| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,473,810 | T→C | 10.1% | N329D (AAC→GAC) ‡ | proA ← | gamma‑glutamyl phosphate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,473,810 | 0 | T | C | 10.1% | 154.5 / 7.0 | 59 | N329D (AAC→GAC) ‡ | proA | gamma‑glutamyl phosphate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/24); new base C (3/3); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CCATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCAT > NC_002947/5473665‑5473957 | ccATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAg > 2:178090/1‑149 (MQ=255) aTCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGc > 2:68068/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATAGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTAACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGACGGCCTGAACCAGGCCATc > 5:215419/1‑149 (MQ=255) aaaGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGa > 5:299751/1‑149 (MQ=255) aaaGAAGGTAGGGGTGTTGATCATTACCGACGCCGAATCGACATCAGCCATGAACTGACCGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGACGGCCTGAACCAGGCCATCGa < 6:215419/149‑1 (MQ=255) cAGGGCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCAc < 5:260422/149‑1 (MQ=255) gggTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATc > 6:175603/1‑149 (MQ=255) gtTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACa < 6:364280/149‑1 (MQ=255) ttGAGCATGCCCGACGCCGAATCGCCCTCAGCCATGAACGGACGGGCTTCCCCCTGGTGTGCGCTGCTGCTCGAGGCGGTGTGGGGCGAGCCATAGTGGTTGATGGGCGCGATGGCCTGGGTCAGGCCGGCGACCACGCGAATCGACAg < 6:270045/149‑1 (MQ=255) ttGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGGTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAg < 6:275015/149‑1 (MQ=255) gCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑c > 4:198938/1‑149 (MQ=255) cATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑Cg > 1:35988/1‑149 (MQ=255) cGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATc > 8:56692/1‑147 (MQ=255) gACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAg < 3:198938/149‑1 (MQ=255) gAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGACGGCCTGAACCAGGCCATc > 6:185184/1‑113 (MQ=255) gAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGACGGCCTGAACCAGGCCATc < 5:185184/113‑1 (MQ=255) tCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGc > 7:293543/1‑147 (MQ=255) aTGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGc > 3:259546/1‑149 (MQ=255) tGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCt > 2:232753/1‑149 (MQ=255) gACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTg > 8:135591/1‑149 (MQ=255) aCGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGATCCGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGt < 1:232753/148‑1 (MQ=255) aCGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTg < 4:259546/148‑1 (MQ=255) aCGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCCACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGt < 1:68068/147‑1 (MQ=255) gggCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGcc < 7:135591/149‑1 (MQ=255) aCCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTgg > 5:33216/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGcc < 2:203068/140‑1 (MQ=255) ccTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGgcg > 1:205396/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGACCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGgcg > 1:274987/1‑149 (MQ=255) ttCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCtgatga < 2:274987/149‑1 (MQ=255) cTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCg < 4:128390/130‑1 (MQ=255) cTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCg > 3:128390/1‑130 (MQ=255) atgatCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTg < 7:56692/149‑1 (MQ=255) atgatCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTg > 3:242728/1‑149 (MQ=255) tgatCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTgg < 1:178090/149‑1 (MQ=255) tgatCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTgg < 2:35988/149‑1 (MQ=255) gatCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTggg > 3:2361/1‑149 (MQ=255) gatCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGGGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTgg < 5:360207/148‑1 (MQ=255) gCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGT‑GCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACcgcg > 5:56544/1‑147 (MQ=255) gAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAg > 1:2160/1‑149 (MQ=255) ccATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTc < 8:293543/149‑1 (MQ=255) cATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTc > 7:281991/1‑148 (MQ=255) tAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCAc > 4:345001/1‑149 (MQ=255) gTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGc > 8:29342/1‑149 (MQ=255) gTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCt > 7:325757/1‑116 (MQ=255) gTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCt < 8:325757/116‑1 (MQ=255) gTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGccc < 8:281991/148‑1 (MQ=255) aTGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTtctc < 5:175603/149‑1 (MQ=255) ggtCGACGGCCTGAACCAGGCCATCGAGCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCtgat < 7:65671/98‑1 (MQ=37) ggtCGACGGCCTGAACCAGGCCATCGAGCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCtgat > 8:65671/3‑100 (MQ=37) gCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCgtgt < 6:120939/66‑1 (MQ=255) gCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCgtgt > 5:120939/1‑66 (MQ=255) gCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCAc > 6:339572/1‑148 (MQ=255) cGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAg > 2:310869/1‑149 (MQ=255) gATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCtgat < 4:11827/96‑1 (MQ=255) gATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCtgat > 3:11827/1‑96 (MQ=255) gATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAgc > 3:206368/1‑149 (MQ=255) aTGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAgcg > 3:32506/1‑149 (MQ=255) gCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAgcggc < 2:205396/148‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCggg < 4:206368/149‑1 (MQ=255) ttCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCAt < 2:2160/149‑1 (MQ=255) | CCATCGGCAAAGCAGGTCGGGGTGTTGAGCATGACCGACGCCGAATCGACCTCAGCCATGAACTGACGGGCTTCACCCTGGTGTTCGCTGATGATCGAGTCGGTGTGGTGCGAGCCATAGTGGTTGATGTGCTCGATGGCCTGGTTCAGGCCGTCGACCACGCGAATCGACAGGAT‑CGCATCGAGGTATTCCGTGTGCCAGTCGGCTTCGGTGGCCGGTTTGGCGCTGATGATAGCCTGGGTACGCTCGCAACCGCGCAGCTCCACGCCCTTCTCCACGAAGCGGCGGGCCAT > NC_002947/5473665‑5473957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |