Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,142,918 | A→C | 7.6% | A289A (GCA→GCC) | PP_2758 → | ribose ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,142,918 | 0 | A | C | 7.6% | 161.1 / 4.4 | 53 | A289A (GCA→GCC) | PP_2758 | ribose ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/22); new base C (2/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
GCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAACGTCGATGACGTCAAACGCATCC > NC_002947/3142772‑3143066 | gcgATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCAAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑ACAGGCAGCCCCGTGGCTGCAgt > 6:57734/1‑149 (MQ=255) gggCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGgcg > 6:110407/1‑149 (MQ=255) gcCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAgtggtg < 3:73165/141‑1 (MQ=255) gcCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAgtggtg > 4:73165/1‑141 (MQ=255) gggATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCgcag > 7:38748/1‑143 (MQ=25) gggATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCgcag < 8:38748/143‑1 (MQ=25) ccGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAGCCCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGt < 1:243251/146‑1 (MQ=255) gCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGCGCGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATc > 1:222801/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGt < 2:165955/149‑1 (MQ=255) agccagGCGCTTATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTTCGCACCAATCCCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGCAAATGCAACGCCAG‑CCCGGAAGCCCGGAAGCTGCACTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt > 7:10425/1‑149 (MQ=255) agccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt > 2:105650/1‑149 (MQ=255) agccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt < 1:105650/149‑1 (MQ=255) agccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGt > 2:96571/1‑149 (MQ=255) ccagGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTg > 2:85222/1‑148 (MQ=255) gcgcTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCAt < 1:84841/147‑1 (MQ=255) gcgcTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCAt > 2:84841/1‑147 (MQ=255) aTCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCg < 3:24441/148‑1 (MQ=255) gAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGccc < 5:57734/148‑1 (MQ=255) c‑cGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTAc < 1:85222/149‑1 (MQ=255) cGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGc < 5:110407/149‑1 (MQ=255) aTGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CGACCTGGCCGGc > 4:49952/1‑149 (MQ=255) gTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCa > 6:63809/1‑149 (MQ=255) gcgcACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCAc > 1:218311/1‑148 (MQ=255) tATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCGCGATCTgcc > 7:121850/1‑149 (MQ=255) tATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGAGTTGATCgg < 2:64908/95‑1 (MQ=255) tATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGAGTTGATCgg > 1:64908/1‑95 (MQ=255) tGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTgccgc > 3:172142/1‑149 (MQ=255) gCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCTCGATCTGCCGccc < 8:121850/149‑1 (MQ=255) gCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTgccgcc < 5:63809/148‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTtcgtc < 2:222801/149‑1 (MQ=255) cGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTtcgtc < 2:218311/149‑1 (MQ=255) gCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGa < 3:169986/120‑1 (MQ=255) gCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGa > 4:169986/1‑120 (MQ=255) cTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCctgct > 1:73487/1‑149 (MQ=255) tGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCTGAAACCTTCGTCGAGACCctgct > 1:56849/1‑148 (MQ=255) tGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCtt < 7:118267/133‑1 (MQ=255) tGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCctgctg > 5:354194/1‑149 (MQ=255) gAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCGCCTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGa < 1:96571/149‑1 (MQ=255) aggctgctgcGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGaaa < 3:293093/123‑1 (MQ=21) aggctgctgcGCCAC‑CACTGCAGCCACCGGGCTGCCGGGCTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGaaa > 4:293093/5‑127 (MQ=21) aaTTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGAcc > 3:146467/1‑149 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCAcggcgg < 4:172142/148‑1 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCAcggcg < 2:73487/147‑1 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGACCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGAcc > 2:58729/1‑132 (MQ=255) cgcCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGACCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGAcc < 1:58729/132‑1 (MQ=255) ccAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGc > 8:7116/1‑148 (MQ=255) cag‑cccggcagcccggTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCaa > 1:284182/1‑149 (MQ=255) cccggcagcccggTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAACGt < 6:354194/149‑1 (MQ=255) ccggTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAAc < 4:77945/138‑1 (MQ=255) ccggTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAAc > 3:77945/1‑138 (MQ=255) gTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAACGTCGATGACGTCa > 4:48198/1‑148 (MQ=255) tGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAACGTCGATGACGTCAAACGCa > 3:191727/1‑149 (MQ=255) tGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAACGTCGATGACGTCAAACGCa > 7:84089/1‑149 (MQ=255) aGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAACGTCGATGACGTCAAACGCATcc > 6:144115/1‑149 (MQ=255) | GCGATCTGGGCGGCCTGGGATCTGCCGCAGCTCGGTGCCAGCCAGGCGCTGATCGAAGC‑CGGACGCAATGAAGTGCGCACCTATGGCGTCGACGGTACGCCCGAGGTGCTGGAATTGCTGCGCCAG‑CCCGGCAGCCCGGTGGCTGCAGTGGTGGCGCAGCAGCCTGCGTTGATCGGCCGTACGGCGGTGCATAACGTCGCCCG‑CTACCTGGCCGGCGAGCACGATCTGCCGCCCGAAACCTTCGTCGAGACCCTGCTGACCACGGCGGGCAACGTCGATGACGTCAAACGCATCC > NC_002947/3142772‑3143066 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |