Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,679,062 | A→G | 8.0% | M230V (ATG→GTG) | bioA → | adenosylmethionine‑‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase BioA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,679,062 | 0 | A | G | 8.0% | 137.8 / 2.7 | 50 | M230V (ATG→GTG) | bioA | adenosylmethionine‑‑8‑amino‑7‑oxononanoate aminotransferase BioA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/26); new base G (2/2); total (22/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
AAGCCCTGACTGCTACCTGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCC > NC_002947/5678914‑5679204 | aaGCCCTGACTGCTACCTGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCa < 7:25870/149‑1 (MQ=255) cTGACTGCTACCTGCGCCCCGAGGGCATGAGCTGGGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATgcg > 1:52894/1‑149 (MQ=255) cTGACTGCTACCTGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATgcgc < 3:180767/149‑1 (MQ=255) cTGACTGCTACCTGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATgcg > 5:173529/1‑148 (MQ=255) tGCTACCTGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTa > 5:327754/1‑149 (MQ=255) cTGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCAccc < 2:52894/149‑1 (MQ=255) tGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCg > 3:130538/1‑149 (MQ=255) cgcCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGgt < 6:13446/149‑1 (MQ=255) gcCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGGTACAGGGTGCCGGTGGCGTGCGCATGTACCACCCGgtg > 3:310855/1‑149 (MQ=255) gcCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGGTACAGGGTGCCGGTGGCGTGCGCATGTACCACCCGgtg > 3:315841/1‑149 (MQ=255) ccccGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGgtg > 5:309184/1‑148 (MQ=255) cccGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTa > 5:94937/1‑149 (MQ=255) ccGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTAc < 4:88169/149‑1 (MQ=255) cGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTAcc > 1:325321/1‑149 (MQ=255) cGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTAc > 8:131561/1‑148 (MQ=255) aGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTc < 7:131561/149‑1 (MQ=255) tcATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGTTACAGGGTGCCGGTGGCGTGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAg < 4:315841/148‑1 (MQ=255) gCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGGTACAGGGTGCCGGTGGCGTGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAg < 4:310855/149‑1 (MQ=255) aGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAgttgtt < 3:242662/149‑1 (MQ=255) aGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAgttgt < 3:9888/148‑1 (MQ=255) t‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATgc < 4:247093/115‑1 (MQ=255) t‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTgcg > 6:117478/1‑149 (MQ=255) tCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACCCCACGCCTCGATCAGCGAAGGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGATGTTGCGCGAGGCCTGc > 1:104458/1‑148 (MQ=255) gcgcAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCgg < 7:61711/116‑1 (MQ=255) gcgcAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCgg > 8:61711/1‑116 (MQ=255) gcgcAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGAc < 6:327754/148‑1 (MQ=255) cgcAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCg < 4:130538/149‑1 (MQ=255) gcAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGc < 4:8782/149‑1 (MQ=255) aaCATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAgttgt > 1:342229/1‑127 (MQ=255) aaCATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAgttgt < 2:342229/127‑1 (MQ=255) aCATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTAt < 5:56383/149‑1 (MQ=255) ttCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGAc < 4:8603/138‑1 (MQ=255) cAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCa < 6:173529/149‑1 (MQ=255) ggCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGGCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCAcc < 5:117478/149‑1 (MQ=255) gAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATcc < 2:104458/148‑1 (MQ=255) aGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCacgac < 6:309184/149‑1 (MQ=255) acacCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTgg < 7:26108/149‑1 (MQ=255) acGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTc > 5:217929/1‑149 (MQ=255) ccTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGc < 6:94937/149‑1 (MQ=255) cTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGc < 1:256221/97‑1 (MQ=255) cTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGc > 2:256221/1‑97 (MQ=255) cTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGcc > 3:55526/1‑149 (MQ=255) cGATCAGCG‑CCGTGATCATCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCg > 3:304585/1‑148 (MQ=255) tGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATg < 4:55526/149‑1 (MQ=255) tcgtcgAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTc < 2:325321/149‑1 (MQ=255) gAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTg > 2:289963/1‑149 (MQ=255) aGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCgg > 6:100998/1‑148 (MQ=255) cGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGcc > 4:211293/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGACCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGcc > 3:42127/1‑149 (MQ=255) ggTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGccc < 5:100998/149‑1 (MQ=255) ggTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGccc < 3:211293/149‑1 (MQ=255) aTGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTg > 7:306936/1‑90 (MQ=255) aTGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTg < 8:306936/90‑1 (MQ=255) | AAGCCCTGACTGCTACCTGCGCCCCGAGGGCATGAGCT‑GGGAGGAGCACTCGCGCAACATGTTCCAGGCCATGGAGCAGACCCTGGCCGAACACCACGCCTCGATCAGCG‑CCGTGATCGTCGAGCCGCTGATACAGGGTGCCGGTGGCATGCGCATGTACCACCCGGTGTACCTCAAGTTGTTGCGCGAGGCCTGCGACCGCTATGACGTGCACCTTATCCACGACGAGATCGCCGTGGGCTTCGGCCGCACCGGCACGATGTTCGCCTGCGAGCAAGCCGGCATCCGCCC > NC_002947/5678914‑5679204 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |