Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,995,523 | G→C | 9.1% | R396P (CGC→CCC) ‡ | bkdB → | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex lipoamide acyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,995,523 | 0 | G | C | 9.1% | 133.3 / 4.8 | 44 | R396P (CGC→CCC) ‡ | bkdB | branched‑chain alpha‑keto acid dehydrogenase complex lipoamide acyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/19); new base C (2/2); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.20e-01 |
GGTGGCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTATGTA > NC_002947/4995381‑4995670 | ggTGGCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGt < 7:177489/149‑1 (MQ=255) gTGGCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCTTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTc < 6:93165/149‑1 (MQ=255) gCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACGCGGTGGTCGaa < 3:227743/149‑2 (MQ=255) gCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGa < 2:243593/148‑1 (MQ=255) gTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCa < 1:149723/148‑1 (MQ=255) tCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGTTGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCAt < 2:202544/148‑1 (MQ=255) tCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATg < 3:308283/149‑1 (MQ=255) gCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATggtt > 4:225672/1‑147 (MQ=255) gtggtCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCt > 5:338855/1‑149 (MQ=255) gtCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGtt < 3:225672/149‑1 (MQ=255) cAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGc > 6:282439/1‑149 (MQ=255) tcgGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTc > 1:135867/1‑149 (MQ=255) tcgGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTc < 1:142464/149‑1 (MQ=255) gTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGGAAGATGATGATCGTGTGGAGCTCGTTCGACGACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGACGGAGGTGTGCTGGTCGacg > 8:289668/1‑146 (MQ=255) aaCCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGaa > 3:3132/1‑144 (MQ=255) aaCCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGaa < 4:3132/144‑1 (MQ=255) ccGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCg > 8:145074/1‑149 (MQ=255) cGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCgc > 8:326715/1‑149 (MQ=255) gTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCgcctgcct > 1:312520/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGt < 7:326715/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGt < 7:145074/149‑1 (MQ=255) ggCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTg < 5:282439/149‑1 (MQ=255) ccAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTg < 6:3586/147‑1 (MQ=255) ccAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTg > 5:3586/1‑147 (MQ=255) ccAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGa < 6:338855/149‑1 (MQ=255) agtccagATCGACGCGCAGTTGGACGTGGCCAACATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGt < 2:135867/143‑1 (MQ=255) aCGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCaa > 2:107606/1‑148 (MQ=255) cAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGaacaac > 2:275710/1‑112 (MQ=255) tcgtGCGTAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGa > 7:132793/1‑149 (MQ=255) tcgtGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGa > 3:94540/1‑149 (MQ=255) aaGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCt < 2:308814/148‑1 (MQ=255) aaGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCt > 1:308814/1‑148 (MQ=255) atgaACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGAtt > 5:243106/1‑128 (MQ=255) atgaACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGAtt < 6:243106/128‑1 (MQ=255) gaACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATg > 8:297393/1‑47 (MQ=255) gCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGcc > 3:207292/1‑149 (MQ=255) cTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGccc > 7:36826/1‑149 (MQ=255) gTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTgg > 5:168051/1‑149 (MQ=255) catCGACCACGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTAcc < 8:60979/121‑1 (MQ=255) catCGACCACGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTAcc > 7:60979/3‑123 (MQ=255) catCGACCACGCGGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTgg > 5:18983/3‑149 (MQ=255) cGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTAccc < 6:3549/121‑1 (MQ=255) cGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTAccc > 5:3549/1‑121 (MQ=255) gACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTggcggc < 2:39567/149‑1 (MQ=255) cgcgTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCaa > 7:191173/1‑95 (MQ=255) cgcgTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCaa < 8:191173/95‑1 (MQ=255) cgcgTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTATg > 1:166828/1‑147 (MQ=255) cgcgTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTATg > 6:177540/1‑147 (MQ=255) cgcgTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTATGTa < 4:207292/149‑1 (MQ=255) cgcgTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTATGTa < 1:107606/149‑1 (MQ=255) | GGTGGCATTGTCAGCACGCCGGTGGTCAACACCCCGGAAGTGGCAATCGTCGGGGTCAACCGCATGGTCGAACGGCCAGTGGTGATCGACGGCCAGATCGTCGTGCGCAAGATGATGAACCTGTCCAGCTCGTTCGACCACCGCGTGGTCGATGGCATGGATGCCGCCCTGTTCATCCAGGCCGTACGTGGCCTGCTCGAACAACCCGCCTGCCTGTTCGTGGAGTGAGCATGCAACAGATTATCCAGACTACCCTGTTGATCATCGGCGGCGGCCCTGGCGGCTATGTA > NC_002947/4995381‑4995670 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |