| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,267,497 | T→A | 9.8% | L28Q (CTG→CAG) | PP_4643 → | xanthine/uracil permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,267,497 | 0 | T | A | 9.8% | 145.8 / 3.8 | 52 | L28Q (CTG→CAG) | PP_4643 | xanthine/uracil permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base A (3/2); total (27/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGGAAGTGTCTACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATGCTGATCGCCGCCTCGCTGTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCCTGCTGCAGACCCTTGGC > NC_002947/5267366‑5267645 | tAGGAAGTGTCTACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCa > 3:171881/1‑149 (MQ=255) gAAGTGTCTACCGTAGCGGCACAACCATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGt < 6:176332/149‑1 (MQ=255) tgtCTACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTAtgg < 3:108871/149‑1 (MQ=255) tCTACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAACACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTAtggtg < 2:257913/149‑1 (MQ=255) tCTACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTAtggt < 3:2000/148‑1 (MQ=255) tACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGt > 6:77319/1‑141 (MQ=255) tACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGt < 5:77319/141‑1 (MQ=255) tACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTAtggtgg > 7:222762/1‑148 (MQ=255) aCAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGa > 3:263581/1‑149 (MQ=255) 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ccTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCAGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGc > 4:298311/1‑149 (MQ=255) cTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGt < 6:111846/146‑1 (MQ=255) cTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGt > 5:111846/1‑146 (MQ=255) cACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCACCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGaa > 3:27799/1‑148 (MQ=255) gTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCg > 3:55084/1‑149 (MQ=255) gTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCg < 5:279028/149‑1 (MQ=255) tcCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCa > 2:250365/1‑149 (MQ=255) cccGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCAt > 4:336425/1‑149 (MQ=255) ccGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGc < 3:298311/146‑1 (MQ=255) ccGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATg > 3:121513/1‑149 (MQ=255) 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gCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATGCTGATCGCCGCCTCGCTGTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCctgctg < 4:121513/147‑1 (MQ=255) cTATGGTCCGCACCATG‑TGCTGCCCATGTATGGAGCGATCGTCCCAGTACCCCTGATCCTTTGGAATGCCTCCGGCCTGAATGGTGCCGAACACTGCATGCTTCTCGCCGCCTCTCTTTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCCTGCTGCAGa < 6:294437/149‑1 (MQ=255) gTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATGCTGATCGCCGCCTCGCTGTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCCTGCTGCAGACCCtt < 2:172839/149‑1 (MQ=255) tCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATGCTGATCGCCGCCTCGCTGTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCCTGCTGCAGACCCTTg < 5:237267/149‑1 (MQ=255) tCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATGCTGATCGCCGCCTCGCTGTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCCTGCTGCAGACACTTg > 6:352082/1‑149 (MQ=255) tGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATGCTGATCGCCGCCTCGCTGTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCCGGCTGCAGACCCTTGGc > 4:272139/1‑149 (MQ=255) | TAGGAAGTGTCTACAGTAGCGGCACAACAATAAACAGAGAGCCTGCTCCATGACTACGTCCCCTAGCACGTCTCCCGCCAAGCGACCCGAGGATGAAAACCTCGGCCTTGGTGCCAACCTGGCCTATGGTCTGCAGCATG‑TGCTGACCATGTATGGTGGGATCGTCGCAGTACCCCTGATCCTGGGGCAGGCCGCGGGCCTGAATGGTGCCGAAATCGGCATGCTGATCGCCGCCTCGCTGTTCGCCGGTGGCCTTGCCACCCTGCTGCAGACCCTTGGC > NC_002947/5267366‑5267645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |