Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,924,519 | T→C | 9.1% | T99A (ACC→GCC) ‡ | peaB ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,924,519 | 0 | T | C | 9.1% | 142.6 / 4.6 | 55 | T99A (ACC→GCC) ‡ | peaB | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/27); new base C (2/3); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 |
CAGCATCTCCACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAG > NC_002947/3924379‑3924667 | cagcaTCTCCACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCACCGCGCTcaa < 5:358980/149‑3 (MQ=255) cACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCt > 6:253988/1‑147 (MQ=255) cACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTACCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGc < 2:105632/145‑1 (MQ=255) aCCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCt < 8:170657/146‑1 (MQ=255) aCCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCt > 7:170657/1‑146 (MQ=255) aCCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAg < 4:297857/149‑1 (MQ=255) ccGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAgt < 7:86466/149‑2 (MQ=255) gCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCATCTTCCCGGCGGAAGGCTTGTACAGGACTTCCTTCTAGCAATAGGTGAAGCTGAGGTTGCAAACGGTGTTGACGTTCAGCACCACGCAGTTGAGCGCGGTGAGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGAt > 8:99936/1‑149 (MQ=255) ggcggTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCg < 3:65816/149‑1 (MQ=255) ggcggTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCg < 3:289134/149‑1 (MQ=255) aggtggttgtACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGGGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCggg < 7:99936/148‑1 (MQ=255) ggtggtggtACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGAACTTGCCTGAGGGCGATTTCCggg < 7:48300/149‑1 (MQ=255) ggtggtggtACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCgggg > 3:257069/1‑149 (MQ=255) aCTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAgcggcg > 6:163117/1‑149 (MQ=255) tCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTCGAGCGCACCGCGCTCA‑Acaccgtg > 7:307187/1‑115 (MQ=255) tCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTCGAGCGCACCGCGCTCA‑Acaccgtg < 8:307187/121‑7 (MQ=255) cATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCACCGCGCTCA‑Ac > 6:331316/1‑114 (MQ=255) cATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCACCGCGCTCA‑Ac < 5:331316/114‑1 (MQ=255) tcttGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCt > 5:60817/1‑105 (MQ=255) tcttGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCt < 6:60817/105‑1 (MQ=255) ccGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGACGGCTCGCCGCTGa < 5:253988/148‑1 (MQ=255) cggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCg < 1:290939/116‑1 (MQ=255) cggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCg > 2:290939/1‑116 (MQ=255) ggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCggg > 1:2804/1‑124 (MQ=255) ggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCggg < 2:2804/124‑1 (MQ=255) ggcggAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGACGGCTCGCCGCTGAccc < 6:4741/149‑2 (MQ=255) ggCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAg < 5:21133/149‑1 (MQ=255) ggCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAg > 6:21133/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGa < 4:257069/148‑1 (MQ=255) gTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTc < 3:117672/135‑1 (MQ=255) gTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTc > 4:117672/1‑135 (MQ=255) cTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTcg > 4:4281/1‑149 (MQ=255) ccTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCg < 3:256408/99‑1 (MQ=255) ccTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCg > 4:256408/1‑99 (MQ=255) cTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTcc < 4:299819/130‑1 (MQ=255) cTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTcc > 3:299819/1‑130 (MQ=255) aGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTc > 1:197624/1‑133 (MQ=255) aGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTc < 2:197624/133‑1 (MQ=255) gTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGAGGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGc > 1:196251/1‑114 (MQ=255) gTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGc < 2:196251/114‑1 (MQ=255) tGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGata > 3:42021/1‑149 (MQ=255) cAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATc < 4:42021/149‑1 (MQ=255) gAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGc > 5:250996/1‑149 (MQ=255) ccGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAActg > 6:240989/1‑149 (MQ=255) cGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAActgc < 5:240989/149‑1 (MQ=255) gtgtTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCTGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAActgctg < 6:250996/149‑1 (MQ=255) gtTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGc > 8:334748/1‑149 (MQ=255) tGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGc < 7:204791/126‑1 (MQ=255) tGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGc > 8:204791/1‑126 (MQ=255) aGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTg < 3:4281/149‑1 (MQ=255) caccacGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGGGATCAGTTCGAGCAGGGTGTCCTGGATATc < 1:32485/117‑1 (MQ=255) caccacGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGAGCAGGGTGTCCTGGATATc > 2:32485/1‑117 (MQ=255) cacGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCAt > 2:6331/1‑147 (MQ=255) acGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑AATTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAg < 3:145018/149‑1 (MQ=255) gAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGcc > 2:261799/1‑126 (MQ=255) tGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGagcag > 4:322584/1‑149 (MQ=255) | CAGCATCTCCACCGAGGCTTCGGCGGTGGTGGTACTCATCTTCTTGCCGGCGGAAGGCTTGTCCAGGTCTTCCTTGTAGCAATAGGTGCAGCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCG‑ACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGCTCCTCGGCCGAGCAG > NC_002947/3924379‑3924667 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |