Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,372,120 | T→C | 8.0% | intergenic (‑48/‑71) | csoR ← / → PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,372,120 | 0 | T | C | 8.0% | 173.6 / 5.2 | 62 | intergenic (‑48/‑71) | csoR/PP_2970 | copper utilization transcriptional regulator/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/30); new base C (3/2); total (30/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.70e-01 |
TGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCA > NC_002947/3371976‑3372264 | tGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 6:3627/149‑1 (MQ=255) tGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggg < 7:164943/149‑1 (MQ=255) tGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTgggggg > 4:191844/1‑148 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggggggg < 5:24455/148‑1 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTggggggg > 6:24455/1‑148 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa > 2:97991/1‑149 (MQ=255) gACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGa < 7:313349/149‑1 (MQ=255) cGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCCCAGGGGGata < 5:236938/149‑1 (MQ=255) ctgcGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc < 1:97991/149‑1 (MQ=255) TGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTc < 4:302373‑M1/148‑1 (MQ=255) CGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCaaa < 4:288763‑M1/149‑1 (MQ=255) GCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAAc > 1:176538‑M1/1‑149 (MQ=255) ggTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCa > 2:250890/1‑148 (MQ=255) gTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAc < 3:302373/149‑1 (MQ=255) gTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAAc < 3:288763/149‑1 (MQ=255) gCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAc < 4:90667/149‑1 (MQ=255) ccTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTAccc > 5:143486/1‑149 (MQ=255) cgcaCGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCtt < 6:143486‑M2/144‑1 (MQ=255) ttCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaa > 3:192395/1‑149 (MQ=255) cAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaacaa < 1:12433/147‑1 (MQ=255) aaCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAAcc > 6:104310/1‑148 (MQ=255) aaCCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCa < 4:192395/149‑1 (MQ=255) ttttGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATcc > 3:190590/1‑148 (MQ=255) ttGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATcc < 4:190590/146‑1 (MQ=255) atgatATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAg > 6:129412/1‑149 (MQ=255) cTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCaa > 5:49652/1‑147 (MQ=255) tATGACTTTGGTGTTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGACAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCAACCGCTTAGGCATCaa > 8:155829/1‑146 (MQ=255) tGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGa < 3:191844/148‑1 (MQ=255) aCTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGaaa < 7:206707/148‑1 (MQ=255) tttGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCaaaa > 2:183059/1‑142 (MQ=255) tttGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCaaaa < 1:183059/142‑1 (MQ=255) cTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGc > 2:125121/1‑149 (MQ=255) gATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATc < 6:240739/129‑1 (MQ=255) gATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATc > 5:240739/1‑129 (MQ=255) gCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCa < 1:125121/146‑1 (MQ=255) aTCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCa < 5:104310/149‑1 (MQ=255) gCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCCACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCAGCAAAAGAAACCAGACATGCTCAGCAAACCCATCAGCACt > 4:208154/1‑148 (MQ=255) tCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaa > 7:99055/1‑88 (MQ=255) tCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGaa < 8:99055/88‑1 (MQ=255) tCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGaaa > 1:80882/1‑116 (MQ=255) tCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGaaa < 2:80882/116‑1 (MQ=255) tGCATTGAGGCTCATGCATCTATGAAGTACTCTCTCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACACCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTg < 3:208154/149‑1 (MQ=255) aGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGAttttt < 6:49652/148‑1 (MQ=255) gTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGc > 6:252674/1‑149 (MQ=255) gCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTa > 6:139364/1‑84 (MQ=255) tCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTg < 5:129412/149‑1 (MQ=255) aTGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGc > 6:216745/1‑148 (MQ=255) tGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCa < 5:216745/149‑1 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCt > 5:270196/1‑142 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCt < 6:270196/142‑1 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGc > 3:132903/1‑149 (MQ=255) tCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGc > 6:363101/1‑149 (MQ=255) ccTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGc < 5:252674/149‑1 (MQ=255) catATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACACCCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGcc > 1:279758/3‑120 (MQ=255) catATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGcc < 2:279758/118‑1 (MQ=255) catATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGc > 1:64881/3‑149 (MQ=255) tATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCg > 8:26124/1‑149 (MQ=255) tATCCCCCCCAGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGACCATCTTGATAGCCTGGGCCg > 3:20955/1‑149 (MQ=255) ttccccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCggg < 3:43131/147‑1 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTgg < 7:280017/140‑1 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGca > 5:174383/1‑148 (MQ=255) cccTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACGACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTgg > 8:280017/1‑140 (MQ=255) | TGCTGACGATGCTGCGCAGGTGGCCCTCCGCACGCTTCAACCTTTTGATGATATCGCTATGACTTTGGTGCTGATGGCCGTGTTCGTGATCGCTCATGCCTTGAGTCTCATGCATCGATGAATTACGCTCGCATCCTATCCCCCTGGGGGGGATATGGTCAAACCAACTACCCCTTCAGAACAACCATCCGCTTAGGCATCAAAAGAAACACGACATGCTCAGCAACCCCATCAGCACTAAGGTGATTTTTGCCCTTGCTCTGGCCATCTTGATAGCCTGGGCCGGGCA > NC_002947/3371976‑3372264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |