Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,290,008 | G→A | 8.5% | A860V (GCG→GTG) | PP_3761 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,290,008 | 0 | G | A | 8.5% | 129.7 / 2.9 | 47 | A860V (GCG→GTG) | PP_3761 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/20); new base A (2/2); total (25/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
ACCGATCAGCCGGGCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAG > NC_002947/4289872‑4290156 | aCCGATCAGCCGGGCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATAc < 5:195619/142‑1 (MQ=255) aCCGATCAGCCGGGCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATAc > 6:195619/1‑142 (MQ=255) aTCAGCCGGGCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGcccc < 8:148128/149‑1 (MQ=255) ccGGGCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCACCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCAtgt < 1:247369/149‑1 (MQ=255) gggCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCAtgtg > 4:273045/1‑148 (MQ=255) gggCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCAt > 2:303222/1‑145 (MQ=255) gggCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCAt < 1:303222/145‑1 (MQ=255) tcgtcgtcTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTc < 3:273045/149‑1 (MQ=255) gtcTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCAcc < 6:97505/148‑1 (MQ=255) ccaccaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGgcc < 6:291275/122‑1 (MQ=255) ccaccaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGgcc < 6:286472/122‑1 (MQ=255) ccaccaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGgcc > 5:291275/1‑122 (MQ=255) ccaccaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGgcc > 5:286472/1‑122 (MQ=255) caccaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCAcc > 2:122491/1‑142 (MQ=255) caccaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCAcc < 1:122491/142‑1 (MQ=255) caccaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAatg < 1:255754/148‑1 (MQ=255) accaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAatgat < 2:205634/149‑1 (MQ=255) accaGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAatgat > 4:127626/1‑149 (MQ=255) ttGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATg > 5:323770/1‑149 (MQ=255) gCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCgg < 5:83973/149‑1 (MQ=255) gCTTGTCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCACATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGc > 5:247199/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCACCATCTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGc > 1:153674/1‑149 (MQ=255) cTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGc < 6:166142/144‑1 (MQ=255) cTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGCCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGc > 5:166142/1‑144 (MQ=255) cAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGgc < 3:127626/149‑1 (MQ=255) gcgagcgaACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCt < 4:314322/149‑1 (MQ=255) gagcgaACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGc > 6:357130/1‑149 (MQ=255) acacCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACa < 7:49036/149‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGa < 6:141257/131‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTACAGGACAGt > 3:268861/1‑147 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCAGTGAGGCGCTGCAGGAAAGt > 6:231529/1‑147 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTACATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGc < 6:125950/124‑1 (MQ=255) ctcctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTACATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGc > 5:125950/1‑124 (MQ=255) ctTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTg > 8:172665/1‑115 (MQ=255) ctcGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGt > 4:97971/1‑149 (MQ=255) ctcGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCACCCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTACACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTCGCCTGCTCCTTCAGGAGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGt > 2:217880/1‑149 (MQ=255) ctcGCGGCTGGTGGGTTTGACCACATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCt > 8:238542/1‑125 (MQ=255) ctcGCGGCTGGTGGGTTTGACCACATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCt < 7:238542/125‑1 (MQ=255) gcgGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTc < 3:256665/147‑1 (MQ=255) gcgGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTc > 4:256665/1‑147 (MQ=255) ggTTTGACCACATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCAt < 6:247199/149‑1 (MQ=255) tttGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGc > 5:9573/1‑93 (MQ=255) tttGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGc < 6:9573/93‑1 (MQ=255) tttGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGt > 5:81207/1‑149 (MQ=255) tttGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGt > 5:257652/1‑149 (MQ=255) aCCGCATACCCCACCGCACCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGCGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCCCTGCAGGACAGTCAGGCCCGACTCGTCGGGCAGGCGCATGTCcag > 4:182546/1‑149 (MQ=255) cGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGccc > 2:24104/1‑121 (MQ=255) gCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCcagcag < 5:357130/149‑1 (MQ=255) gCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCcagc < 2:231417/147‑1 (MQ=255) gCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCcagc > 1:231417/1‑147 (MQ=255) | ACCGATCAGCCGGGCGATGCTCTCGCGCTGCAGGTCGTCGTCTTCCACCAGCAGGATGTGCTTGAGCTTTTGCGTGAGCTTGGCTTCCAGGCGAGCGAACACCTCCTTGAGCTCCTCGCGGCTGGTGGGTTTGACCGCATACCCCACCGCCCCCATGTGCATGGCCGCCTCGACGCGGTCTTCCACCGAAATGATGTGCACCGGGATATGGCGGGTGCTGGCCTGCTCCTTGAGGCGCTGCAGGACAGTCAGGCCCGAGTGGTCGGGCAGGCGCATGTCCAGCAG > NC_002947/4289872‑4290156 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |