Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,005,176 | C→T | 7.0% | A586V (GCC→GTC) | PP_2627 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,005,176 | 0 | C | T | 7.0% | 167.7 / 2.0 | 57 | A586V (GCC→GTC) | PP_2627 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/24); new base T (2/2); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 |
TTTGGCGACTATCGTGCGGCCTGGCCGGTGGTTGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTCCTGGCCAGGGG > NC_002947/3005031‑3005321 | tttGGCGACTATCGTGCGGCCTGGCCGGTGGTTGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCa < 8:273710/148‑1 (MQ=255) aCTATCGTGCGGCCTGGCCGGTGGTTGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACgca < 8:8597/149‑1 (MQ=255) aCTATCGTGCGGCCTGGCCGGTGGTTGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACACTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACgca < 2:310071/149‑1 (MQ=255) tGCGGCCTGGCCGGTGGTTGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGcaccac < 5:200384/149‑1 (MQ=255) ccGGTGGTTGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGc > 5:353943/1‑147 (MQ=255) tGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACaaa > 4:252678/1‑149 (MQ=255) ccGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATg > 3:100265/1‑149 (MQ=255) gATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGa > 2:157210/1‑137 (MQ=255) gATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGc > 5:161951/1‑149 (MQ=255) cTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGTCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCt > 6:191578/1‑147 (MQ=255) cTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGTCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCa < 5:191578/149‑1 (MQ=255) gTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAggg > 1:166508/1‑149 (MQ=255) gTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAg < 6:161951/147‑1 (MQ=255) tATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGt > 7:267076/1‑149 (MQ=255) aTCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGtt > 1:337312/1‑149 (MQ=255) gcAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCAGCGCTAAGGGTTTAACGtat > 2:329234/1‑148 (MQ=255) aaCATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAg > 7:161247/1‑114 (MQ=255) gTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATc > 2:283638/1‑143 (MQ=255) gTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCATGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATc < 1:283638/143‑1 (MQ=255) ccTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGcc < 2:244546/77‑1 (MQ=255) ccTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGcc > 1:244546/1‑77 (MQ=255) ccTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCg > 4:116472/1‑148 (MQ=255) gTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAg > 5:81246/1‑149 (MQ=255) ttGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAgc > 1:283178/1‑149 (MQ=255) atgaGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAgccg < 2:166508/148‑1 (MQ=255) tgaGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAgccgc < 6:353943/148‑1 (MQ=255) gCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTAc < 6:100173/117‑1 (MQ=255) cTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGTGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGcc < 7:208880/143‑1 (MQ=255) cTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGTGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGcc > 8:208880/1‑143 (MQ=255) cTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATg > 7:46469/1‑149 (MQ=255) gttgtCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATgg < 4:253886/86‑1 (MQ=255) gttgtCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATgg > 3:253886/1‑86 (MQ=255) tCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACt < 8:267076/148‑1 (MQ=255) tCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTg > 3:24307/1‑149 (MQ=255) cTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGTCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTg > 3:134173/1‑148 (MQ=255) aaaCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGGCCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGAt > 2:98389/1‑149 (MQ=255) aaaCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAg > 2:23688/1‑141 (MQ=255) aaaCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAg < 1:23688/141‑1 (MQ=255) aaCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATg > 6:233845/1‑149 (MQ=255) aCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAgg > 3:150642/1‑88 (MQ=255) aCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAgg > 3:145446/1‑88 (MQ=255) aCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAgg < 4:145446/88‑1 (MQ=255) aCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAgg < 4:150642/88‑1 (MQ=255) tttCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGccc > 1:105411/1‑149 (MQ=255) cTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGTCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGt < 4:134173/148‑1 (MQ=255) cTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGt > 1:276723/1‑148 (MQ=255) ccGGCCTTGGCCAGTTGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAATTGTCCGCGCTCAGCGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTg < 4:100265/149‑1 (MQ=255) ccGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGt < 2:105411/148‑1 (MQ=255) ccGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTg < 3:252678/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTgg < 5:233845/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTgg > 7:267248/1‑133 (MQ=255) ggCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTgg < 8:267248/133‑1 (MQ=255) gCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGc > 7:290733/1‑148 (MQ=255) cAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCt < 2:276723/149‑1 (MQ=255) tgtgATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGGCCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTCCTg < 1:98389/149‑1 (MQ=255) tgtgATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTCCTg > 6:69730/1‑149 (MQ=255) tCGATGCCATGCACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCCCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTc < 5:63355/123‑1 (MQ=255) tCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCCCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTc > 6:63355/1‑123 (MQ=255) aTGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTCCTGGCCAgggg < 4:24307/149‑1 (MQ=255) | TTTGGCGACTATCGTGCGGCCTGGCCGGTGGTTGCCGATTTTGGCTTGTATCAAGGGCGCAACATTGGTCCCTTGGTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTCCTGGCCAGGGG > NC_002947/3005031‑3005321 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |