Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,372,002 | G→C | 7.4% | intergenic (‑66/+31) | carB ← / ← carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,372,002 | 0 | G | C | 7.4% | 173.4 / 3.8 | 54 | intergenic (‑66/+31) | carB/carA | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit/carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base C (2/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.13e-01 |
GCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTAC > NC_002947/5371856‑5372145 | gCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGt > 7:153075/1‑149 (MQ=255) ccGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGC‑CGGCACCTGCCGCGCCCgg < 6:15751/149‑1 (MQ=255) aCGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCtt > 8:310157/1‑149 (MQ=255) aCGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGAGGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCtt < 3:121588/149‑1 (MQ=255) tCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAg > 7:22820/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAg > 5:338064/1‑149 (MQ=255) gCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑Gc > 4:132534/1‑131 (MQ=255) gCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑Gc < 3:132534/131‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTATACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAgg < 5:303143/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGa < 6:338064/149‑1 (MQ=255) aGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCtt > 5:178680/1‑149 (MQ=255) tGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGc < 6:217884/148‑1 (MQ=255) ttttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGa < 4:25024/127‑1 (MQ=255) ttttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGa > 3:25024/1‑127 (MQ=255) ttttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGgcgc < 3:90400/140‑1 (MQ=255) ttttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGgcgc > 4:90400/1‑140 (MQ=255) ttGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATg < 8:199302/147‑1 (MQ=255) tGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCa > 7:261752/1‑149 (MQ=255) gATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCAt > 8:56031/1‑149 (MQ=255) gTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTAAGCGGCGCTTGGCCATg < 3:302932/142‑1 (MQ=255) gTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTAAGCGGCGCTTGGCCATg > 4:302932/1‑142 (MQ=255) tCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGTAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGt > 1:337910/1‑149 (MQ=255) tACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGTGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGaaa > 3:189430/1‑149 (MQ=255) tACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGaaa > 7:284234/1‑149 (MQ=255) tACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGaa < 8:261752/148‑1 (MQ=255) tggtggTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACaga < 8:153075/149‑1 (MQ=255) tggtggTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGAGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCCAACa > 1:55983/1‑147 (MQ=255) tggtCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGaa < 7:184918/142‑1 (MQ=255) tggtCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGaa > 8:184918/1‑142 (MQ=255) gtCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGgcgc > 4:315157/1‑149 (MQ=255) aCTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGTGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGAc < 4:189430/149‑1 (MQ=255) aCTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGAc > 3:41812/1‑149 (MQ=255) aCTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGAc > 3:242916/1‑149 (MQ=255) tCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACgt > 8:42742/1‑149 (MQ=255) aaaTCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACgtcg > 1:189542/1‑149 (MQ=255) aaaTCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACgtcg > 3:340551/1‑149 (MQ=255) aaaTCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACgt < 8:284234/147‑1 (MQ=255) cGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGtcggtcgg < 3:315157/149‑1 (MQ=255) ggCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCg > 2:43915/1‑149 (MQ=255) gCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCa < 2:189542/149‑1 (MQ=255) aCAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCt < 7:310157/149‑1 (MQ=255) aaTCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAg < 1:114655/138‑1 (MQ=255) aaTCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAg > 2:114655/1‑138 (MQ=255) ggTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGaa < 4:242916/145‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAgg < 2:255353/96‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAgg > 1:255353/1‑96 (MQ=255) ggCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAAcgc < 4:41812/149‑1 (MQ=255) gcTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGct > 6:296521/1‑149 (MQ=255) ccccGGGC‑CGGCACCTGCCGCGCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCa < 1:309159/119‑1 (MQ=255) ccccGGGC‑CGGCACCTGCCGCGCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCa > 2:309159/3‑121 (MQ=255) ccccGGGC‑CGGCACCTGCCGCGCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGCGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGctct > 7:96627/3‑149 (MQ=255) gcgcGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCgg < 1:43915/149‑1 (MQ=255) gcgGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTa < 4:340551/149‑1 (MQ=255) cgGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTAc < 7:56031/149‑1 (MQ=255) | GCAGGCCTGGCCGATCACGATCGGGCCAGCGCCGAGAATCAGGATGCTTTTGATGTCTGTACGTTTTGGCATGGTGGTCACTCAAATCCGGGGTCAGTCGGCAAGCCGCTTTGAACAATCTGGGTCAGGCGCTGCCGGGCGCGGCAGGTGCCG‑GCCCGGGGCCTTGAAGCAGGATGCTCAGCGGCGCTTGGCCATGGCATCGGTGAAACGATCGAACAGAGGCGCGACGTCGGTCGGGCCCGGGCTCGCTTCAGGGTGGCCCTGGAAGCTGAACGCGCTCTTGTCGGTAC > NC_002947/5371856‑5372145 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |