Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,670,998 | C→G | 7.5% | H444D (CAC→GAC) | nuoN → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,670,998 | 0 | C | G | 7.5% | 167.5 / 3.7 | 53 | H444D (CAC→GAC) | nuoN | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/22); new base G (2/2); total (29/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
GCAAGTTCTACATCATCGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCAACTGATCGGTTGATCACCCCG > NC_002947/4670855‑4671146 | gCAAGTTCTACATCATCGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCacgac > 3:6976/1‑149 (MQ=255) ttCTACATCATCGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGTGTCGTGACGACGcag > 1:29431/1‑146 (MQ=255) ttCTACATCATCGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGTGTCGTGACGACGcag < 2:29431/148‑3 (MQ=255) cTACATCATCGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGc > 4:9382/1‑149 (MQ=255) aCATCATCGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCt > 2:282192/1‑148 (MQ=255) atcGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTg < 3:9382/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGACCCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGac > 8:163154/1‑146 (MQ=255) cGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAgc > 5:149051/1‑149 (MQ=255) tgtCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCa > 3:212827/1‑149 (MQ=255) tgtCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCa > 2:126446/1‑149 (MQ=255) tCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCAcc > 7:31699/1‑149 (MQ=255) aTCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACcggcg < 4:212827/149‑1 (MQ=255) gCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCAc < 7:335437/141‑1 (MQ=255) gCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCAc > 8:335437/1‑141 (MQ=255) cTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTc < 2:148680/147‑1 (MQ=255) cTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCaa > 1:148680/1‑148 (MQ=255) gttggtCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGctgctg < 1:126446/148‑1 (MQ=255) ggcGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTTCTACTACCTGCGCGGCATTGTCTCAACCTGTACCTCCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGctgctg < 1:282192/147‑1 (MQ=255) tCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATc < 6:136129/149‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCa < 8:31699/149‑1 (MQ=255) gcTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTGACGACGcagg < 8:294785/96‑4 (MQ=255) gcTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTGACGACGcagg > 7:294785/1‑93 (MQ=255) cTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTggg < 3:188650/106‑1 (MQ=255) cTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTggg > 4:188650/1‑106 (MQ=255) gTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATtct > 5:257227/1‑146 (MQ=255) gTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATtct < 6:257227/146‑1 (MQ=255) gTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGc > 2:98516/1‑149 (MQ=255) cgcCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTgg < 6:149051/149‑1 (MQ=255) tactacCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTgg > 1:195211/1‑133 (MQ=255) tactacCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTgg < 2:195211/133‑1 (MQ=255) ctacCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGccc < 1:98516/148‑1 (MQ=255) ctacCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGGGTGTACCCGCAGcccc > 8:310538/1‑149 (MQ=255) ccTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCctgc < 4:6976/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCctgc > 7:161879/1‑149 (MQ=255) cgcgTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCctgctg < 7:310538/147‑1 (MQ=255) gTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGga < 5:78578/146‑1 (MQ=255) gTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGga > 6:78578/1‑146 (MQ=255) gT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGtt > 8:40998/1‑147 (MQ=255) t‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTCGAAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAg > 1:257590/1‑149 (MQ=255) aCCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGc < 8:161879/148‑1 (MQ=255) ccTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAg > 7:225059/1‑149 (MQ=255) tGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCg > 3:88258/1‑149 (MQ=255) ccTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGc < 7:40998/148‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGgaga > 4:91245/1‑130 (MQ=255) cTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGgaga < 3:91245/130‑1 (MQ=255) cTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCt > 7:75203/1‑149 (MQ=255) gAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCAACt > 5:25969/1‑149 (MQ=255) cGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCAACTGATc < 8:225059/149‑1 (MQ=255) gAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCaa > 3:145888/1‑142 (MQ=255) gAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCaa < 4:145888/142‑1 (MQ=255) gAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCAACTGATCg > 5:40159/1‑149 (MQ=255) tGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGc < 8:17194/131‑1 (MQ=255) tGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGc > 7:17194/1‑131 (MQ=255) tcgtcACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCAACTGATCGGTTGATCAc < 4:88258/149‑1 (MQ=255) gtcACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCTCCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCctgc < 8:199518/102‑1 (MQ=255) cACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCAACTGATCGGTTGATCACCCCg > 6:328699/1‑149 (MQ=255) | GCAAGTTCTACATCATCGCTACCGGTGTCGAATCGCACCTGTGGTGGTTGGTCGGTGCGCTGGTGATCGGTAGCGCCATCGGCGTGTACTACTACCTGCGCGTCATGGT‑T‑ACCCTGTA‑‑‑CCTGGTCGAGCCGAACCTGCGTCGTCACGACGCCCCGCTC‑AAGTGGGAACAGCGCACCGGCGGTGTCATGCTGCTGGCTATCGCCATTCTCGCTTTCGTACTGGGTGTGTACCCGCAGCCCCTGCTGGAGATGGTTCAGCAAGCGGGCCTGCAACTGATCGGTTGATCACCCCG > NC_002947/4670855‑4671146 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |