Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,857,613 | A→T | 9.3% | Q64L (CAG→CTG) noncoding (71/224 nt) |
PP_3407 → PP_mr41 → |
hypothetical protein Cobalamin regulatory region |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,857,613 | 0 | A | T | 9.3% | 149.5 / 5.8 | 54 | Q64L (CAG→CTG) noncoding (71/224 nt) | PP_3407 PP_mr41 | hypothetical protein Cobalamin regulatory region |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/23); new base T (2/3); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 |
AGGCCTGAGCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCGGCCTGGCGTTCAT > NC_002947/3857468‑3857761 | aGGCCTGAGCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTcag > 1:44197/1‑147 (MQ=255) aGGCCGGAGCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCGTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCTGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTcagc < 6:35574/148‑1 (MQ=255) cTGAGCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAggg < 8:321292/148‑1 (MQ=255) cTGAGCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAggg > 7:321292/1‑148 (MQ=255) aGCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGcc < 7:21828/147‑1 (MQ=255) gCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTGCTGAAGGGcctgg < 4:313099/149‑4 (MQ=255) aCCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCgg > 8:86888/1‑149 (MQ=255) tgctgTTCGACATCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGc < 6:96806/143‑1 (MQ=255) tgctgTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGc > 5:96806/1‑143 (MQ=255) gctgTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGtgct > 5:148583/1‑149 (MQ=255) tgTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCACGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGa > 5:275866/1‑134 (MQ=255) tgTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCACGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGa < 6:275866/134‑1 (MQ=255) gACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCg > 8:111106/1‑149 (MQ=255) gCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAAc < 7:86888/149‑1 (MQ=255) aCGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGc > 6:162329/1‑149 (MQ=255) tGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCCGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGt > 4:86365/1‑149 (MQ=255) tATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGt < 7:111106/147‑1 (MQ=255) gACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGc > 6:168207/1‑149 (MQ=255) aCATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCg > 3:224012/1‑149 (MQ=255) cATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGt > 6:204862/1‑149 (MQ=255) ccAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCACCTCAGGGGGTGAAACAGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCa > 1:275244/1‑149 (MQ=255) cAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTGCTGAAGGGcct > 1:215539/1‑95 (MQ=39) cAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTGCTGAAGGGcct < 4:294572/96‑2 (MQ=39) cAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTGCTGAAGGGcct > 3:294572/1‑95 (MQ=39) cAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTGCTGAAGGGcct < 2:215539/96‑2 (MQ=39) gcccgcccCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACtgt > 7:239078/1‑149 (MQ=255) cccgcccCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACtgtg < 3:260359/149‑1 (MQ=255) cgcccCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGcc < 8:239078/149‑1 (MQ=255) cATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCgta < 5:162329/149‑1 (MQ=255) cTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCAt < 8:185847/149‑1 (MQ=255) aTGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGt > 2:316916/1‑110 (MQ=255) aTGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGt < 1:316916/110‑1 (MQ=255) ccTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAg > 5:58098/1‑149 (MQ=255) ccTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAg < 6:58098/149‑1 (MQ=255) tCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGa > 1:242548/1‑103 (MQ=255) tCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGa < 2:242548/103‑1 (MQ=255) gcgTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATg < 8:218352/140‑1 (MQ=255) gcgTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATg > 7:218352/1‑140 (MQ=255) cgTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGAc < 4:224012/149‑1 (MQ=255) ccccTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCGGGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAg < 6:148583/148‑1 (MQ=255) ccccTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAg < 2:275244/148‑1 (MQ=255) ccTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGt > 7:241081/1‑97 (MQ=255) ccTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGt < 8:241081/97‑1 (MQ=255) ccTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAg < 5:204862/149‑1 (MQ=255) ggggTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGc > 8:77833/1‑149 (MQ=255) aaaCGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGc < 5:53871/74‑1 (MQ=255) aaaCGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGc > 6:53871/1‑74 (MQ=255) aCGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGTCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTc > 5:127044/1‑149 (MQ=255) aCCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGcc > 2:67887/1‑149 (MQ=255) ggTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCgta > 7:308210/1‑93 (MQ=255) ggTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCgta < 8:308210/93‑1 (MQ=255) gTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCg > 3:287156/1‑147 (MQ=255) gTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGAcc > 7:262553/1‑149 (MQ=255) cccAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCgg > 3:143650/1‑149 (MQ=255) ggCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCGGCCTg < 4:143650/149‑1 (MQ=255) cTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCGGCCTGGCGt < 2:44197/149‑1 (MQ=255) cagcagGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCGGCCTGGCGTTc < 3:86365/148‑1 (MQ=255) agcagGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCGGCCTGGCGTTCa < 8:262553/148‑1 (MQ=255) agcagGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCGGCCTGGCGTTCAt < 7:77833/149‑1 (MQ=255) | AGGCCTGAGCCTGTCGTACCTGCTGTTCGACAGCCTCGCACGCTGTATGACATTGACGCCAAGCCCGCCCCATGCTCTCCTTATGCCTCGCGTTCAGGTGCCCCTCAGGGGGTGAAACGGGAAACCGGTGCGTCCCAGGCCCTTCAGCAGGGCCGGACAATGCCGGTGCTGCCCCCGCAACGGTAAGCGAGTGAAGCGTCTGTACCACTGTGCCTCGTAGTACGGCATGGGAAGGTGACGCGTTCCAGGAGCCCAGCTCTTCCTCGCAAGCCCGGAGACCGGCCTGGCGTTCAT > NC_002947/3857468‑3857761 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |