Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,954,825 | T→C | 8.0% | N1854D (AAC→GAC) | mnxG ← | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,954,825 | 0 | T | C | 8.0% | 137.3 / 2.7 | 50 | N1854D (AAC→GAC) | mnxG | manganese‑oxidizing multicopper oxidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base C (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 |
GGCAGCATGAAGCTGAAGTGAGCCGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTGG > NC_002947/3954677‑3954968 | ggCAGCATGAAGCTGAAGTGAGCCGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGtt < 1:184600/149‑1 (MQ=255) ggCAGCATGAAGCTGAAGTGAGCCGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGtt < 3:247622/149‑1 (MQ=255) aaGCTGAAGTGCGCCGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGAGGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTg < 4:207639/148‑1 (MQ=255) gAAGTGAGCCGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATa > 4:11669/1‑149 (MQ=255) gCCGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGccc < 7:70223/149‑1 (MQ=255) ccGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCg > 7:173765/1‑149 (MQ=255) gCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGa > 2:231811/1‑149 (MQ=255) ccTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCAt < 3:11669/148‑1 (MQ=255) ccTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCAt < 2:72863/148‑1 (MQ=255) aTGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTtgtg > 4:150038/1‑101 (MQ=255) aTGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTtgtg < 3:150038/101‑1 (MQ=255) tGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGcca > 1:140317/1‑149 (MQ=255) tACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGccac < 1:231811/148‑1 (MQ=255) ccATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTggg > 1:134224/1‑148 (MQ=255) cATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCa > 6:158436/1‑149 (MQ=255) cATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCa > 6:126036/1‑149 (MQ=255) aTCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGc > 6:175213/1‑96 (MQ=255) aTCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGc < 5:175213/96‑1 (MQ=255) cgtgTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCa < 4:294551/146‑1 (MQ=255) gggTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCa < 2:134224/148‑1 (MQ=255) gCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATgg < 2:140317/148‑1 (MQ=255) cAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTg > 1:261950/1‑149 (MQ=255) aaaGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGc > 8:270034/1‑91 (MQ=255) aaaGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGGCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTgc > 5:207249/1‑149 (MQ=255) accgaaccgaTACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCgg > 5:41715/1‑149 (MQ=255) cgaTACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTCGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGc > 8:38300/1‑147 (MQ=255) cgaTACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTCGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGCCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGc > 2:16375/1‑147 (MQ=255) caggcaggCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTgc < 1:14901/129‑1 (MQ=255) caggcaggCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTgc > 2:14901/1‑129 (MQ=255) aggcaggcTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCgg > 4:323269/1‑135 (MQ=255) aggcaggcTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCgg < 3:323269/135‑1 (MQ=255) ggTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCggg > 6:110125/1‑149 (MQ=255) gTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCggg > 3:90900/1‑148 (MQ=255) gTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCggg < 4:90900/148‑1 (MQ=255) aaCCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTgg < 5:110972/65‑1 (MQ=255) aaCCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTgg > 6:110972/1‑65 (MQ=255) aaCCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGtt > 7:199290/1‑149 (MQ=255) ccGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTg < 2:261950/149‑1 (MQ=255) cGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGc < 2:312472/149‑1 (MQ=255) gTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCg < 5:110125/149‑1 (MQ=255) tCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGGCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCgg < 6:207249/149‑1 (MQ=255) tCCGAATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCgg < 8:173765/149‑1 (MQ=255) aTCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTCGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTcac < 7:38300/149‑1 (MQ=255) aTCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTCGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGCCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTcac < 1:16375/149‑1 (MQ=255) tCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTcacc > 2:252043/1‑149 (MQ=255) ttctCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTCACCaccaac > 5:358552/1‑149 (MQ=255) tctcGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCCCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTCCGCACCGGTTGACCAGGCTTGGCGTACAGCAACGTGGTTTGCGGGTCACCaccaag > 4:199548/1‑147 (MQ=255) ctcGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTCACCaccaacc < 6:41715/148‑1 (MQ=255) ggCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGTGTCACCACCAACCAggg > 4:254097/1‑149 (MQ=255) ggCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAg < 5:126036/147‑1 (MQ=255) tGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCgg > 7:202013/1‑128 (MQ=255) tGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCgg < 8:202013/128‑1 (MQ=255) gTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGtt < 6:358552/147‑1 (MQ=255) gTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTgg > 7:296412/1‑149 (MQ=255) | GGCAGCATGAAGCTGAAGTGAGCCGCTGGCAGTACGCTTTCCTGCGCACCGATGTACATGGCCATCGGGTTGTAGCCAAAGCGCACCGAACCGATACCAGGCAGGCTAATCGGGTAACCGTCCGCATCGCTCTTCTCGGCCTGGTAGTTGTGCAGTGGCCATACGTGCCCGTCCAGCTGGTAGACCATGCCGCGGCTGCCACCACTGGGCATCACGATATGGTTGCGCACCGGTTGGCCAGGCTTGGCGTACAGCACCGGGGTTTGCGGGTCACCACCAACCAGGGCGTTGG > NC_002947/3954677‑3954968 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |