Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,426,492 | C→G | 10.0% | D147E (GAC→GAG) ‡ | PP_3042 → | terminase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,426,492 | 0 | C | G | 10.0% | 171.3 / 10.4 | 60 | D147E (GAC→GAG) ‡ | PP_3042 | terminase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/27); new base G (3/3); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 |
TGGCTCCGGCCAACATCTTGACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAGGTGATCCGATCAAGCT > NC_002947/3426344‑3426638 | tGGCTCCGGCCAACATCTTGACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCCTGGac < 7:320835/149‑1 (MQ=255) aCATCTTGACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATTCCTTGGTGTCCAAGGTAtta > 4:271806/1‑148 (MQ=255) cATCTTGACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGAAATACCTTGGACACCAAGGAATTc > 7:215114/1‑148 (MQ=255) cTTGACGCTACTGCCCACCGGTGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAAtt < 2:225323/144‑1 (MQ=255) cTTGACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAAtt > 1:225323/1‑144 (MQ=255) gACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATTCCTTGGTGTCCAAGGTAttacggg < 3:271806/146‑6 (MQ=255) gACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGTCACCAAGGAATTCGAtg < 5:242871/146‑1 (MQ=255) gACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGAtg < 7:334248/146‑1 (MQ=255) gCTACTGCCGAGCTGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCAGGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCGAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATggtggt < 3:218668/148‑1 (MQ=255) ccACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATTCCTTGGTGTCCAAGGTAttacgg < 3:226275/134‑5 (MQ=255) ccACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATTCCTTGGTGTCCAAGGTAttacgg > 4:226275/1‑130 (MQ=255) ccGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGc > 6:206509/1‑148 (MQ=255) ttGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCa > 3:105782/1‑142 (MQ=255) ttGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCAAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTTTTTGCCa < 4:105782/142‑1 (MQ=255) gCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGtt > 2:156434/1‑129 (MQ=255) gCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGtt < 1:156434/129‑1 (MQ=255) ggTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAg < 8:93696/149‑1 (MQ=255) ttCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAAcc > 6:236485/1‑149 (MQ=255) tCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAccc > 8:94623/1‑148 (MQ=255) tCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAAcc > 6:236968/1‑148 (MQ=255) aCGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTa > 4:146998/1‑148 (MQ=255) gCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGAtggtg < 6:32688/99‑1 (MQ=255) gCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCt < 3:146998/148‑1 (MQ=255) gCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCAATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCt < 6:304667/148‑1 (MQ=255) cAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGt > 4:241769/1‑149 (MQ=255) aaGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTc > 2:202467/1‑149 (MQ=255) aCCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCa > 1:170498/1‑126 (MQ=255) aCCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCa < 2:170498/126‑1 (MQ=255) cATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCaa > 6:296266/1‑129 (MQ=255) cATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCaa < 5:296266/129‑1 (MQ=255) aTTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCg < 5:206509/149‑1 (MQ=255) aTTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTAt > 4:134968/1‑149 (MQ=255) ttCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTAt < 5:236968/148‑1 (MQ=255) cAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTAtgt < 5:236485/148‑1 (MQ=255) aCCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTAt < 3:134968/148‑1 (MQ=255) ccAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCg < 7:171958/132‑1 (MQ=255) ccAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCg > 8:171958/1‑132 (MQ=255) ccAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATgg < 1:202467/149‑1 (MQ=255) cAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGc > 4:111816/1‑149 (MQ=255) gAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCTAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAAc > 6:211066/1‑114 (MQ=255) gAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGTGTCCAAGGTAttac > 2:181608/1‑68 (MQ=37) gAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGTGTCCAAGGTAttac < 1:181608/70‑3 (MQ=37) aaaGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGt > 1:19577/1‑149 (MQ=255) aaaGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGt > 2:215833/1‑149 (MQ=255) aGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGGGTTGAGGTTg > 6:203867/1‑149 (MQ=255) aGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGtt > 7:93449/1‑148 (MQ=255) cgcgTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGAt < 2:19577/149‑1 (MQ=255) tgGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTgg < 1:105777/149‑1 (MQ=255) gCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTgg > 4:2948/1‑147 (MQ=255) gCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGa < 1:215833/149‑1 (MQ=255) ggTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTg < 3:241769/148‑1 (MQ=255) ttcgttcCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGc > 2:262638/1‑106 (MQ=255) ttcgttcCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGAt > 2:238584/1‑134 (MQ=255) ttcgttcCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGAt < 1:238584/134‑1 (MQ=255) cgttcCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGt > 4:214256/1‑149 (MQ=255) cTCCCGTAATACGTTGGACACCAAGGAATTCGTTGGTGGTGCTTTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCTGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCaagaag < 7:94623/149‑1 (MQ=255) tCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGACGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAgg > 4:333557/1‑149 (MQ=255) tCCAGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGCTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAgg > 8:305162/1‑149 (MQ=255) ccGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAgg < 8:215114/147‑1 (MQ=255) ggACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAGGTGATCCGATCaa < 3:111816/147‑1 (MQ=255) ggACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAGGTGATCCGATCAAg < 3:333557/148‑1 (MQ=255) acacCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAGGTGATCCGATCAAGCt < 7:305162/148‑1 (MQ=255) | TGGCTCCGGCCAACATCTTGACGCTACTGCCCACCGGGGGCTTGGCGAAGCGGGTGTCTTCACGGATTGGCAAGACCATTGATTCAGTACCAGAACTGAAAGCGCGTGTGGCGTCGGTTCGTTCCAGAGACTCCCGTAATACCTTGGACACCAAGGAATTCGATGGTGGTGCATTGTTTGCCACTACAGCCGGTTCGGCAGCCAACCTATCTGAGCTGTCGGCTCGGTATGTGTATGGCGATGAGGTTGATCGCTGGGAGGTGGACGTTAACCAAGAAGGTGATCCGATCAAGCT > NC_002947/3426344‑3426638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |