4:235439/149‑1 (MQ=255) gcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGc < 2:42611/149‑1 (MQ=255) gcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGc > 2:22292/1‑149 (MQ=255) gcTCCTTGCAGTCTGTCCTGGCTGCCATCAAAACATGCCTCCACTTCGCCCGCGCTCGGC‑GC‑GGCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGc < 4:281502/149‑1 (MQ=255) cTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCt < 5:211324/90‑1 (MQ=255) cTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCt > 6:211324/1‑90 (MQ=255) ttGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGgcc < 6:347814/94‑1 (MQ=255) ttGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGgcc > 5:347814/1‑94 (MQ=255) ttGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGccc < 6:199281/142‑1 (MQ=255) ttGAAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGccc > 5:199281/1‑142 (MQ=255) gTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGCGGC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGAACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCATGTCGAAGCCCGCCACTGCCAg > 1:261550/1‑149 (MQ=255) ccTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCtt > 8:43636/1‑149 (MQ=255) gTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCTACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGa < 7:316795/149‑1 (MQ=255) gTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCg > 8:316795/1‑148 (MQ=255) ggCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAAt < 6:208385/148‑1 (MQ=255) gCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATaa > 6:331175/1‑149 (MQ=255) gCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATaa > 8:328652/1‑149 (MQ=255) cATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGTGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAAc < 5:331175/149‑1 (MQ=255) aaaaaaTGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCg > 2:108590/1‑149 (MQ=255) aaaaTGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTg < 6:42251/64‑1 (MQ=255) aaaaTGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTg > 5:42251/1‑64 (MQ=255) cTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGc < 4:52243/117‑1 (MQ=255) tCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGc > 8:34842/1‑116 (MQ=255) ccACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCTGGTGTATTCAg < 5:252250/84‑1 (MQ=255) ccACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAg > 6:252250/1‑84 (MQ=255) cACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATg > 3:21597/1‑149 (MQ=255) cccTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATGCCGCTTc < 2:261550/149‑1 (MQ=255) tcgctcgGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAAt > 8:133164/1‑138 (MQ=255) tcgctcgGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAAt < 7:133164/138‑1 (MQ=255) gc‑gc‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATGCCGCTTCGATCTCGcc > 5:172842/1‑148 (MQ=255) | GCCTCCCGCTGCCCGATGAGCGTTGCCCGAGCCAAGGCCAGGCCGTGTTCGCGTATGACCAATGGATTATCACTTTGGTTCTGCGCTCCTTGCAGTCTGTCCTGGTTGGCATCAAAAAATGCCTCCACTTCGCCCTCGCTCGGC‑GC‑GTCGACTGCGCTGAGC‑AGGGCGTACACTTGCTGGGCCGCCATCTCATGCCGGGTGTATTCAGTGTACTGCGCCCTGTCGAAGCCCGCCTCTGCCAGTCGCCTTTCGAATAACGCCGGGCTGCCAAATGCCGCTTCGATCTCGCC > NC_002947/3948956‑3949245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |