Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 315,914 | G→A | 9.3% | S243S (TCG→TCA) | cysQ → | 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase CysQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 315,914 | 0 | G | A | 9.3% | 119.2 / 2.9 | 43 | S243S (TCG→TCA) | cysQ | 3'(2'),5'‑bisphosphate nucleotidase CysQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/20); new base A (2/2); total (21/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCCGAGGGCAGCGCCGATTGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCCACAAAGGCCGCGTTA > NC_002947/315770‑316062 | ggCCGAGGGCAGCGCCGATTGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCgctg < 8:173708/148‑1 (MQ=255) ggCCGAGGGCAGCGCCGATTGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGGGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCgctg < 8:90303/148‑1 (MQ=255) gCCGAGGGCAGCGCCGATTGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCgctgc < 4:257092/148‑1 (MQ=255) cGATTGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTcc < 6:288812/149‑1 (MQ=255) tGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGc > 7:296040/1‑149 (MQ=255) tGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGGGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTgg < 6:190900/148‑1 (MQ=255) ttATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGt > 3:215918/1‑149 (MQ=255) tCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGc < 4:215918/149‑1 (MQ=255) cgcCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTgg > 5:248604/1‑139 (MQ=255) cgcCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTgg < 6:248604/139‑1 (MQ=255) cgcCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGt < 2:199235/149‑1 (MQ=255) cgcCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGt < 4:270582/149‑1 (MQ=255) cGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGgc < 5:106658/147‑1 (MQ=255) gggATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGcc < 8:296040/149‑1 (MQ=255) gATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAAcc > 3:110296/1‑103 (MQ=255) gATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAAcc < 4:110296/103‑1 (MQ=255) gtggAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGcc > 7:212038/1‑123 (MQ=255) gtggAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGcc < 8:212038/123‑1 (MQ=255) ggCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATc > 8:20963/1‑148 (MQ=255) gAAGTGATCGGGCTGGTTGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCtgtg < 1:155266/143‑1 (MQ=255) gAAGTGATCGGGCTGGGTGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCtgtg > 2:155266/1‑143 (MQ=255) gAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCGGGTAAATGCTGAATCGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCg > 2:294424/1‑149 (MQ=255) aTCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTTAATTGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCa < 2:213494/127‑1 (MQ=255) aTCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTg > 6:37537/1‑149 (MQ=255) tCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGc > 8:308937/1‑149 (MQ=255) gggCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGt > 6:9045/1‑149 (MQ=255) gATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCACTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGa > 8:308838/1‑148 (MQ=255) tGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAg < 1:294424/149‑1 (MQ=255) tGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAg < 7:308937/149‑1 (MQ=255) gCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAggg < 6:105632/149‑1 (MQ=255) ccGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCACTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCt > 1:27538/1‑66 (MQ=255) ccGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCACTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCt < 2:27538/66‑1 (MQ=255) cGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCACTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCaa < 7:308838/149‑1 (MQ=255) gTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAg > 1:297177/1‑149 (MQ=255) ttCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCg < 4:243125/54‑1 (MQ=255) ttCCGGTATCCGCCGAGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCg > 3:243125/1‑54 (MQ=255) tATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCt < 4:72815/96‑1 (MQ=255) tATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCt > 3:72815/1‑96 (MQ=255) ccgccgCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCca > 8:313827/1‑149 (MQ=255) ggccgcGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCGGCTCCcac < 7:20963/148‑1 (MQ=255) cgccgcGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACt < 7:152702/88‑1 (MQ=255) cgccgcGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACt > 8:152702/1‑88 (MQ=255) gcgcgAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCCACAAAg > 4:301267/1‑149 (MQ=255) gcgAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCCACAAAGGc > 1:307169/1‑149 (MQ=255) gAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCCACAAAGGCcg > 8:36906/1‑149 (MQ=255) aGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCCACAAAGGCcgc < 5:9045/149‑1 (MQ=255) gctgctTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCCACAAAGGCCGCGTTa < 2:307169/149‑1 (MQ=255) | GGCCGAGGGCAGCGCCGATTGTTATCCGCGCCTGGCGCCGACTTCGCAGTGGGATACTGCTGCGGCGCAGGGTGTGGTGGAGGGGGCCGGTGGCGAAGTGATCGGGCTGGATGGCTTGCCGTTCCGGTATCCGCCGCGCGAGTCGCTGCTTAACCCGTACTTCCTGGCGTTGCCGGTAAATGCTGAATGGCGCCAGGCCTTCCTGAACCTCATCTAACTGCCTGGCACGATCCTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGAAAGGGCCGCAAGGCCGCTCCCACAAAGGCCGCGTTA > NC_002947/315770‑316062 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |