Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,583,538 | T→G | 12.9% | intergenic (‑111/+60) | treSB ← / ← glgE | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase/alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,583,538 | 0 | T | G | 12.9% | 89.8 / 3.3 | 37 | intergenic (‑111/+60) | treSB/glgE | bifunctional trehalose synthase B/maltokinase/alpha‑1,4‑glucan:maltose‑1‑phosphate maltosyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/13); new base G (3/2); total (22/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCG > NC_002947/4583397‑4583673 | tGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcgg < 5:80704‑M2/149‑4 (MQ=255) gAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGACACCGGCGAAGCCGgt > 4:29720/1‑149 (MQ=255) cTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGACACCGGCGAAGCcggtgccat > 8:45154‑M2/1‑140 (MQ=255) ccGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTcgcg < 5:80864/148‑1 (MQ=255) ccGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGACACCGGCGAAGCcggtgccatgc > 3:29720‑M2/1‑137 (MQ=255) gAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGAttgtttg > 5:124685/1‑143 (MQ=255) cTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTcc < 5:89606/149‑1 (MQ=255) ccATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGCTCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGACGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgg > 1:257808/1‑149 (MQ=255) ccATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgg > 1:262170/1‑149 (MQ=255) aTGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGATGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgggg < 5:130078/149‑1 (MQ=255) aTGTGCGACTCCTCTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCTATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGGGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgggg < 7:131087/149‑1 (MQ=255) tttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggt > 8:204474‑M2/1‑105 (MQ=255) tttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAAcc > 6:287294/1‑124 (MQ=255) tttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAAcc < 5:287294/124‑1 (MQ=255) tttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgg < 1:240955/135‑1 (MQ=255) tttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACgg > 2:240955/1‑135 (MQ=255) tttCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCCCAg > 5:54093/1‑149 (MQ=255) acaGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACggg > 8:265025/1‑122 (MQ=255) acaGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACggg < 7:265025/122‑1 (MQ=255) aCATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCt > 2:36645/1‑110 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggtgttcgcggataaacccgctcctacgggggatcgagcaagctcggatgtctgtgcatgcaattgaaaggagtcg > 7:36339‑M2/1‑57 (MQ=255) gCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggtgttcgcggataaacccgctcctacgggggatcgagcaagctcggatgtctgtgcatgcaattgaaaggagtcg < 8:36339‑M2/134‑78 (MQ=255) gTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGt > 6:219041/1‑149 (MQ=255) tttACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggtgttcgcggataaactcgctcctacgggggatcgagcaagctcggatgtctgtgcatgcaattgaaaggagtcgcacatggccaagcgttcccg < 6:314013‑M2/149‑98 (MQ=255) cgctctcgcgAAGATGCCACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCGTGGCCGTTGTTCGCGTATAAACCCGGTCGGTC‑GGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGc < 8:123946/143‑1 (MQ=255) gcgAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCAAC‑GGGGGGGGGGCCCAGTCTCAACCTTGTTAACGGGCGTATTAGATGCGGCAGATGCCGAACGGCCGGTGCCatatag > 7:123946/1‑144 (MQ=37) aGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggtgtcatcttcgcgggtaaacccgctcctacgggggatcgagcaagctcggatgtctgtgcatgcaattgaaaggagtcgcacatggccaagcgttcccgcccgg < 7:181574‑M2/148‑108 (MQ=255) gATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggtgtcatcttcgcgggtaaacccgctcctacgggggatcgagcaagctcggatgtctgtgcatgcaattgaaaggagtcgcacatggccaagcgttccc > 8:97389‑M2/1‑40 (MQ=255) gATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggtgtcatcttcgcggggaaacccgctcctacgggggatcgagcaagctcggatgtctgggcatgcaattgaaaggagtcgcacatggccaagcgttcccgagagcg < 7:97389‑M2/148‑109 (MQ=255) tGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGGGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTATATgc > 3:80705/1‑149 (MQ=255) tGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATgc < 5:219041/149‑1 (MQ=255) gACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCCAAGTCTGAACATTGTTAAAGGTGTTTTTCGATGCGCCACATGACAAACGGCAGTTCCCAGGGCTCAATgc > 2:301209/1‑148 (MQ=25) acacCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCcggtgtcatcttcgcgggtaaacccgctcctacgggggagcgagcaagctcggatgtctgtgcatgcaattgaaaggactcgcacatggccaagcgttcccgcccggcagcc > 8:181574‑M2/1‑36 (MQ=255) tGCCGTGGTGGCTGGCAACGGGGTCGGCGGGGTTCGCCGATTAACCCGCTTCTACGGGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTgg < 1:301209/149‑1 (MQ=255) cATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCACAGAATGAACCTTGTAAACGGGCTTTTACGATGCCCCAGATGCCGAACGGCAGGGGCCCGGGCACTATGCGCTACCATTGGGGCTTGCCg > 2:86483/1‑148 (MQ=37) aTGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCCCAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCAAggg > 5:129761/1‑119 (MQ=255) cACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAggg > 3:159176/1‑115 (MQ=255) | TGAAGGCTGCCGGGCGGGAACGCTTGGCCATGTGCGACTCCTTTCAATTGCATGCACAGACATCCGAGCTTGCTCGATCCCCCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGATGACACCGCGGTGCCGAGGTGCATGGCACCGGCTTCGCCGGTGTTCGCGGATAAACCCGCTCCTACGGGGGGGGGGGCACAGTCTGAACCTTGTTAACGGGCTTTTTCGATGCGCCAGATGCCGAACGGCAGGTGCCAGGGCTCTATGCGCATCCATTGGGTCTTGCCG > NC_002947/4583397‑4583673 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |