Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,459,754 | T→A | 9.8% | L260Q (CTG→CAG) | trkH‑I → | potassium transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,459,754 | 0 | T | A | 9.8% | 138.5 / 5.5 | 51 | L260Q (CTG→CAG) | trkH‑I | potassium transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/21); new base A (3/2); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 |
ATCAATCATTCGATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTATCGTTGCG > NC_002947/4459606‑4459896 | atcaatcaTTCGATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCt > 4:172222/1‑149 (MQ=255) atcaTTCGATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGTGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGt < 5:87462/149‑1 (MQ=255) ttCGATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGc > 3:330545/1‑148 (MQ=255) ttCGATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCAGCGTGGc > 5:263309/1‑148 (MQ=255) ttCGATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCAGCGTGGc > 8:65041/1‑148 (MQ=255) gATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCAGCGTGGcgac < 6:263309/148‑4 (MQ=255) cAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCAGCGTGGcgac > 4:55949/1‑131 (MQ=255) cAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCAGCGTGGcgac < 3:55949/134‑4 (MQ=255) cGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGc > 2:98001/1‑136 (MQ=255) cGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGc < 1:98001/136‑1 (MQ=255) cGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAg > 4:104793/1‑148 (MQ=255) ttCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCACCACGCTGCGTGGCCAGCGAGGCCTCCTGCTCAAGGCCCATc > 6:221367/1‑148 (MQ=255) tACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATc > 2:33719/1‑119 (MQ=255) tACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATc < 1:33719/119‑1 (MQ=255) cTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑cgcg > 8:275854/1‑149 (MQ=255) cTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAg < 4:346070/110‑1 (MQ=255) cTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAg > 3:346070/1‑110 (MQ=255) cagccagcGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTg < 4:330545/149‑1 (MQ=255) agcGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCAt > 5:174319/1‑82 (MQ=255) agcGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCAt < 6:174319/82‑1 (MQ=255) tgGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCTATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTctgc < 3:172222/149‑1 (MQ=255) tcatcaTGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTctgcctg > 7:16394/1‑149 (MQ=255) tcatGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGca > 1:146885/1‑148 (MQ=255) catGATACTCGGCAGCCTCCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTACATTGGTTATCTCGTCATCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTctgcctgga > 2:85584/1‑145 (MQ=255) atGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAg > 2:168548/1‑149 (MQ=255) gATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGc > 6:183928/1‑148 (MQ=255) gATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGc > 1:196470/1‑148 (MQ=255) tACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAAt < 8:16394/149‑1 (MQ=255) cTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTc > 8:257894/1‑114 (MQ=255) cTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTc < 7:257894/114‑1 (MQ=255) cTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCt < 1:168548/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTg > 2:43896/1‑149 (MQ=255) tCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTATGCCTGCACAGCAATCTg > 8:284613/1‑149 (MQ=255) ggCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGTTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGc < 2:146885/149‑1 (MQ=255) ggCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTg < 5:183928/147‑1 (MQ=255) cTGCCCTTCACATTGTATGTCACCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCtggtg < 5:221367/149‑1 (MQ=255) ccTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGAt < 7:284613/149‑1 (MQ=255) ttCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTTCCGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTg < 1:36479/96‑1 (MQ=255) ttCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTg > 2:36479/1‑95 (MQ=255) aTTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTc < 7:275854/149‑1 (MQ=255) gTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGc < 6:358934/129‑1 (MQ=255) gTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGc > 5:358934/1‑129 (MQ=255) gTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGt < 3:104793/148‑1 (MQ=255) tATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTAt > 1:57650/1‑149 (MQ=255) aTGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTATc > 5:297949/1‑149 (MQ=255) tGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTATc < 2:57650/148‑1 (MQ=255) gTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCAACCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGACCCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTGCGTATCGt > 5:229461/1‑149 (MQ=255) gCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTATCGTTg < 1:43896/148‑1 (MQ=255) gCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTATCGTTGc > 5:135720/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTGATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACCGCGATCTGGGCTGGTGGGATGCGTTTGGTCTGGTTGCg > 4:212803/1‑149 (MQ=255) ccACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTctgcct > 8:87597/1‑106 (MQ=255) ccACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTATCGTTGCg < 6:135720/149‑1 (MQ=255) | ATCAATCATTCGATGTCGCTGGTTTCAACCGGTGGTTTCTCTACCTCGGATGCCTCGCTGGGCCATTGGGAGCAGCCAGCGGTGCACTGGGTGGCTGTGGTCATCATGATACTCGGCAGCCTGCCCTTCACATTGTATGTCGCCACGCTGCGTGGCCATCGAGGCATCCTGCTCAAGGACCATCAAGTT‑CGCGGTTTCATTGGTTTTCTCGTCTTCGTCTGGCTCACCGTCGGAACCTGGCTCTGCCTGCACAGCAATCTGGCCTGGTGGGATGCGTTTCGTATCGTTGCG > NC_002947/4459606‑4459896 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |