Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 404,727 | G→A | 9.7% | L444L (CTG→TTG) | PP_0337 ← | sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 404,727 | 0 | G | A | 9.7% | 111.9 / 2.7 | 41 | L444L (CTG→TTG) | PP_0337 | sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/22); new base A (2/2); total (17/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 |
CGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTCGACGGCGAGTCGAACAGCAGTTCGCTGAGGTTCTC > NC_002947/404580‑404874 | cgcgGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGc > 8:173733/1‑149 (MQ=255) gcgGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCt < 8:18720/149‑1 (MQ=255) cAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTACGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTaca < 5:201731/149‑1 (MQ=255) gCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGGTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTgg < 6:269010/149‑1 (MQ=255) cGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTTGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTg < 2:104686/147‑1 (MQ=255) ggATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGa > 2:54169/1‑148 (MQ=255) tGAACACCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATc < 8:77633/149‑1 (MQ=255) aCGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGa < 4:136011/148‑1 (MQ=255) aCGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGAc < 7:173733/149‑1 (MQ=255) ccGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAACTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAAc > 2:273056/1‑149 (MQ=255) tGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTgg > 5:214952/1‑131 (MQ=255) tGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTgg < 6:214952/131‑1 (MQ=255) tGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAgg > 7:100780/1‑149 (MQ=255) ttGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGttttt < 5:107852/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAACTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGttttt < 1:273056/149‑1 (MQ=255) gtgtAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGATCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCg > 4:319267/1‑149 (MQ=255) gtgtAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAACTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGaa > 2:95421/1‑108 (MQ=255) gtgtAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAACTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGaa < 1:95421/108‑1 (MQ=255) tgtAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATCTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGATCCAGGTTTTTGCGTCgg > 3:46883/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCtt > 3:109550/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGTGCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACTGCTTCGTAGATGCCGAGGTAGGGGGTCAGCTCACGGTTCTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTg < 6:279528/149‑1 (MQ=255) aGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGaa < 3:319267/149‑1 (MQ=255) ttCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGTTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGtttt < 8:155163/128‑1 (MQ=255) ttCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGtttt > 7:155163/1‑128 (MQ=255) tGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGc < 4:109550/149‑1 (MQ=255) cGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTc > 1:325058/1‑127 (MQ=255) cGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTc < 2:325058/127‑1 (MQ=255) ggCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGAACGGCTCCAGGttttt > 4:40969/1‑114 (MQ=255) ggCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGAACGGCTCCAGGttttt < 3:40969/114‑1 (MQ=255) ggTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATgg < 8:100780/146‑1 (MQ=255) ggTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTTGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTc < 6:227624/148‑1 (MQ=255) ggTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGc > 4:346998/1‑146 (MQ=255) ggTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGc < 3:346998/146‑1 (MQ=255) ttCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAgg > 7:137499/1‑136 (MQ=255) ttCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAgg < 8:137499/136‑1 (MQ=255) gTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTCGACGGCGAGTCg > 6:230079/1‑148 (MQ=255) tAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTCGACGGCGAGTCGaa < 3:88453/149‑1 (MQ=255) aGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTCGACGGCGAGTCGaa > 6:210363/1‑148 (MQ=255) gTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTCGACGGCGAGTCGAACAGCAGTTCGCTGa < 5:210363/149‑1 (MQ=255) gTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTCGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTAGCCAAGCCAACTGTTGCCCATGGACAGGCTCGACGGCGAGTCGAACAGAAGTTCGCt > 4:232565/1‑147 (MQ=255) ggtcaggtcaCGGTTGTCACCGTAGACGTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGTCTCGACGGCGAGTCGAACAGCAGTTCGCTGAgg < 3:232565/148‑1 (MQ=255) aGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTCGACGGCGAGTCGAACAGCAGTTCGCTGAGGTtctc < 1:54169/149‑1 (MQ=255) | CGCGGGCGAAGCGTTCGTCCAGGCTGCGGATGAACGCCGGGCGGTTGCCCAGGTTGGTGAGGTTGTCGGTGTAAGCCAGGCGTTCGATGCGTTGCTGGGCCAGCTTGGTCTGGGTGACGTCTTCGTAGATGCCGATGTAGTGGGTCAGCTCACGGTTGTCACCGTACACCTTGGAAATCGACAACTGGCCCCAGTACGGCTCCAGGTTTTTGCGTCGGCTCTTGAACTCGCCCTGCCAACTGTTGCCCATGGCCAGGCTCGACGGCGAGTCGAACAGCAGTTCGCTGAGGTTCTC > NC_002947/404580‑404874 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |