Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 426,176 | G→A | 7.0% | G541G (GGC→GGT) | PP_0350 ← | ferrichrome‑iron receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 426,176 | 0 | G | A | 7.0% | 168.1 / 2.1 | 57 | G541G (GGC→GGT) | PP_0350 | ferrichrome‑iron receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/24); new base A (2/2); total (31/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
CTCGGCATAGGACAGGTACGGCACGAAGCCCGAGTCGAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGGTTGTTGACGTTG > NC_002947/426029‑426320 | cTCGGCATAGGACAGGTACGGCACGAAGCCCGAGTCGAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGc > 2:299685/1‑149 (MQ=255) aTAGGACAGGTACGGCACGAAGCCCGAGTCCAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAggg > 1:29997/1‑149 (MQ=255) tAGGACAGGTACGGCACGAAGCCCGAGTCGAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGt < 5:283540/149‑1 (MQ=255) tACGGCACGAAGCCCGAGTCGAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCa < 7:91379/149‑1 (MQ=255) gAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGt > 6:358565/1‑149 (MQ=255) gAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCAAACAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGt > 6:266129/1‑149 (MQ=255) cacGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCt < 2:29997/149‑1 (MQ=255) gTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGca > 1:151538/1‑149 (MQ=255) gTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGca > 2:169702/1‑149 (MQ=255) gCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGcaca < 1:299685/148‑1 (MQ=255) tGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATa > 6:9813/1‑148 (MQ=255) aTGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATAc < 2:151538/147‑1 (MQ=255) aTGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACa < 7:281662/148‑1 (MQ=255) tGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAgg < 5:358565/149‑1 (MQ=255) 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ccGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAg > 4:34027/1‑148 (MQ=255) cGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTc < 3:39198/126‑1 (MQ=255) cGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTc > 4:39198/1‑126 (MQ=255) cGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTc > 2:218116/1‑149 (MQ=255) gCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGa < 3:34027/149‑1 (MQ=255) aTCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCGGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGAcc > 4:82406/1‑149 (MQ=255) aTCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCGAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGAcc > 4:235110/1‑149 (MQ=255) aTCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGAcc > 6:360791/1‑149 (MQ=255) aTCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGAcc > 3:235349/1‑149 (MQ=255) gCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGAt < 5:9813/149‑1 (MQ=255) ccTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGTTCAGGCGCCAGATACCAAGCGACATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGCTTGAAGTCGTAAAACGCGTTCGACCGAt > 2:132224/1‑147 (MQ=255) 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gaaCTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGa > 3:297954/1‑149 (MQ=255) aCTTGGTGCCGGTCTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATc < 3:331566/149‑1 (MQ=255) tGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGc < 1:218116/149‑1 (MQ=255) ccGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGcc < 6:30927/148‑1 (MQ=255) gtgtGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTa < 5:360791/149‑1 (MQ=255) gtgtGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGT‑AAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGa < 6:290214/131‑1 (MQ=255) gtgtGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGT‑AAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGa > 5:290214/1‑131 (MQ=255) tgtgCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAACGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCg > 1:83569/1‑146 (MQ=255) aCCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATc > 6:125440/1‑119 (MQ=255) aCCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATc < 5:125440/119‑1 (MQ=255) ccAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCg < 1:167755/139‑1 (MQ=255) ccAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCg > 2:167755/1‑139 (MQ=255) ccAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGgt > 8:130247/1‑149 (MQ=255) ccAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGgt > 1:145008/1‑149 (MQ=255) tCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGgttgtt < 7:130247/149‑1 (MQ=255) aCGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGc < 4:206539/113‑1 (MQ=255) aCGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGc > 3:206539/1‑113 (MQ=255) aCGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCgg < 6:42418/123‑1 (MQ=255) aCGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCgg > 5:42418/1‑123 (MQ=255) aCGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGGTTGTTGACGt > 4:164287/1‑149 (MQ=255) gACCGCCCAGGGTCAGGCGCTAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGGTTGTTGACGTTg < 3:235110/149‑1 (MQ=255) gACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGGTTGTTGACGTTg > 8:97973/1‑149 (MQ=255) | CTCGGCATAGGACAGGTACGGCACGAAGCCCGAGTCGAACACGTAGCTGATGGCTGCGTTGCCGCTGAACTTCTTGTCCCGCTGGGTATTGGTGGCATCGCCCTGGTTGAAGAACTTGGTGCCGGTGTGCACCCAGTCTTCACGACCGCCCAGGGTCAGGCGCCAGTTACCAAGCGCCATCTGGTCCTGCACATACAGGCCGGTCTGACGGGTTTTCTGGTTGTAGTCGTAAAACGCGGTCGACCGATCAGGGCGAGTGATCGGCAGCCCGTAGACCGGGTTGTTGACGTTG > NC_002947/426029‑426320 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |