Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,993,730 | C→T | 9.1% | G228R (GGG→AGG) | PP_2617 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,993,730 | 0 | C | T | 9.1% | 115.4 / 2.6 | 45 | G228R (GGG→AGG) | PP_2617 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/20); new base T (2/2); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.64e-01 |
ACGAATTCGCCGCAGGCCTGGCTCATGCACAGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCTGGTGGGGTAGAACGCTTCGTCCAGTTGCAGG > NC_002947/2993591‑2993875 | aCGAATTCGCCGCAGGCCTGGCTCATGCACAGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGc < 3:328962/148‑1 (MQ=255) ttCGCCGCAGGCCTGGCTCATGCACAGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCTGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAgg < 1:247295/149‑1 (MQ=255) ctcctctggCCTGGCTCATGCAGAGTTACAGCTGATCGGGTTGGGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTTGAATCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGTGATTGTCGGCGATCCCGTACTGTCCCGAGGc < 8:121786/141‑1 (MQ=18) gccgcAGGCCTGGCTCATGCACAGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCAc < 8:5217/149‑1 (MQ=255) gccgcAGGCCTGGCTCATGCACAGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCAc > 7:5217/1‑149 (MQ=255) acaGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGc > 4:199292/1‑120 (MQ=255) acaGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGc < 3:199292/120‑1 (MQ=255) aGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCg < 4:322234/121‑1 (MQ=255) aGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCg > 3:322234/1‑121 (MQ=255) ggTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAg > 2:37415/1‑149 (MQ=255) tGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCCGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGccc < 7:236439/136‑1 (MQ=255) tGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCAGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGccc > 8:236439/1‑136 (MQ=255) gcTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATggg < 1:217726/145‑1 (MQ=255) gcTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATggg > 2:217726/1‑145 (MQ=255) gCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCaa < 3:244805/111‑1 (MQ=255) gCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCaa > 4:244805/1‑111 (MQ=255) tGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCcgc < 5:263421/101‑1 (MQ=255) tGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCcgc > 6:263421/1‑101 (MQ=255) cAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGa > 2:170186/1‑148 (MQ=255) aTGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAAcc > 5:249442/1‑149 (MQ=255) tGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCACTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTg > 6:241455/1‑149 (MQ=255) gAAGCATTGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCa < 6:289590/149‑1 (MQ=255) gAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCTCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCa < 5:241455/149‑1 (MQ=255) caACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCAccgc > 5:91973/1‑149 (MQ=255) aaCGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAAc > 4:292875/1‑128 (MQ=255) aaCGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAAc < 3:292875/128‑1 (MQ=255) aaCGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCAccgcc < 6:249442/149‑1 (MQ=255) ggTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCctct > 5:122562/1‑119 (MQ=255) ggTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCctct < 6:122562/119‑1 (MQ=255) tGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGa > 1:118792/1‑148 (MQ=255) cagcagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCtg < 1:170186/148‑1 (MQ=255) cagcagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCt < 6:91973/147‑1 (MQ=255) agcagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCTGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAAc > 4:301097/1‑143 (MQ=255) agcagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCTGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAAc > 4:296018/1‑143 (MQ=255) agcagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCTGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAAc < 3:301097/143‑1 (MQ=255) agcagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCTGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAAc < 3:296018/143‑1 (MQ=255) cagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAGCCGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCtggtg < 1:37415/149‑1 (MQ=255) cagGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCtggtgg > 6:148289/1‑149 (MQ=255) ttGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCTGGTgggg > 1:307795/1‑147 (MQ=255) tCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAAc < 5:275196/99‑1 (MQ=255) tCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAAc > 6:275196/1‑99 (MQ=255) gcgAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCTGGTGGGGTAGAACGCtt > 8:140768/1‑149 (MQ=255) agatctaTCCGGGACTGGCACGAGGCACCAATCGGCGTGGCAAGTCCGCGCGCCCGCTCGCCCAAGGTATGGGGTATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCTGGTTGGGTAGAACGCTTCGTCCAg < 6:19404/143‑1 (MQ=255) tCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCTGGTGGGGTAGAACGCTTCGTCCAGTTGCAgg < 2:307795/149‑1 (MQ=255) tCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGAGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCTGGTGGGGTAGACAGCTTCGTcacg > 5:19404/1‑139 (MQ=255) | ACGAATTCGCCGCAGGCCTGGCTCATGCACAGGTACAGCTGCTCGGGGTGCGTTTGCGCTTGCCTGGCCAGATGCTGGAAGCATGGCCACCAACGGTTCATGGCCTGCAGCAGGTTGAAGTCGCGAATGTCGGCGATCCCGGACTGGCCCGAGGCACCAATCCGCGTGGCAAGGCCGCGCGCCCGCTCGCGCAAGGTATGGGTGATTTCCTCTAGAAACCGCTGCAG‑CGCTGGCACCGCCCGCACCGAAACGCTGGTGGGGTAGAACGCTTCGTCCAGTTGCAGG > NC_002947/2993591‑2993875 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |