Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,206,359 | G→A | 8.1% | G3D (GGT→GAT) | PP_2812 → | transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,206,359 | 0 | G | A | 8.1% | 138.2 / 2.2 | 49 | G3D (GGT→GAT) | PP_2812 | transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/24); new base A (2/2); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
GAATTTCGTACGAAACCCGGCCAGTTGGCAGATTTCCCTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTGGTTCGCCGTGCAACTGCGCATGGATGCT > NC_002947/3206211‑3206507 | gAATTTCGTACGAAACCCGGCCAGTTGGCAGATTTCCCTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACgg > 6:192680/1‑149 (MQ=255) cGAAACCCGGCCAGTTGGCAGATTTCCCTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAg < 6:184135/149‑1 (MQ=255) ccGGCCAGTTGGCAGATTTCCCTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCt > 4:324266/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGTTGGCAGATTTCCCTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTg < 6:328778/149‑1 (MQ=255) gCCAGTTGGCAGATTTCCGTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCTGCGAAACCCCATACGTCCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCTCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGaa < 3:245134/149‑1 (MQ=255) ggCAGATTTCCCTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCg < 5:146277/148‑1 (MQ=255) ccTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCt > 3:321102/1‑149 (MQ=255) tCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTTCGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGATTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCtgt > 5:105988/1‑149 (MQ=255) tCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTTCGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGATTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCtgt > 5:101015/1‑149 (MQ=255) tCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCtgt > 8:295064/1‑149 (MQ=255) tCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGACCtgt > 5:121585/1‑149 (MQ=255) gTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGa < 3:324266/149‑1 (MQ=255) ttCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAg < 7:295064/149‑1 (MQ=255) tCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCAATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAgg > 5:305405/1‑149 (MQ=255) cATGGGCGGCGAAACCCCCTTCGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGATTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAgg < 6:101015/148‑1 (MQ=255) cATGGGCGGCGAAACCCCCTTCGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGATTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAgg < 6:105988/148‑1 (MQ=255) cATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAgg < 6:305405/148‑1 (MQ=255) aTGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCtg > 5:274913/1‑131 (MQ=255) aTGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCtg < 6:274913/131‑1 (MQ=255) gggCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGgtgt > 1:169/1‑149 (MQ=255) ggcggcGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGgtgt < 5:192680/148‑1 (MQ=255) ggcgAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCAc > 2:158181/1‑132 (MQ=255) ggcgAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCAc < 1:158181/132‑1 (MQ=255) ccccTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGgtgtg < 4:81675/138‑1 (MQ=255) ccccTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGgtgtg > 3:81675/1‑138 (MQ=255) cTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTc > 5:203346/1‑126 (MQ=255) cTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTc < 6:203346/126‑1 (MQ=255) cGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGACCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCAtcgtc < 6:121585/148‑1 (MQ=255) ccAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCgg < 8:34963/137‑1 (MQ=255) ccAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCgg > 7:34963/1‑137 (MQ=255) aCCGCGATTATGTCGGCATCGCGGTTTACAGCACCTTGTGAGGCCTGACGTGAACGGGTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCAGGAACGTTGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGGTTGTTGTTCGGGCATCGTAGTCTGGTGATGgagacca > 4:104513/1‑146 (MQ=255) ccGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCt < 4:321102/149‑1 (MQ=255) cgcgATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGc > 4:182423/1‑146 (MQ=255) cgcgATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGc < 3:182423/146‑1 (MQ=255) aTGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCgg < 4:13607/114‑1 (MQ=255) aTGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCgg > 3:13607/1‑114 (MQ=255) aTGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGGCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGgtgt < 3:139827/149‑1 (MQ=255) tCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGa > 1:334882/1‑149 (MQ=255) gATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCAt < 2:169/149‑1 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGgtgtg < 4:43467/87‑1 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGgtgtg > 3:43467/1‑87 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCgg < 4:99620/95‑1 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCgg > 3:99620/1‑95 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGc < 2:164485/125‑1 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGc > 1:164485/1‑125 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTg > 7:202870/1‑149 (MQ=255) ccGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTg < 8:202870/149‑1 (MQ=255) ccGTGAACGGTTCTGTATAGCTTTCTTAAGCGCGGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCTTCGTCGTCTGGTGCTTGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTGGTTCGCCGTGCAACTgc < 3:104513/147‑1 (MQ=255) gTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGTTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTGGTTCGCCGTGCAACTGCGCAt > 4:91310/1‑149 (MQ=255) tGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTGGTTCGCCGTGCAACTGCGCATg > 5:97786/1‑149 (MQ=255) ggTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTGGTTCGCCGTGCAACTGCGCATGGATGc > 2:124080/1‑149 (MQ=255) gTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTGGTTCGCCGTGCAACTGCGCATGGATGCt > 7:323230/1‑149 (MQ=255) | GAATTTCGTACGAAACCCGGCCAGTTGGCAGATTTCCCTCAACTACGCGAAGTTCATGGGCGGCGAAACCCCCTACGACCAGCTTTATCGTGACCGCGATTATGTCGGCATCGCGATTTCCCGCACCTTGTGAGGCCTGCCGTGAACGGTTCTGTAAAGCTATCTGAAGCCCCGGCACGTGGCCTGTTGTCACGCGTCGAGGGTGTGTTGTTCGGGCATCGTCGTCTGGTGCTGGCGAGCCTGGCGGTGTTCACGCTGATCATGGGCTGGTTCGCCGTGCAACTGCGCATGGATGCT > NC_002947/3206211‑3206507 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |