Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,235,123 | A→G | 6.8% | T153A (ACC→GCC) | fecA → | outer membrane ferric citrate porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,235,123 | 0 | A | G | 6.8% | 168.3 / 2.2 | 59 | T153A (ACC→GCC) | fecA | outer membrane ferric citrate porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/27); new base G (2/2); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
AGCCCCTGCTGCTGGCGCAGCAGTCGAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTCGACCGTGCTGAT > NC_002947/5234978‑5235262 | aGCCCCTGCTGCTGGCGCAGCAGTCGAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTacca > 2:313196/1‑149 (MQ=255) gctgGCGCAGCAGTCGAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCcgcg > 8:280459/1‑148 (MQ=255) ctgGCGCAGCAGTCGAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGaa < 7:280459/149‑1 (MQ=255) gcagcaGTCGAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCt > 8:126030/1‑149 (MQ=255) tCGAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCg > 6:359147/1‑148 (MQ=255) gAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCa < 1:313196/148‑1 (MQ=255) gCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAg > 2:93400/1‑134 (MQ=255) gCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAg < 1:93400/134‑1 (MQ=255) cTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTacca > 8:98716/1‑121 (MQ=255) tAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATcccc > 5:344925/1‑149 (MQ=255) aGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGTCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGAACCCCGGCGCCCGCGACGTATTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACAGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCg > 3:181442/1‑149 (MQ=255) gcCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGt > 8:110656/1‑149 (MQ=255) ccGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGcc > 4:4978/1‑149 (MQ=255) gTCGGCGACTGGCTGGCCGATGCGTAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGa < 6:252197/149‑1 (MQ=255) tCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGa > 6:117944/1‑148 (MQ=255) ggCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCaa < 7:12909/137‑1 (MQ=255) ggCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCaa > 8:12909/1‑137 (MQ=255) gCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGacaa > 4:96915/1‑148 (MQ=255) gACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGAcaacaa < 3:4978/149‑1 (MQ=255) gcCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCgg > 3:312964/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACaacaac < 3:218315/139‑1 (MQ=255) cGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACaacaac > 4:218315/1‑139 (MQ=255) gAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAg < 5:117944/149‑1 (MQ=255) gAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAg > 4:243301/1‑149 (MQ=255) cagcagGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGa < 7:298772/149‑1 (MQ=255) agcagGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGAc > 1:8010/1‑149 (MQ=255) agcagGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGAc < 6:344925/149‑1 (MQ=255) agcagGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGAc < 3:96915/149‑1 (MQ=255) agGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTg < 3:243301/149‑1 (MQ=255) ggACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTgg < 7:110656/149‑1 (MQ=255) aaCGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGaa < 4:128671/81‑1 (MQ=255) aaCGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGaa > 3:128671/1‑81 (MQ=255) aCGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTg < 7:126030/149‑1 (MQ=255) cccGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCcg > 4:336858/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCcg > 2:181951/1‑149 (MQ=255) ccGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGaa > 3:43191/1‑136 (MQ=255) ccGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGaa < 4:43191/136‑1 (MQ=255) cGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCcgcg > 2:91051/1‑149 (MQ=255) cccGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTc < 1:181951/149‑1 (MQ=255) ccGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATTGCGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTc > 1:15366/1‑134 (MQ=255) ccGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTc < 2:15366/133‑1 (MQ=255) gTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCcgcg > 1:6936/1‑149 (MQ=255) tGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTg < 2:8010/149‑1 (MQ=255) cgcCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTgg < 5:135688/148‑1 (MQ=255) cGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCTTCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTg < 8:160384/144‑1 (MQ=255) cGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCTTCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTg > 7:160384/1‑144 (MQ=255) ggAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCt > 6:47448/1‑149 (MQ=255) gAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTc > 2:167636/1‑149 (MQ=255) aTT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTCGa < 5:47448/149‑1 (MQ=255) gAACGCAACGGTGCTGCCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCt < 2:203351/92‑1 (MQ=255) gAACGCAACGGTGCTGCCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCt < 2:208463/92‑1 (MQ=255) gAACGCAACGGTGCTGCCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGCTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCt > 1:208463/1‑92 (MQ=255) gAACGCAACGGTGCTGCCACCGCCCGCGAAATGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCt > 1:203351/1‑92 (MQ=255) gAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCt < 4:276780/119‑1 (MQ=255) gAACGCAACGGTGCTACCACCGCCAGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCCCGCCTGGCAACGCGCTCGCCCGt > 6:187913/1‑149 (MQ=255) aaCGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGc < 1:347418/133‑1 (MQ=255) aaCGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGc > 2:347418/1‑133 (MQ=255) aaCGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTCGACCGTg < 4:312964/149‑1 (MQ=255) aaCGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACCACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTCGACCGTGCTgat > 7:68495/1‑149 (MQ=255) aaCGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTCGACCGTGCTgat < 3:336858/149‑1 (MQ=255) aaCGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTCGACCGTGCTgat < 1:91051/149‑1 (MQ=255) | AGCCCCTGCTGCTGGCGCAGCAGTCGAGCTAGGCGCCTCCACCGTGGTCGGCGACTGGCTGGCCGAGGCGCAGCAGGACAACGTATTCGAGCACCCCGGCGCCCGCGACGTAGTGCGCCGTGAGGAATT‑CGAACGCAACGGTGCTACCACCGCCCGCGAAGTGCTCAACCGCATCCCCGGGGTCAACGCCCCCGACAACAACGGTACCGGCAGCCATGACCTGGCGCTGAACTTCGGCATCCGCGGCCTCAACCCGCGCCTGGCATCGCGCTCGACCGTGCTGAT > NC_002947/5234978‑5235262 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |