| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,266,116 | G→C | 8.9% | intergenic (+33/+26) | PP_2863 → / ← PP_2864 | membrane protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,266,116 | 0 | G | C | 8.9% | 156.6 / 7.1 | 56 | intergenic (+33/+26) | PP_2863/PP_2864 | membrane protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/29); new base C (2/3); total (24/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
GCACAAGACCCGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTGACCCA > NC_002947/3265969‑3266264 | gCACAAGACCCGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGc < 3:333657/149‑1 (MQ=255) acaAGACCCGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCcg > 3:225123/1‑149 (MQ=255) cccGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAg < 5:359338/149‑1 (MQ=255) cccGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAg < 7:40392/149‑1 (MQ=255) ccGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGGTGTTTGTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCATTTGTACCGGCATC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAgg > 5:306437/1‑149 (MQ=255) cGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTTCCGGCCCT‑TTCGCGGCTTTACCCGCGaagagg < 6:260994/149‑5 (MQ=38) cAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTTCCGGCCCT‑TTCGCGGCTTTACCCGCGAAGAGGcc < 3:296645/149‑1 (MQ=38) tttCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGc < 6:143241/143‑1 (MQ=255) tttCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGc > 5:143241/1‑143 (MQ=255) ttCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTc > 8:10936/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTc > 4:121567/1‑149 (MQ=255) aGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGAt > 7:269364/1‑148 (MQ=255) ggggtgGGCGGGGGGTTTGTGCTGCTGGACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATcac < 6:306437/147‑1 (MQ=255) gtgtGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGaa < 6:85370/134‑1 (MQ=255) gtgtGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGaa > 5:85370/1‑134 (MQ=255) gtgtGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACAt < 2:155589/148‑1 (MQ=255) tgggCTGGGGGATTGGGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGa < 7:288623/146‑1 (MQ=255) tGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGt < 6:175467/133‑1 (MQ=255) tGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGt > 5:175467/1‑133 (MQ=255) tGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTc < 6:290454/134‑1 (MQ=255) tGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTc > 5:290454/1‑134 (MQ=255) tGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTc < 2:24994/134‑1 (MQ=255) tGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTc > 1:24994/1‑134 (MQ=255) gtgtgCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCt < 7:8707/148‑1 (MQ=255) tgctgcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTTCCGGCCCT‑TTCGCGGCTTTACCCGCGaagaggc > 7:183725/1‑105 (MQ=25) tgctgcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTTCCGGCCCT‑TTCGCGGCTTTACCCGCGaagaggc < 8:183725/110‑6 (MQ=25) tgctgcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCAc < 2:5483/141‑1 (MQ=255) tgctgcACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCAc > 1:5483/1‑141 (MQ=255) cACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCAc < 8:275444/136‑1 (MQ=255) ccAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTggg < 5:142025/149‑1 (MQ=255) cAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTggg > 3:337685/1‑148 (MQ=255) aGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTAc < 7:10936/149‑1 (MQ=255) gACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATcac < 2:33879/104‑1 (MQ=255) tGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCACCCGCTTGGGCAACCGCCGCACTACCAGc > 8:293777/1‑149 (MQ=255) tttttCTTTAGGGGCTTATTTTGCCCCTTGGTTTATGTGCAGTTTAACCGCTATCTTTCGCGGGTAAAGCCCCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTgg < 1:112185/147‑1 (MQ=255) tttCTTGACGGGCGTAATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTg < 8:269364/148‑1 (MQ=255) ttGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCAC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTggg < 4:192755/120‑1 (MQ=255) ttGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCAC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTggg > 3:192755/1‑120 (MQ=255) tCTGCCGCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGAc < 8:130867/115‑1 (MQ=255) tCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCACCCCCACCTGCACCCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCCCTGCCACCCCTc > 7:283913/1‑149 (MQ=255) tGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTca > 2:163460/1‑148 (MQ=255) gCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTcaca > 1:229070/1‑149 (MQ=255) ccccTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCACACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACAACCAGCTGGTGCGACCGCTGAAACACCTcaca > 8:106101/1‑148 (MQ=255) cTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCCACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCGGCAACACGTCACACAGt > 7:83008/1‑149 (MQ=255) tgTTGATTTGCAGTTGTACAGGCCTC‑TTCGCGCGTAAAGCCGAGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTtc < 8:283913/147‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTtcat < 4:225123/149‑1 (MQ=255) gtgCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTg < 2:320174/88‑1 (MQ=255) gtgCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTg > 1:320174/1‑88 (MQ=255) tgCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGcc < 3:121567/148‑1 (MQ=255) gTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATggg < 2:229070/148‑1 (MQ=255) ccGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAg > 3:34451/1‑149 (MQ=255) tttCGCGGCTTTACCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGgcggcg > 7:283752/2‑149 (MQ=255) cgcgGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGgcggcg < 4:34451/146‑1 (MQ=255) gcgGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCa < 1:163460/148‑1 (MQ=255) gggTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGc < 7:293777/149‑1 (MQ=255) gTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCt > 3:329979/1‑148 (MQ=255) gCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTGACCCa > 5:39420/1‑149 (MQ=255) | GCACAAGACCCGCAAGGTTTCGTTCCAGGTGGTGTGCTGGGGGATTGTGCTGCTGCACCAGGTGTTCTGGGCAGACTGGCTGTTTCTTGACGGGCGTTATCTGCCCCTTGGTTGATGTGCAGTTGTACCGGCCTC‑TTCGCGGGTAAAGCCGCGAAAGGGCCGGAACAGGTCGATCACATGACCAACCCCACCTGCAACCGCTTGGGCAACCGACGCACTACCAGCTGGTGCGACCGCTGCAACACCTCACACAGTTCATCACGCCCCATGGGGTAGGGCGGCGCCATGCTGACCCA > NC_002947/3265969‑3266264 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |