Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,136,993 | T→C | 7.8% | V65V (GTT→GTC) ‡ | PP_2753 → | ABC transporter ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,136,993 | 0 | T | C | 7.8% | 140.7 / 2.8 | 51 | V65V (GTT→GTC) ‡ | PP_2753 | ABC transporter ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/24); new base C (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-01 |
ATCGAAGTGATCTACGACGGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTCCCACCTGACTATCGA > NC_002947/3136856‑3137136 | aTCGAAGTGATCTACGACGGCACGATCCTTGCCGTTGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGAACCAGGCCggaaa < 3:86173/149‑5 (MQ=255) aTCGAAGTGATCTACGACGGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCg > 5:189516/1‑149 (MQ=255) gAAGTTATCTACGACGGAACTATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCggg < 6:248168/148‑1 (MQ=255) aaGTGATCTACGACGGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGgcg > 4:319179/1‑149 (MQ=255) aGTGATCTACGACGGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGgcgc < 2:111172/149‑1 (MQ=255) cgacgGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGt < 8:77990/144‑1 (MQ=255) cgacgGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGt > 7:77990/1‑144 (MQ=255) gacgGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCg > 6:41167/1‑149 (MQ=255) actgCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCTGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGTCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGt > 2:101729/4‑149 (MQ=255) ggCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATTTCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑gg < 3:319179/149‑1 (MQ=255) cTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCg < 6:189516/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCACAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGc > 3:275300/1‑149 (MQ=255) gTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTTGGCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTc > 1:252904/1‑148 (MQ=255) gTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTc > 7:237153/1‑147 (MQ=255) gTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCa < 3:320154/149‑1 (MQ=255) ccGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAgggg < 1:101729/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACAccg > 1:242316/1‑149 (MQ=255) ggTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGgtg < 2:252904/149‑1 (MQ=255) ggTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGgtg < 8:237153/149‑1 (MQ=255) gCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCgg > 2:8909/1‑149 (MQ=255) aGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGc > 5:27788/1‑148 (MQ=255) cGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAAcc > 7:281601/1‑149 (MQ=255) gATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGgc < 7:162032/86‑1 (MQ=255) gATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGgc > 8:162032/1‑86 (MQ=255) tcgtcgCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACctgctg < 5:41167/149‑1 (MQ=255) tcgCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCa > 5:113735/1‑149 (MQ=255) tt‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGc > 5:54420/1‑147 (MQ=255) gCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCgg > 1:156752/1‑128 (MQ=255) gCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCgg < 2:156752/128‑1 (MQ=255) cTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAgg < 6:113735/148‑1 (MQ=255) tAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAg < 1:280961/107‑1 (MQ=255) tAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAg > 2:280961/1‑107 (MQ=255) ggTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCAtgt < 7:189964/149‑1 (MQ=255) cTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGtt < 2:95168/148‑1 (MQ=255) cTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTg < 2:242316/149‑1 (MQ=255) tGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTg > 5:326641/1‑148 (MQ=255) cAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACTCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAg < 1:8909/149‑1 (MQ=255) agagCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCAGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCACCCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGGCCATGTGTTGGAAgta > 8:142111/1‑147 (MQ=255) acGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATATCAGTCGT‑GGCCATATACGCTTGCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCAtgt > 1:72663/1‑149 (MQ=255) gcacAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATgtgt < 4:275300/146‑1 (MQ=255) tCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGTAGGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGtt > 1:88080/1‑149 (MQ=255) aaGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTtc < 6:326641/147‑1 (MQ=255) tATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTcc > 7:206352/1‑145 (MQ=255) tATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTcc < 8:206352/145‑1 (MQ=255) gtcGGCCTGAACCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GTCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTCCCACCt < 6:345669/144‑1 (MQ=255) gtcGGCCTGAACCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTCCCACCTGag > 5:345669/3‑148 (MQ=255) tcGGCCTGAACCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTCCCACCTGAc > 4:283451/2‑148 (MQ=255) cGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCGGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTTTCGTACATGTGtt < 7:92081/117‑1 (MQ=255) cGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATACGCTTCCATGGGCAGGACACCGCCGGTCTCGCGGCCAACCAGCTAGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGtt > 8:92081/1‑117 (MQ=255) ccTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTCCCACCTGACTATCg < 6:54420/149‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTCCCACCTGACTATCGa < 2:72663/149‑1 (MQ=255) | ATCGAAGTGATCTACGACGGCACGATCCTTGCCGTGGCCGGTGTATCCCTGCGGGTCGGGCAGGGCGATATCGTCGCCTT‑GCTAGGCGCCAACGGTGCTGGCAAGAGCACCACGCTCAAGGCTATTTCCGGCCTGGTTCAGGCCGACCGGGCGCATGTCAGTCGT‑GGCCATATCCGCTTCCAGGGGCAGGACACCGCCGGTGTCGCGGCCAACCTGCTGGCACGCCAGGGTATCGTCCATGTGTTGGAAGGACGGCATGTGTTCTCCCACCTGACTATCGA > NC_002947/3136856‑3137136 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |