Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,181,394 | T→A | 8.5% | V197V (GTT→GTA) ‡ | PP_2791 → | aminoglycoside phosphotransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,181,394 | 0 | T | A | 8.5% | 136.9 / 3.3 | 47 | V197V (GTT→GTA) ‡ | PP_2791 | aminoglycoside phosphotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/21); new base A (2/2); total (24/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.24e-01 |
TGTGCCGGGTAGCGCTGCCGGCCGCGCGCTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCGCAGCAGCACCCTGTGCCTGTTGCACCG > NC_002947/3181250‑3181540 | tgtgCCGGGTAGCGCTGCCGGCCGCGCGCTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCg > 5:175246/1‑148 (MQ=255) cTGCCGGCCGCGCGCTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCGGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGcc > 1:284047/1‑149 (MQ=255) ccggccgCGCGCTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTg < 5:225667/149‑1 (MQ=255) ccgCGCGCTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGa < 2:332280/149‑1 (MQ=255) cgcTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATc < 6:175246/149‑1 (MQ=255) gcTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGGAACGGACAggaa < 3:86743/129‑4 (MQ=255) gcTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGGAACGGACAggaa > 4:86743/1‑126 (MQ=255) aGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGc > 1:148044/1‑149 (MQ=255) aGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGc > 5:99940/1‑149 (MQ=255) aCCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTcc > 4:236544/1‑113 (MQ=255) aCCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTcc < 3:236544/113‑1 (MQ=255) gcCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGGAACGGACAggaag > 1:50828/1‑113 (MQ=255) gcCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGGAACGGACAggaag < 2:50828/117‑5 (MQ=255) cGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGc < 1:137111/138‑1 (MQ=255) tCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTAcc > 3:93882/1‑149 (MQ=255) cTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTc > 3:247181/1‑149 (MQ=255) tCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCAt > 3:211322/1‑126 (MQ=255) tCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCAt < 4:211322/126‑1 (MQ=255) ggCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGAcc > 6:295063/1‑120 (MQ=255) gcgcAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGc < 4:247181/149‑1 (MQ=255) cTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGc < 2:284047/149‑1 (MQ=255) cTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGc < 6:99940/149‑1 (MQ=255) cTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGc > 4:302778/1‑149 (MQ=255) tGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGcc > 4:64239/1‑149 (MQ=255) aGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTg < 3:202126/149‑1 (MQ=255) gcCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATg > 5:144582/1‑149 (MQ=255) gcCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATg > 3:325770/1‑149 (MQ=255) gcCAACCTGGCGCGTCTGCAACAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTAt > 5:211584/1‑135 (MQ=255) gcCAACCTGGCGCGTCTGCAACAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTAt < 6:211584/135‑1 (MQ=255) cAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATggg < 8:146889/149‑1 (MQ=255) aaCCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATgggg > 1:182914/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGc < 3:302778/149‑1 (MQ=255) cATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGc < 2:148044/147‑1 (MQ=255) cATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGa < 6:144582/149‑1 (MQ=255) gTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGc < 6:197820/141‑1 (MQ=255) gTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGc > 5:197820/1‑141 (MQ=255) gTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCa > 5:78262/1‑149 (MQ=255) tCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCAt > 7:205752/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCgcagcag > 7:11707/1‑148 (MQ=255) cACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCgcagcagca < 3:64239/149‑1 (MQ=255) cACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCgcagcagca < 6:78262/149‑1 (MQ=255) cTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGCTGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTgc > 5:23706/1‑112 (MQ=255) cTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTgc < 6:23706/112‑1 (MQ=255) cTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCGCAGCAGCACCCt < 8:11707/149‑1 (MQ=255) tgtgCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCGCAGCAGCACCCtg > 5:244618/1‑149 (MQ=255) ccTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCGCAGCAGCACCCTGTGCCt < 8:205752/147‑1 (MQ=255) gTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCGCAGCAGCACCCTGTGCCTGTTGCACCg > 3:69102/1‑149 (MQ=255) | TGTGCCGGGTAGCGCTGCCGGCCGCGCGCTCAGCACCGGCGCCGGTCCTCAGGGCCGGGCGCAACTGGCGACGCAGCTTGGCGCCAACCTGGCGCGTCTGCATCAGGTCCGCCCGCCGTGCGCCACGCTGTGCTTCCTGTCCGTTCCGGACAGCTCGCCGGCCCTGGCGACCATCGACGCCTACCGCCGCTACCTCGACACCCTCGCCGATGCCTATCCGGTGCTGGAATGGGGCCTGCGCTGGTGCGAGCTGCATGCGCCGCGCAGCAGCACCCTGTGCCTGTTGCACCG > NC_002947/3181250‑3181540 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |