Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,902,466 | G→T | 6.5% | L127L (CTG→CTT) | PP_4310 → | hydantoin racemase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,902,466 | 0 | G | T | 6.5% | 200.0 / 3.8 | 62 | L127L (CTG→CTT) | PP_4310 | hydantoin racemase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/32); new base T (2/2); total (28/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 |
CATGGCCGCGAAGGCCTGCAGGAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCT > NC_002947/4902320‑4902614 | cATGGCCGCGAAGGCCTGCAGGAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGaa < 3:261984/149‑1 (MQ=255) cgAAGGCCTGCAGGAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCgg < 8:132656/149‑1 (MQ=255) cTGCAGGAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATAACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTATGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTa < 6:91496/149‑1 (MQ=255) cAGGAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAg > 6:18475/1‑132 (MQ=255) cAGGAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAg < 5:18475/132‑1 (MQ=255) gAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCg < 7:58013/149‑1 (MQ=255) cTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGc > 3:340294/1‑147 (MQ=255) tggtggACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGc < 1:19763/148‑1 (MQ=255) gtggACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAg > 3:59811/1‑149 (MQ=255) tggACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGc > 3:213810/1‑149 (MQ=255) aCATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCggg > 3:329971/1‑149 (MQ=255) tACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGc > 8:153683/1‑138 (MQ=255) tACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGc < 7:153683/138‑1 (MQ=255) cccGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCCCGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTgc < 8:334469/122‑1 (MQ=255) aCCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTgc > 7:334469/1‑123 (MQ=255) cGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGTAAAGCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCg > 1:92184/1‑149 (MQ=255) aCGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCa > 8:102226/1‑135 (MQ=255) aCGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCa < 7:102226/135‑1 (MQ=255) ccgccgccAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGctg < 4:213810/149‑1 (MQ=255) gCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGc < 1:185896/104‑1 (MQ=255) gCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGc > 2:185896/1‑104 (MQ=255) gCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGctggaactggaa < 7:157766/149‑1 (MQ=255) cgtcGGTAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGctggaactggaa < 5:163446/146‑1 (MQ=255) ggCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGCAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGTAAGcc > 7:207774/1‑148 (MQ=255) ggCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCg > 8:115349/1‑149 (MQ=255) tACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCt > 3:242709/1‑149 (MQ=255) tAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCgg > 2:308835/1‑149 (MQ=255) cACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAg > 6:299335/1‑130 (MQ=255) cACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAg < 5:299335/130‑1 (MQ=255) aCGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTg > 5:175600/1‑149 (MQ=255) aCGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTg < 1:308835/149‑1 (MQ=255) aCGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTg < 4:242709/149‑1 (MQ=255) gCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGa < 4:85674/149‑1 (MQ=255) ccTTTTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTgc < 3:176518/83‑1 (MQ=255) ccTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCCCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTgc > 4:176518/1‑83 (MQ=255) cTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTg < 4:10911/91‑1 (MQ=255) ttCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGa > 6:157107/1‑149 (MQ=255) ccGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCg < 7:59106/138‑1 (MQ=255) ccGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCg > 8:59106/1‑138 (MQ=255) cGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGAtt < 6:175600/148‑1 (MQ=255) cGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTg > 4:127253/1‑149 (MQ=255) tagt‑aACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTc < 5:256723/149‑1 (MQ=255) gt‑aACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGa < 4:59811/149‑1 (MQ=255) gt‑aACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGa < 7:115349/149‑1 (MQ=255) cACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAgg > 3:158140/1‑149 (MQ=255) ttGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGTCGTGGAGGCGATTGTCGCGCacggcgcg > 3:27442/1‑142 (MQ=255) gACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCgg > 7:192102/1‑117 (MQ=255) gACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCgg < 8:192102/117‑1 (MQ=255) cACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCg > 2:307589/1‑149 (MQ=255) ccGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTTAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAg < 8:66254/96‑1 (MQ=255) ccGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTTAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAg < 8:71081/96‑1 (MQ=255) ccGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTTAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAg > 7:66254/1‑96 (MQ=255) ccGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTTAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAg > 7:71081/1‑96 (MQ=255) cATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAg < 4:310880/128‑1 (MQ=255) aTTGATCGAGGACCGCCTGATGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTg < 8:113080/109‑1 (MQ=255) aTTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTg > 7:113080/1‑109 (MQ=255) gAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAgg < 5:157107/148‑1 (MQ=255) gAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGc < 3:127253/149‑1 (MQ=255) aGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGcc > 2:213083/1‑131 (MQ=255) aGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGcc < 1:213083/131‑1 (MQ=255) aGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGcc < 4:158140/149‑1 (MQ=255) ccGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAgg < 8:207774/149‑1 (MQ=255) gAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCt > 3:155177/1‑149 (MQ=255) gAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCt > 3:229602/1‑149 (MQ=255) | CATGGCCGCGAAGGCCTGCAGGAACTGCTCAACGTGCCTGTGGTGGACATTACCGACGCCGCCGCCAGCACGGCAATGTACCTAGGCCACGCCTATTCCGTAGT‑AACCACGCTTGACCGCACCGTGCCATTGATCGAGGACCGCCTGAAGCTCTCGGGCCTGTATGACCGCTGCGCCTCGGTGCGAGCCAGCGGGCTGGCGGTGCTGGAACTGGAAGCCGACCCGCTGCGGGCCGTGGAGGCGATTGTCGAGCAGGCCGAACGCGCCGTGCGCGACGACAAGGCCGAGGTGATCT > NC_002947/4902320‑4902614 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |