| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,614,706 | G→T | 8.0% | A272A (GCC→GCA) | hldE ← | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,614,706 | 0 | G | T | 8.0% | 188.8 / 5.0 | 61 | A272A (GCC→GCA) | hldE | bifunctional heptose 7‑phosphate kinase/heptose 1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/27); new base T (3/2); total (32/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAG > NC_002947/5614564‑5614844 | cgcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCcgcg > 3:62934/1‑149 (MQ=255) gcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCCGCgg < 5:173525/149‑1 (MQ=255) gcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCCATTGCCGCgg < 4:62934/149‑1 (MQ=255) gcgTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCgg > 7:37445/1‑149 (MQ=255) ggAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAgg < 3:135494/148‑1 (MQ=255) aGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTg < 4:251734/149‑1 (MQ=255) aGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTg < 2:280810/149‑1 (MQ=255) aGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTg < 3:321218/149‑1 (MQ=255) ccTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCTGCCGTACCCAGCTGCCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTTCTGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGaaa < 1:100425/148‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa < 4:150206/148‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAg > 8:109153/1‑149 (MQ=255) gCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTa > 5:124783/1‑149 (MQ=255) tGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGt > 5:259832/1‑146 (MQ=255) tGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGt < 6:259832/146‑1 (MQ=255) tGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATc > 1:144366/1‑149 (MQ=255) gATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGaaa < 5:310713/137‑1 (MQ=255) gATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGaaa > 6:310713/1‑137 (MQ=255) gATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGc > 8:236857/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGaaa > 4:142745/1‑132 (MQ=255) cccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGaaa < 3:142745/132‑1 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcgc < 4:308856/117‑1 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCcgc > 3:308856/1‑117 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATc > 6:21011/1‑141 (MQ=255) ccGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATc < 5:21011/141‑1 (MQ=255) tCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATc > 8:187696/1‑149 (MQ=255) gggCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACa > 6:30101/1‑122 (MQ=255) 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ggCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTg > 7:272512/1‑149 (MQ=255) aGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCgcaggcag < 2:144366/149‑1 (MQ=255) gCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGc < 6:127692/148‑1 (MQ=255) cGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAAc > 5:175057/1‑149 (MQ=255) caATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCg > 2:175758/1‑101 (MQ=255) caATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCg < 1:175758/101‑1 (MQ=255) caATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTACTCACACGCGGCAATTGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCAACTGTCACAACGAACACTTCGCGTGCCATCGCAGGCAGGTGCAACGCCTGc > 6:194013/1‑149 (MQ=255) aaTGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCt > 6:73827/1‑149 (MQ=255) cccGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAAAGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTGACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGTCACGt > 8:116039/1‑133 (MQ=255) gTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACa < 5:73827/149‑1 (MQ=255) tt‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAg < 7:109153/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGt > 7:143170/1‑148 (MQ=255) aGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcat > 8:101929/1‑149 (MQ=255) gCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGc < 2:117362/123‑1 (MQ=255) gCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGc < 4:195754/123‑1 (MQ=255) gCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcat < 5:139148/146‑1 (MQ=255) gCCACCGCATGGGGAAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcat > 6:139148/1‑146 (MQ=255) ccACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcatgcca < 7:101929/149‑1 (MQ=255) aCCGCGTGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcatgccttg > 3:61292/1‑149 (MQ=255) ggCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAac < 2:122268/119‑1 (MQ=255) gCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcat > 2:2975/1‑133 (MQ=255) gTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGa > 8:90802/1‑149 (MQ=255) tCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAgg < 7:94426/123‑1 (MQ=255) tCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAgg > 8:94426/1‑123 (MQ=255) tCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGAc > 5:186294/1‑149 (MQ=255) ttgccGCGGCCATTGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCACCGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAg > 3:102692/4‑148 (MQ=255) aCCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcatgccat > 7:167999/1‑128 (MQ=255) aCCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTcatgccat < 8:167999/128‑1 (MQ=255) cccGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCaa < 7:187696/149‑1 (MQ=255) ccGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAg < 6:175057/149‑1 (MQ=255) | CGCGTTCGGAGCCTTCCTCACGCTGGATGGCCCGGCGCAGCTCAGGGGCGCTGATGGCAGCCGTACCCAGCTTGCCGACCACAATGCCCGCTGCCAGGTT‑AGCCAGGGCCACCGCATGGGGCAGGTCCTCACCCGCGGCAATGGCCGCGGCAAGGGTGGAAATGACAGTATCGCCGGCACCGGTCACATCGAACACTTCGCGTGCCCGCGCAGGCAGGTGCAACGCCGGCTGACCAACACGCAACAGGGTCATGCCATGCTCACCGCGGGTGACCAGCAAG > NC_002947/5614564‑5614844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |