| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,142,897 | G→C | 8.2% | Q282H (CAG→CAC) | PP_2758 → | ribose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,142,897 | 0 | G | C | 8.2% | 154.5 / 4.6 | 49 | Q282H (CAG→CAC) | PP_2758 | ribose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/23); new base C (2/2); total (24/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
CCCCAAAGGTGAGCTCGACGCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAA > NC_002947/3142753‑3143043 | ccccAAAGGTGAGCTCGACGCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCcag‑cc < 4:220511/147‑1 (MQ=255)ccccAAAGGTGAGCTCGACGCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCcag‑cc > 3:220511/1‑147 (MQ=255) aaaGGTGAACTCGACGCGATCTGGGCGGCCTGGGGTCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCcag‑cccggcag > 1:15043/1‑149 (MQ=255) aacTCGACGCGATCTGGGCGGCCTGGGCTCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGt < 2:15043/146‑1 (MQ=255) cTCGACGCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGc < 2:262902/149‑1 (MQ=255) gACGCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTg < 6:84350/148‑1 (MQ=255) gcgATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCAAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑ACAGGCAGCCCCGTGGCTGCAgt > 6:57734/1‑149 (MQ=255) gggCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGgcg > 6:110407/1‑149 (MQ=255) gcCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAgtggtg > 4:73165/1‑141 (MQ=255) gcCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAgtggtg < 3:73165/141‑1 (MQ=255) gggATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCgcag > 7:38748/1‑143 (MQ=25) gggATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCgcag < 8:38748/143‑1 (MQ=25) ccGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAGCCCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGt < 1:243251/146‑1 (MQ=255) gCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGCGCGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATc > 1:222801/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGt < 2:165955/149‑1 (MQ=255) agccagGCGCTTATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTTCGCACCAATCCCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGCAAATGCAACGCCAG‑CCCGGAAGCCCGGAAGCTGCACTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt > 7:10425/1‑149 (MQ=255) agccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt > 2:105650/1‑149 (MQ=255) agccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt < 1:105650/149‑1 (MQ=255) agccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt > 2:96571/1‑149 (MQ=255) ccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTg > 2:85222/1‑148 (MQ=255) gcgcTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCAt < 1:84841/147‑1 (MQ=255) gcgcTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCAt > 2:84841/1‑147 (MQ=255) aTCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCg < 3:24441/148‑1 (MQ=255) gAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGccc < 5:57734/148‑1 (MQ=255) c‑cGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTAc < 1:85222/149‑1 (MQ=255) cGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGc < 5:110407/149‑1 (MQ=255) aTGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CGACCTGGCCGGc > 4:49952/1‑149 (MQ=255) gTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCa > 6:63809/1‑149 (MQ=255) gcgcACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCAc > 1:218311/1‑148 (MQ=255) tATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCGCGATCTgcc > 7:121850/1‑149 (MQ=255) tATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGAGTTGATCgg < 2:64908/95‑1 (MQ=255) tATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGAGTTGATCgg > 1:64908/1‑95 (MQ=255) tGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTgccgc > 3:172142/1‑149 (MQ=255) gCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCTCGATCTGCCGccc < 8:121850/149‑1 (MQ=255) gCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTgccgcc < 5:63809/148‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTtcgtc < 2:222801/149‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTtcgtc < 2:218311/149‑1 (MQ=255) gCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGa < 3:169986/120‑1 (MQ=255) gCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGa > 4:169986/1‑120 (MQ=255) cTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCctgct > 1:73487/1‑149 (MQ=255) tGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCTGAAACCTTCGTCGAGACCctgct > 1:56849/1‑148 (MQ=255) tGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCtt < 7:118267/133‑1 (MQ=255) tGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCctgctg > 5:354194/1‑149 (MQ=255) gAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCGCCTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGa < 1:96571/149‑1 (MQ=255) aggctgctgcGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGaaa > 4:293093/5‑127 (MQ=21) aggctgctgcGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGaaa < 3:293093/123‑1 (MQ=21) aaTTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGAcc > 3:146467/1‑149 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCAcggcgg < 4:172142/148‑1 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCAcggcg < 2:73487/147‑1 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGACCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGAcc > 2:58729/1‑132 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGACCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGAcc < 1:58729/132‑1 (MQ=255) ccAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGc > 8:7116/1‑148 (MQ=255) cag‑cccggcagcccggTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCaa > 1:284182/1‑149 (MQ=255) | CCCCAAAGGTGAGCTCGACGCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAA > NC_002947/3142753‑3143043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |