Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,743,805 | G→A | 7.5% | Q63* (CAA→TAA) | PP_4197 ← | GntR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,743,805 | 0 | G | A | 7.5% | 154.7 / 2.1 | 53 | Q63* (CAA→TAA) | PP_4197 | GntR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/25); new base A (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
AAGCCCTTGGTCCTCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTCGACAATACAACAGCGTGACA > NC_002947/4743668‑4743952 | aaGCCCTTGGTCCTCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATAc > 3:31425/1‑149 (MQ=255) aGCCCTTGGTCCTCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACg > 8:12249/1‑149 (MQ=255) cTCGAGATTGGCATCGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTAcagc < 3:300264/148‑1 (MQ=255) cTCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTCTCCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTAcagc < 1:278667/149‑1 (MQ=255) cTCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTAcag > 6:303149/1‑147 (MQ=255) cTCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGAAcag > 7:311294/1‑147 (MQ=255) tCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTAcagcag > 5:114026/1‑149 (MQ=255) cGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTAcagcag > 7:170335/1‑148 (MQ=255) agaTTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTAcagcagcag < 1:78641/149‑1 (MQ=255) agaTTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTAcagcagcag < 4:31425/149‑1 (MQ=255) cctAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGGAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGGTGCTGGGCGATACGCt < 1:317519/127‑1 (MQ=255) cATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGAACAGCAGCAGGTTGGTc < 8:311294/149‑1 (MQ=255) aTAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGCCCAGCAACTGGCCGAt < 4:108073/123‑1 (MQ=255) aTAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGCCCAGCAACTGGCCGAt > 3:108073/1‑123 (MQ=255) aGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATg > 6:132973/1‑149 (MQ=255) cTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTACTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTc < 5:296301/147‑1 (MQ=255) cTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTACTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTc > 6:296301/1‑147 (MQ=255) tGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGCTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCgttg > 4:89629/1‑149 (MQ=255) tGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATTTCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGCTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCtt < 1:133846/149‑1 (MQ=255) cTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTa < 5:303149/149‑1 (MQ=255) aCATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTAc < 8:170335/147‑1 (MQ=255) aTTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACggg > 2:345612/1‑148 (MQ=255) ttGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCCGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCg < 8:144351/132‑1 (MQ=255) ttGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCCGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCg > 7:144351/1‑132 (MQ=255) gAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCAc > 5:123547/1‑149 (MQ=255) tGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGAc > 3:172378/1‑149 (MQ=255) cgcTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTa < 4:172378/149‑1 (MQ=255) tCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTagag > 1:283/1‑146 (MQ=255) tCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTagag < 2:283/146‑1 (MQ=255) gcgcACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATa < 6:114026/146‑1 (MQ=255) cgcACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCg < 5:132973/148‑1 (MQ=255) gcACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCgtt < 1:148939/112‑1 (MQ=255) gcACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCgtt > 2:148939/1‑112 (MQ=255) gcACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATa < 3:9801/144‑1 (MQ=255) gcACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATa > 4:9801/1‑144 (MQ=255) cACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTaa < 7:12249/149‑1 (MQ=255) ccGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTagag > 5:357971/1‑127 (MQ=255) ccGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTagag < 6:357971/127‑1 (MQ=255) cTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTa < 2:161093/149‑1 (MQ=255) ccTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTgg < 3:89629/149‑1 (MQ=255) ccGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGc > 2:28079/1‑144 (MQ=255) ccGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGc < 1:28079/144‑1 (MQ=255) gACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTc < 6:123547/149‑1 (MQ=255) tatCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTAc > 2:97026/1‑121 (MQ=255) tatCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTCGACaa > 5:242034/1‑148 (MQ=255) tatCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTCGACaa > 7:70093/1‑148 (MQ=255) atcatcGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCtt < 4:44310/72‑1 (MQ=255) atcatcGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCtt > 3:44310/1‑72 (MQ=255) atcatcGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCTCTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCaaa < 1:218642/114‑1 (MQ=255) atcatcGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCaaa > 2:218642/1‑114 (MQ=255) atcGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGCAACAGCAGCAGGTTGGTCAAGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACACATGCAAAGTCAACTGCGACAGATTGCAACGTAGACCACAATaca > 4:180317/1‑148 (MQ=255) tcGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTCGACAATacaa > 4:335177/1‑148 (MQ=255) gCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAAc < 6:32941/98‑1 (MQ=255) gCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTCGACAATACAACAGCGTGACa < 6:242034/148‑1 (MQ=255) gCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTCGACAATACAACAGCGTGACa < 8:70093/148‑1 (MQ=255) | AAGCCCTTGGTCCTCGAGATTGGCATAGGCCTGCAACACCGTGGCATGGCTGACATTGAGCTGGGCGCTCATCTTGCGCACGGAGGGTACCCGCTC‑GCCTGGCTGGTAGACACCGCGACGGATATCATCGGCCAGTTGCTGGGCGATACGCTGGTACAGCAGCAGGTTGGTCATGTCGACATGCTCGTTGTTCTTGTACGGGTCACTGACGGTAGAGGATACCGTAACAGTTGCAAAGTGTACTGGGACAGATTGCAACGTAGTCGACAATACAACAGCGTGACA > NC_002947/4743668‑4743952 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |