| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,287,276 | T→C | 22.6% | intergenic (+17/+24) | PP_2889 → / ← xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,287,276 | 0 | T | C | 22.6% | 48.3 / 13.4 | 31 | intergenic (+17/+24) | PP_2889/xthA | transmembrane regulator PrtR/exodeoxyribonuclease III/apurinic/apyrimidinic endodeoxyribonuclease VI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/5); new base C (5/2); total (24/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
TTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATGC > NC_002947/3287181‑3287424 | ttATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCta > 7:164133/1‑125 (MQ=255) tataACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATga > 3:24471/1‑148 (MQ=255) cTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGa > 5:74072/1‑149 (MQ=255) ttGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGTGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCAACTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGAtt > 3:243444/1‑148 (MQ=255) tCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGATGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGCGCCCAAGGGGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCAAGGTCCGCCGGCtttt > 7:248477/1‑146 (MQ=255) cgcgGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATccc > 3:294709/1‑149 (MQ=255) ggACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGTGGTGGGCCCAAGTTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTATTCAGATCACAACAAGCAACATCGGCGCATGTTCCGACGGCTTTTCCATcccagaac > 1:96091/1‑144 (MQ=255) gATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGGCCGTGACCCTAAAAAGCTCAACTACAGCCAGCACGGCCCAAGGTCCGACGGCTATTACATCCCGCGCaagaa > 6:240401/1‑144 (MQ=255) gTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCtttt > 5:241543/1‑125 (MQ=255) ggCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGcc > 6:229396/1‑149 (MQ=255) gTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCtttt > 1:340070/1‑103 (MQ=255) gTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCtttt < 2:340070/103‑1 (MQ=255) gTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGAt > 1:51303/1‑143 (MQ=255) gTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGAt < 2:51303/143‑1 (MQ=255) ttGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGc < 5:229396/149‑1 (MQ=255) ggTGGGGGTGGTAAGT‑GGGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCa < 5:240401/149‑1 (MQ=255) ttGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCCCCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgc > 6:357822/1‑149 (MQ=255) tGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCAT‑CCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAgctg > 5:344952/1‑149 (MQ=255) gt‑gtGGGCCCAAGGTGTGCAACATGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTACCGACAGATAGGCCCATGGTACGACGGCTTTTCCCTACCGCGCAGCACATATTACACCCCCCCTGACATGATGAGCGGCACCACGTGCTGTGAGGc > 6:214873/1‑148 (MQ=255) t‑gtgGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCa > 2:210626/1‑149 (MQ=255) gtgGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCAt > 6:6042/1‑149 (MQ=255) gggCCCAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGa > 1:219686/1‑149 (MQ=255) ggCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTGTTCCCTCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCCGCTGCTGGGAGGCCATGAt > 4:90290/1‑149 (MQ=255) cccAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 3:279698/1‑147 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAg < 4:240494/90‑1 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAg > 3:240494/1‑90 (MQ=255) cccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGAt > 5:53216/1‑147 (MQ=255) ccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa < 6:116898/137‑1 (MQ=255) ccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGa > 5:116898/1‑137 (MQ=255) ccAAGGTGCACACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAg > 3:242865/1‑149 (MQ=255) aaGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGt < 5:6042/149‑1 (MQ=255) gtgCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATg > 5:26502/1‑149 (MQ=255) tgCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATgc > 2:82007/1‑149 (MQ=255) | TTATAACTTTGCCTTGGTCAGCGCGGCGGACGATGTGCGTGGGGCGGGGGTGGGGGAGGCGTTGAGGTTGGGGTTGTAAGT‑GTGGGCCCAAGGTGTGCACCTTGGGCCCGTCACCCTAATCAGCTCAACTCCAGCCAGATCGGCGCATGGTCCGACGGCTTTTCCATCCCGCGCAGCTCATAGTCCACGCCCGCTGCCTTGATGCGCGGCACCAGCTGCTGTGAGGCCATGATCAGGTCGATGC > NC_002947/3287181‑3287424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |