| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,924,518 | G→C | 9.1% | T99S (ACC→AGC) ‡ | peaB ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,924,518 | 0 | G | C | 9.1% | 170.9 / 6.2 | 55 | T99S (ACC→AGC) ‡ | peaB | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/27); new base C (2/3); total (25/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
CAGCATCTCCACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG > NC_002947/3924379‑3924651 | cagcaTCTCCACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCACCGCGCTcaa < 5:358980/149‑3 (MQ=255) cACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCt > 6:253988/1‑147 (MQ=255) cACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTACCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGc < 2:105632/145‑1 (MQ=255) aCCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCt < 8:170657/146‑1 (MQ=255) aCCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCt > 7:170657/1‑146 (MQ=255) aCCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAg < 4:297857/149‑1 (MQ=255) ccGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAgt < 7:86466/149‑2 (MQ=255) gCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCATCTTCCCGGCGGAAGGCTTGTACAGGACTTCCTTCTAGCAATAGGTGAAGCTGAGGTTGCAAACGGTGTTGACGTTCAGCACCACGCAGTTGAGCGCGGTGAGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGAt > 8:99936/1‑149 (MQ=255) ggcggTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCg < 3:65816/149‑1 (MQ=255) 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5:253988/148‑1 (MQ=255) cggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCg > 2:290939/1‑116 (MQ=255) cggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCg < 1:290939/116‑1 (MQ=255) ggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCggg > 1:2804/1‑124 (MQ=255) ggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCggg < 2:2804/124‑1 (MQ=255) ggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGACGGCTCGCCGCTGAccc < 6:4741/149‑2 (MQ=255) ggCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAg < 5:21133/149‑1 (MQ=255) ggCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAg > 6:21133/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGa < 4:257069/148‑1 (MQ=255) gTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTc > 4:117672/1‑135 (MQ=255) gTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTc < 3:117672/135‑1 (MQ=255) cTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTcg > 4:4281/1‑149 (MQ=255) ccTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCg < 3:256408/99‑1 (MQ=255) ccTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCg > 4:256408/1‑99 (MQ=255) cTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTcc < 4:299819/130‑1 (MQ=255) cTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTcc > 3:299819/1‑130 (MQ=255) aGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTc > 1:197624/1‑133 (MQ=255) aGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTc < 2:197624/133‑1 (MQ=255) gTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGAGGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGc > 1:196251/1‑114 (MQ=255) gTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGc < 2:196251/114‑1 (MQ=255) tGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGata > 3:42021/1‑149 (MQ=255) cAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATc < 4:42021/149‑1 (MQ=255) gAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGc > 5:250996/1‑149 (MQ=255) ccGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAActg > 6:240989/1‑149 (MQ=255) cGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAActgc < 5:240989/149‑1 (MQ=255) gtgtTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCTGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAActgctg < 6:250996/149‑1 (MQ=255) gtTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGc > 8:334748/1‑149 (MQ=255) tGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGc < 7:204791/126‑1 (MQ=255) tGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGc > 8:204791/1‑126 (MQ=255) aGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTg < 3:4281/149‑1 (MQ=255) caccacGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGGGATCAGTTCGAGCAGGGTGTCCTGGATATc < 1:32485/117‑1 (MQ=255) caccacGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGAGCAGGGTGTCCTGGATATc > 2:32485/1‑117 (MQ=255) cacGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCAt > 2:6331/1‑147 (MQ=255) acGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑AATTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAg < 3:145018/149‑1 (MQ=255) gAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGcc > 2:261799/1‑126 (MQ=255) | CAGCATCTCCACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG > NC_002947/3924379‑3924651 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |