Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,037,052 | C→T | 9.1% | V179I (GTC→ATC) ‡ | PP_2649 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,037,052 | 0 | C | T | 9.1% | 121.5 / 2.3 | 44 | V179I (GTC→ATC) ‡ | PP_2649 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/20); new base T (2/2); total (22/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 |
GGAAGCGCAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTCTTCGATGATTTCGAACGACATC > NC_002947/3036905‑3037200 | ggAAGCGCAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGGTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGAcc < 5:341228/149‑1 (MQ=255) gAAGCGCAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCg > 1:219165/1‑149 (MQ=255) gAAGCGCAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCg > 4:166085/1‑149 (MQ=255) gcgcAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGc > 7:69143/1‑147 (MQ=255) gcAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGGTCATCGCCaa > 7:75273/1‑147 (MQ=255) gcAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAgt < 1:188461/149‑1 (MQ=255) aGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGGTCATCGCCaacat < 8:75273/149‑5 (MQ=255) gCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGtc < 8:69143/149‑1 (MQ=255) cAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCg > 5:130885/1‑148 (MQ=255) cAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCg > 8:244133/1‑148 (MQ=255) cAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCg > 7:25541/1‑148 (MQ=255) ttGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGaa > 7:287330/1‑147 (MQ=255) cACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCt > 6:44541/1‑149 (MQ=255) aCGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTg > 3:324808/1‑149 (MQ=255) cgcgCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTgc < 5:44541/149‑1 (MQ=255) gcATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTgcggc < 2:344305/149‑1 (MQ=255) gggCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGTGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTAt > 5:103250/1‑149 (MQ=255) gggCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTAt > 3:251210/1‑149 (MQ=255) ggCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTAtt < 4:324808/149‑1 (MQ=255) gACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCgg > 8:181117/1‑148 (MQ=255) gACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCgg > 8:17910/1‑148 (MQ=255) tCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAgg < 7:244133/149‑1 (MQ=255) cGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGAt < 8:287330/149‑1 (MQ=255) ctctCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTc < 3:240585/149‑1 (MQ=255) aGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGcc < 3:166085/149‑1 (MQ=255) ggTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCg < 4:251210/149‑1 (MQ=255) ggCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGctct < 8:25541/149‑1 (MQ=255) cAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCtctc > 2:148685/1‑148 (MQ=255) gCTCAGGCTTGGTGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGGCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCt < 6:103250/149‑1 (MQ=255) tCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTgg > 2:63047/1‑149 (MQ=255) aGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGt < 6:130885/149‑1 (MQ=255) ttGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGctct > 6:122863/1‑135 (MQ=255) ttGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGctct < 5:122863/135‑1 (MQ=255) gAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGcc > 6:52447/1‑117 (MQ=255) gAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGcc < 5:52447/117‑1 (MQ=255) gtCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGc > 7:140454/1‑93 (MQ=255) gtCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGc < 8:140454/93‑1 (MQ=255) gtCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTc > 4:83671/1‑144 (MQ=255) gtCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTc < 3:83671/144‑1 (MQ=255) gacactGGCGGTCATCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGActggctg > 1:114171/6‑136 (MQ=255) gacactGGCGGTCATCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGActggctg < 2:114171/131‑1 (MQ=255) gCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTCTTCGATGATTTCGaa < 1:63047/149‑1 (MQ=255) cGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTCTTCGATGATTTCGAAc < 1:148685/149‑1 (MQ=255) gATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTCTTCGATGATTTCGaa < 4:86967/147‑1 (MQ=255) gATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTCTTCGATGATTTCGaa > 3:86967/1‑147 (MQ=255) ccGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGACGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTCTTCGATGATTTCGAACGACATc > 2:170901/1‑149 (MQ=255) | GGAAGCGCAGCCCGGCATCGTGAAATTCGCGCTCCAGTTGCACGCGCATGGGCATGTTGGCCCGGTAGACGATCCAGCGGCTCTCGGCCAGGTCGGCAAGGCTCAGGCTTGGCGCATGCTTGAGCGGGTGGTCGATGTTGGCGATGACCGCCAGTGTCTCATCCTGGACAAAGGTGCTGGCGAACAGCTGCGGCGTATTGCTGACACTGGTGCGGCACAGGGCGATGTCCAGGCGGCCGCTCTCGATCTGGGTCAGCAGCGACTGGCTGGTGTCTTCGATGATTTCGAACGACATC > NC_002947/3036905‑3037200 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |