Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,557,176 | C→G | 9.1% | D101H (GAC→CAC) | gntZ ← | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,557,176 | 0 | C | G | 9.1% | 132.5 / 3.6 | 44 | D101H (GAC→CAC) | gntZ | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/21); new base G (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.64e-01 |
GAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCGCGGCGCTTTCAGCTTTTGTACCAGT > NC_002947/4557030‑4557321 | gAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtcg < 4:123342/148‑1 (MQ=255) gAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATgtcg < 2:334172/148‑1 (MQ=255) gCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTg < 8:130664/149‑1 (MQ=255) gcTCTAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTGGTcc < 2:35627/134‑1 (MQ=255) gcTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTGGTcc > 1:35627/1‑134 (MQ=255) gcTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTGGTcc > 1:40971/1‑134 (MQ=255) gcTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTGGTcc < 2:40971/134‑1 (MQ=255) gcTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTg < 3:292543/149‑1 (MQ=255) cGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTgccg > 8:128144/1‑149 (MQ=255) cgATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGccc < 6:112475/149‑1 (MQ=255) tcatcaTGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGc < 5:253737/149‑1 (MQ=255) atGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAg > 4:277871/1‑149 (MQ=255) tGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAATCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAg > 3:181229/1‑148 (MQ=255) aGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCAtt > 2:272099/1‑149 (MQ=255) gcgGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGc > 8:31779/1‑147 (MQ=255) ccAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTgg > 2:39179/1‑149 (MQ=255) cAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGCGCTGCAGCGCGGCGCATGTCGGCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGCTGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTggg < 6:285687/149‑1 (MQ=255) cAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCAAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTggg > 8:51862/1‑149 (MQ=255) cccACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATg < 1:272099/149‑1 (MQ=255) cacaCGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGatcgcatc > 6:279258/1‑113 (MQ=255) cacaCGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGt > 2:288720/1‑149 (MQ=255) acacGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTc < 7:51862/149‑1 (MQ=255) cacGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCt < 7:128144/149‑1 (MQ=255) cgccgGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCg > 6:12539/1‑149 (MQ=255) ccgGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGt < 1:39179/149‑1 (MQ=255) cgGAAGTACCGACGGCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGACAGTTGTGCAGCGAGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGAGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCTGCCAGCTTGGCGATGGGCTGCTCGGTg < 2:300042/149‑1 (MQ=255) tCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCa > 3:90666/1‑149 (MQ=255) ccGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCAc < 5:12539/148‑1 (MQ=255) tCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCgg > 4:12665/1‑149 (MQ=255) tCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCgg > 2:174817/1‑149 (MQ=255) ccAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTg < 4:229262/134‑1 (MQ=255) ccAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTg > 3:229262/1‑134 (MQ=255) cAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGt > 8:233288/1‑56 (MQ=255) cAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGt < 7:233288/56‑1 (MQ=255) cAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTg < 1:198626/133‑1 (MQ=255) cAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTg > 2:198626/1‑133 (MQ=255) tAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCAt < 4:90666/149‑1 (MQ=255) gCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCAccc > 3:48426/1‑146 (MQ=255) gCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCAccc < 4:48426/146‑1 (MQ=255) ggCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACcgcgcgc < 7:31779/148‑1 (MQ=255) ccAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCgcggc < 1:174817/149‑1 (MQ=255) ccAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCgcggc < 3:12665/149‑1 (MQ=255) ccAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCgcggc < 1:288720/149‑1 (MQ=255) cAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCgcggcg > 6:177299/1‑149 (MQ=255) cTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCGCGGCGCttt < 4:181229/148‑1 (MQ=255) tGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCGCGGCGCTTTCAGCTTTTGTACCAGt > 7:95478/1‑149 (MQ=255) | GAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGCATGTCGTCCTTGTAGAAGGTGTTGCCGCCGTCGATGATCGCATCGCCCGGCTCCAGCATTTCGGCCAGCTGGGCGATGGTCTGCTCGGTGGCGTCACCAGCCGGCAGCATCACCCATACCGCGCGCGGCGCTTTCAGCTTTTGTACCAGT > NC_002947/4557030‑4557321 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |