Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,201,399 | C→T | 6.9% | L243L (CTG→TTG) | PP_2808 → | oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,201,399 | 0 | C | T | 6.9% | 171.9 / 2.1 | 58 | L243L (CTG→TTG) | PP_2808 | oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/24); new base T (2/2); total (32/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 |
TCCAGGGAAGTACATCGGCGGCCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCC > NC_002947/3201251‑3201544 | tCCAGGGAAGTACATCGGCGGCCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGc < 3:168671/149‑1 (MQ=255) cAGGGAAGTACATCGGCGGCCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTg < 5:322185/149‑1 (MQ=255) gTACATCGGCGGCCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGcaacc > 7:266700/1‑148 (MQ=255) aCATCGGCGGCCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCACGGTGATGGTGCTGGcaacca > 8:278498/1‑147 (MQ=255) gcggcCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGTTGGCAACCAACGCCta > 8:297248/1‑148 (MQ=255) gcggcCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGTTGGCAACCAACGCCta > 8:292521/1‑148 (MQ=255) cgGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTgggg < 7:278498/149‑1 (MQ=255) cgGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTgggg < 3:347915/149‑1 (MQ=255) gcaaTCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGgt > 7:223750/4‑149 (MQ=255) gCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGgt > 5:272819/1‑149 (MQ=255) gCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGgt < 8:266700/149‑1 (MQ=255) cATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGgtgt > 8:165875/1‑149 (MQ=255) aTCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGtt < 7:165875/149‑1 (MQ=255) tCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTg > 6:12186/1‑149 (MQ=255) gAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTgc < 5:358666/148‑1 (MQ=255) ctACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGa > 5:59624/1‑149 (MQ=255) gAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCa < 3:308164/113‑1 (MQ=255) gAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCa > 4:308164/1‑113 (MQ=255) acgcacgcCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCgg > 5:141136/1‑148 (MQ=255) acgcacgcCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCgg < 6:141136/148‑1 (MQ=255) cgcacgcCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGgt > 6:150117/1‑149 (MQ=255) ttGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAAt < 6:59624/149‑1 (MQ=255) tGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTgggg < 8:185480/104‑1 (MQ=255) tGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTgggg > 7:185480/1‑104 (MQ=255) tGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGTCAATCGa > 4:197159/1‑148 (MQ=255) aGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGTTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGaaa < 7:292521/148‑1 (MQ=255) aGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGTTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGaaa < 7:297248/148‑1 (MQ=255) cTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAAGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAAcc > 6:36298/1‑148 (MQ=255) ttCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTcgc < 1:231135/119‑1 (MQ=255) ttCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTcgc > 2:231135/1‑119 (MQ=255) aGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAAc < 8:223750/149‑1 (MQ=255) aGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAAt > 1:42699/1‑132 (MQ=255) aGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAAt < 2:42699/132‑1 (MQ=255) ggTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACgc < 6:272819/149‑1 (MQ=255) ttACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGcagcag < 5:150117/149‑1 (MQ=255) ccTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTg > 1:19258/1‑149 (MQ=255) cTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTgggg < 6:140384/76‑1 (MQ=255) cTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTgggg > 5:140384/1‑76 (MQ=255) gCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCt > 2:318596/1‑149 (MQ=255) cAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAg < 1:54115/88‑1 (MQ=255) cAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAg > 2:54115/1‑88 (MQ=255) cAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGt > 4:85181/1‑131 (MQ=255) aaGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGc < 3:197159/149‑1 (MQ=255) cccATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGc > 8:210634/1‑149 (MQ=255) tGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAAGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGc < 5:36298/149‑1 (MQ=255) ccGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAg < 1:318596/149‑1 (MQ=255) cGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAgg > 1:59707/1‑149 (MQ=255) gTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAggg > 5:249758/1‑149 (MQ=255) gTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAggg < 5:12186/149‑1 (MQ=255) gCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCg > 7:267373/1‑149 (MQ=255) cAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCgg > 6:203778/1‑149 (MQ=255) ccGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCggg > 8:22220/1‑147 (MQ=255) cGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTAGACGCAGCAGTTGGATGCCGTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAg > 8:49802/1‑149 (MQ=255) cccaGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAggg < 7:49802/149‑1 (MQ=255) gTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGatcat > 5:23731/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCAc > 6:109289/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCAcgcc < 5:109289/149‑1 (MQ=255) tGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACgc < 8:201512/99‑1 (MQ=255) tGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACgc > 7:201512/1‑99 (MQ=255) | TCCAGGGAAGTACATCGGCGGCCTCCGGCGCGCGGCCATCGAGGCGGGGGTGAAGCTCTACGAACGCACGCCGTTGCTGAGCTTCAGCGAAGGGCCGGTCATTACCTGCAAGACTGCCCATGGCCGTGCAACCGCCCCGGTGATGGTGCTGGCAACCAACGCCTATACCCCGCAGCTGGGGGTGTTGCGCAACAAGGTCGCGGCGATTCGGGTGTCGGCAATCGAAACCCAAACGCTGTCGACGCAGCAGTTGGCTGCCCTCGGCTGGCAAGGGCGGGAAGGGATCATCACGCC > NC_002947/3201251‑3201544 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |