Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,000,136 | A→G | 10.3% | Q274R (CAG→CGG) ‡ | PP_3528 → | ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,000,136 | 0 | A | G | 10.3% | 151.0 / 6.9 | 58 | Q274R (CAG→CGG) ‡ | PP_3528 | ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/23); new base G (4/2); total (33/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
CTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCGGTCTACC > NC_002947/3999994‑4000282 | cTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCt > 2:44579/1‑149 (MQ=255) tGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTg > 6:310051/1‑149 (MQ=255) tGTCCACAGACAGCTTTGCAGACCAGCACCGTGCTCTGATGAAAACATTATTTGCCGATC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTTCCCGCGCTGCTGGCACCGCAGATCGGGATCAGCACCCAGGTGCTg > 8:314145/1‑149 (MQ=255) tgcacaGCCCCCTTTGCCGACCAGCCCCGGGGGCTGGTGAAAAAATTTTTTTGCGTTCCTTGGGCAAGGTCAGCTTATTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCt < 1:282107/147‑1 (MQ=255) tCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTg < 5:87859/147‑1 (MQ=255) cacaGCCAGCTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGaa < 1:44579/148‑1 (MQ=255) cacaGCCAGCTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAg < 3:161211/149‑1 (MQ=255) gccagcTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGc < 6:161004/149‑1 (MQ=255) cagcTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCa < 5:310051/149‑1 (MQ=255) gCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACg > 6:65378/1‑149 (MQ=255) ccGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACgg > 5:13529/1‑149 (MQ=255) ccGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACgg > 5:8390/1‑149 (MQ=255) ccGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACgg < 7:314145/149‑1 (MQ=255) cGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGgc < 5:139109/149‑1 (MQ=255) ccAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGgcgc > 1:37707/1‑148 (MQ=255) cAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCaa < 6:8390/149‑1 (MQ=255) cAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCaa < 6:13529/149‑1 (MQ=255) aGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCaa > 6:45779/1‑148 (MQ=255) ttcttTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCt > 2:256768/1‑101 (MQ=255) ccGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCg > 7:4995/1‑143 (MQ=255) ggCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTgg < 3:243682/94‑1 (MQ=255) ggCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTgg > 4:243682/1‑94 (MQ=255) cAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGaac < 2:37707/149‑1 (MQ=255) gC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAg > 1:88415/1‑149 (MQ=255) tGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAgctggc < 8:4995/149‑1 (MQ=255) ggCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAgctggct > 3:128125/1‑148 (MQ=255) ccAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGac < 5:45779/149‑1 (MQ=255) ccAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGa > 3:346237/1‑148 (MQ=255) aaCGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAAc < 3:226109/90‑1 (MQ=255) aaCGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAAc > 4:226109/1‑90 (MQ=255) aaCGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGcc < 3:210009/126‑1 (MQ=255) aaCGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGcc > 4:210009/1‑126 (MQ=255) gCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAgg < 4:346237/149‑1 (MQ=255) gCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAgg < 4:128125/149‑1 (MQ=255) tGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAgggcc > 7:242459/1‑149 (MQ=255) gCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGAt > 3:149012/1‑149 (MQ=255) tgctgGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGcc > 8:123911/1‑98 (MQ=255) tgctgGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGcc < 7:123911/98‑1 (MQ=255) ctgGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAgggcctgc > 8:146458/1‑132 (MQ=255) ctgGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCaa < 8:242459/149‑1 (MQ=255) tgGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAg > 5:165427/1‑149 (MQ=255) ggCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGc > 6:118359/1‑149 (MQ=255) aCCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAg > 4:85728/1‑145 (MQ=255) aCCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAg < 3:85728/145‑1 (MQ=255) aGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTg < 6:165427/149‑1 (MQ=255) cttccAGCACCTGGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCg > 7:161264/5‑147 (MQ=255) ttccAGCACCTGGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCa > 6:252461/4‑108 (MQ=255) ttccAGCACCTGGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCa < 5:252461/105‑1 (MQ=255) ttccAGCACCTGGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCAc > 6:82851/4‑128 (MQ=255) ttccAGCACCTGGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCAc < 5:82851/125‑1 (MQ=255) ttccAGCACCTGGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAg > 8:39124/4‑149 (MQ=255) cAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCgg > 4:211298/1‑149 (MQ=255) gCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCGGTc > 8:38326/1‑149 (MQ=255) cACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTAAAGGTGGCCGAAGCGGTc > 2:131422/1‑148 (MQ=255) aCCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCGGt > 3:250249/1‑146 (MQ=255) aCCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCGGt < 4:250249/146‑1 (MQ=255) ccAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCGGTCTAcc > 4:67585/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCGGTCTAcc > 2:14877/1‑149 (MQ=255) | CTGTCCACAGCCAGCTTTGCCGACCAGCACCGTGCTCTGCTGAAAACCTTCTTTGCCGAGC‑‑TGGGCAAGGTCAGC‑CAGTGGGCCAACGCCAAGCCTGCCGAAGTGGCCGCGCTGCTGGCACCGCAGCTGGGGATCAGCACCCAGGTGCTGGAAGTGGCCAGCGAACGGCGCAACTACAACGCCGTCGCTATCACCCCGCAGATCGTTGCCGAACAACAGAAGCTGGCTGACACCTTCCAGGGCCTGGGCCTGATTCCACGCAAGCTACAGGTGGCCGAAGCGGTCTACC > NC_002947/3999994‑4000282 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |