Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,862,183 | A→G | 7.0% | Y369C (TAT→TGT) | PP_3413 → | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,862,183 | 0 | A | G | 7.0% | 162.7 / 3.0 | 57 | Y369C (TAT→TGT) | PP_3413 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/26); new base G (2/2); total (29/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01 |
ACCGCCCTAGCGGGATCACCCTGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCGCCTTGGTGCGCGGCTCACCG > NC_002947/3862036‑3862328 | aCCGCCCTAGCGGGATCACCCTGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTAt < 2:328054/149‑1 (MQ=255) cTAGCGGGATCACCCTGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGcc < 6:231615/149‑1 (MQ=255) gCGGGATCACCCTGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTACCGAc > 5:178511/1‑149 (MQ=255) gggATCACCCTGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTaccgaccg < 6:178511/149‑1 (MQ=255) aCCCTGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGaa < 7:113540/149‑1 (MQ=255) cccTGGACCTGCTCAAGCAGATATCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCGGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAg > 7:221999/1‑149 (MQ=255) tGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCaa > 8:205224/1‑149 (MQ=255) gACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAAc < 7:205196/148‑1 (MQ=255) cTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTa > 3:116969/1‑149 (MQ=255) aaGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGAGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTaca < 6:204078/148‑1 (MQ=255) gCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACAccc > 1:147886/1‑149 (MQ=255) gCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACAccc > 3:318153/1‑149 (MQ=255) ctcGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTgcgc > 6:54155/1‑136 (MQ=255) ctcGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTgcgc < 5:54155/136‑1 (MQ=255) tcGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTa > 7:40254/1‑149 (MQ=255) gCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGGGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGccc < 4:236707/144‑1 (MQ=255) gCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGccc < 6:256239/144‑1 (MQ=255) gcACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTc < 7:205224/149‑1 (MQ=255) cACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCGGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGAGCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCa < 8:221999/149‑1 (MQ=255) cAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGaa > 4:115463/1‑107 (MQ=255) cAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGaa < 3:115463/107‑1 (MQ=255) acacCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGt > 5:306022/1‑149 (MQ=255) acacCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGt < 6:79607/149‑1 (MQ=255) acacCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGt > 5:79607/1‑149 (MQ=255) acCCGTCGAGAGTTCTTCATAGCAGGCCATGATAGACCGCCTGTTCCGCGGCGAGACAAAGATGATCGGGGCGCTGGGCTGTGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCACTACATGGTCAGCCCGCGCTTGCTTGTTa > 2:286208/1‑149 (MQ=255) acCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTGTGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTa > 2:242837/1‑149 (MQ=255) gTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCg > 5:336805/1‑149 (MQ=255) cTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGt < 2:147886/149‑1 (MQ=255) ttCATCGCAGGTCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGt > 7:59907/1‑148 (MQ=255) aTCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCACGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGaa > 5:362451/1‑148 (MQ=255) tCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATc < 6:336805/149‑1 (MQ=255) gCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCAc < 4:116969/149‑1 (MQ=255) cAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCAcc < 8:40254/149‑1 (MQ=255) cAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCAcc > 2:323373/1‑149 (MQ=255) cATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGaa < 8:227313/139‑1 (MQ=255) cATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGaa > 7:227313/1‑139 (MQ=255) aTGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAAc < 6:36460/76‑1 (MQ=255) aTGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAAc > 5:36460/1‑76 (MQ=255) aTCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGc < 6:362451/149‑1 (MQ=255) cGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGcc > 8:332239/1‑148 (MQ=255) gACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGcc > 7:313024/1‑147 (MQ=255) ccGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAgg < 8:313024/149‑1 (MQ=255) ggTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTg > 5:319105/1‑148 (MQ=255) gTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTg < 6:306022/147‑1 (MQ=255) gTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGa < 7:332239/149‑1 (MQ=255) ggggCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTGTGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCACAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGc < 1:242837/149‑1 (MQ=255) gCGTGGCTCATATGATTGGGGCGGTGTGGTGTGGTGTCGTCCGCTTTCTAAAGTAACTGCGCTAGACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGc < 1:286208/149‑1 (MQ=255) acaGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCg > 5:9220/1‑149 (MQ=255) gatgatCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTaca < 7:193527/53‑1 (MQ=255) gatgatCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTaca > 8:193527/1‑53 (MQ=255) atgatCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCGCCtt > 3:332526/1‑149 (MQ=255) tCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCAcc < 3:344302/106‑1 (MQ=255) tCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCAcc > 4:344302/1‑106 (MQ=255) tGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCGCCTTGGTGCGCGGCTCa > 5:116758/1‑149 (MQ=255) ggCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCGCCTTGGTGCGCGGCTCAc < 6:9220/148‑1 (MQ=255) gCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCGCCTTGGTGCGCGGCTCACCg > 6:94215/1‑149 (MQ=255) tATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCGCCTTGGTGCGCGGCTCACCg > 5:335714/1‑147 (MQ=255) | ACCGCCCTAGCGGGATCACCCTGGACCTGCTCAAGCAGATCTCGCTGCGCACGGGGCTGCAGTTCACACCCGTCGAGAGTGCTTCATCGCAGGCCATGATCGACCGCCTGGTGCGGGGCGAGGCACAGATGATCGGGGCGCTGGGCTATGGTGCCGACCGCT‑‑‑TGAAGCAACTGCGCTACACCCGCCCCTACCTGGTCAGCCCGCGCGTGCTTGTTACCCGCAACGACGGTGAATCACCTGCACAGGCCAAGGCCCTGGATGGCAAGCGCATCGCCTTGGTGCGCGGCTCACCG > NC_002947/3862036‑3862328 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |